Rendre pleinement accessibles les données de protéomique
Avant le lancement du projet en 2011, les référentiels de protéomique visant le plus large public étaient la base de données PRIDE («Proteomics Identifications») et le Peptide Atlas. PRIDE stocke les données telles qu'analysées initialement par les chercheurs, alors que celles du Peptide Atlas sont retravaillées pour atteindre un faible taux de fausses découvertes de protéines. Le projet PROTEOMEXCHANGE («International data exchange and data representation standards for proteomics»), financé par l'UE, a été lancé pour coordonner le dépôt et la diffusion des données de grands référentiels comme ceux-là. Le consortium du projet a été formé en 2006, dans le but de concevoir une infrastructure permettant aux chercheurs de soumettre des données dans un format harmonisé, et d'accéder aux données déjà publiques. Grâce au soutien financier du septième programme-cadre (7e PC), les partenaires de PROTEOMEXCHANGE ont établi un cadre standard pour soumettre et diffuser des données de protéomique auprès de PRIDE, Peptide Atlas et d'autres référentiels. Il propose aussi différentes «vues» des données contenues, comme les données brutes et les résultats après traitement, le tout étant relié par un identifiant universel et partagé. Pour rejoindre PROTEOMEXCHANGE, il suffit de suivre l'accord de partenariat, et de se conformer aux protocoles de soumission des données et aux exigences en termes de métadonnées. L'auteur reçoit alors un numéro de dépôt, qu'il peut citer pour les ensembles de données utilisés dans ses publications. Les ensembles de données contenant les résultats dans des formats ouverts reçoivent également un DOI (identifiant d'objet numérique). Ils deviennent ainsi publiables en eux-mêmes et peuvent être retrouvés lorsqu'ils sont mentionnés dans la littérature scientifique. Depuis l'ouverture de PROTEOMEXCHANGE en 2012, le nombre de soumissions et de téléchargements a augmenté régulièrement. Ce succès souligne un changement continu des mentalités dans ce domaine. Ces dernières années, le partage de données entre les chercheurs en protéomique se fait progressivement plus courant. L'amélioration des référentiels incite davantage les chercheurs à soumettre leurs données. En 2014, environ quatre ensembles de données ont été soumis chaque jour. Le nombre total de soumissions a dépassé les 1 600, et les téléchargements ont atteint les 150 téraoctets. PROTEOMEXCHANGE apporte les moyens d'accéder aux données de référentiels séparés, ce qui devrait optimiser leurs avantages pour les scientifiques.
Mots‑clés
Protéomique, spectrométrie de masse, PRIDE, Peptide Atlas, échange de données
