Proteomikdaten öffentlich zugänglich machen
Vor Beginn des Projekts im Jahr 2011 hatten von den bestehenden Proteomik-Datenbanken PRIDE (Proteomics Identifications) und der Peptide Atlas die breiteste Zielgruppe. Auf der einen Seite speichert PRIDE Daten, wie sie von den Forschern ursprünglich untersucht wurden. Im Peptide Atlas werden Daten mit einem Fokus auf geringen falschen Entdeckungsraten verarbeitet. Das EU-finanzierte Projekt "International data exchange and data representation standards for proteomics" (PROTEOMEXCHANGE) wurde initiiert, um die Datensammlung und -verbreitung für solche großen Repositorien zu koordinieren. Das Projektkonsortium tat sich ursprünglich im Jahr 2006 zusammen, um eine Infrastruktur zu entwickeln, die den Forschern hilft, Daten in einem einheitlichen und harmonisierten Format zu übertragen und auf die bereits veröffentlichten Daten zuzugreifen. Mit finanzieller Unterstützung aus dem Siebten Rahmenprogramm (RP7) etablierten die Partner von PROTEOMEXCHANGE einen Standardrahmen für das Speichern und Verbreiten von Proteomikdaten unter PRIDE, Peptide Atlas und anderen Repositorien. Sie lieferten auch verschiedene "Ansichten" für die hinterlegten Daten, einschließlich der Rohdaten und der Verarbeitungsergebnisse, die alle über eine allgemein verbreitete Kennung verknüpft sind. Einzelne Datenbanken können PROTEOMEXCHANGE beitreten, indem Sie die Mitgliedschaftsvereinbarung übernehmen und das Datenformat und die Metadaten-Anforderungen umsetzen. Autoren können die zugewiesene Zugriffsnummer für in ihren Publikationen genutzte Datensätze zitieren. Darüber hinaus wird ein Digital Object Identifier (DOI) für die Datensätze mit den Ergebnissen in offenen Standardformaten zur Verfügung gestellt. Auf diese Weise werden Datensätze per se veröffentlichbar und können auf ihrem Weg durch die wissenschaftliche Literatur nachverfolgt werden. Seit Einführung im Jahr 2012 hat die Zahl der Einsendungen und Downloads im Rahmen von PROTEOMEXCHANGE stetig zugenommen. Dieser Anstieg ist ein Hinweis auf einen derzeitigen Mentalitätswandel in diesem Bereich. In den letzten Jahren hat sich die gemeinsame Datennutzung unter Proteomik-Forschern immer weiter verbreitet. Da sich die Repositorien verbessert haben, sind die Forscher mehr darauf bedacht, ihre Daten zu übermitteln. Im Jahr 2014 wurden im Durchschnitt täglich rund vier Datensätze eingereicht. Insgesamt wurden mehr als 1.600 Datensätze übermittelt und rund 150 Terabyte heruntergeladen. Indem es das Zugreifen auf Daten über die einzelnen Repositorien hinweg möglich macht, soll PROTEOMEXCHANGE deren Nutzen für die wissenschaftliche Gemeinschaft maximieren.
Schlüsselbegriffe
Proteomik, Massenspektrometrie, PRIDE, Peptide Atlas, Datenaustausch
