Rendere i dati proteomici pubblicamente accessibili
Prima dell’inizio del progetto nel 2011, tra le risorse di proteomica esistenti, il database Proteomics Identifications di PRIDE e il PeptideAtlas erano quelle che avevano un pubblico più ampio. Da una parte, PRIDE contiene i dati come sono stati inizialmente analizzati dai ricercatori. Dall’altra parte, i dati del PeptideAtlas sono rielaborati concentrandosi sui tassi di scoperta falsa di proteine. Il progetto PROTEOMEXCHANGE (“International data exchange and data representation standards for proteomics”) è stato avviato per coordinare il deposito e la divulgazione dei dati in queste importanti risorse. Il consorzio del progetto si è formato originariamente nel 2006 con lo scopo di sviluppare infrastrutture che permettessero ai ricercatori di sottoporre dati in un formato coerente e armonizzato e di accedere a dati già pubblici. Con il sostegno finanziario del Settimo programma quadro (7° PQ), i partner di PROTEOMEXCHANGE hanno creato un quadro standard per la presentazione e la divulgazione di dati proteomici in PRIDE, PeptideAtlas e altre risorse. Fornisce inoltre diverse “visioni” dei dati depositati, compresi i dati non ancora elaborati e i risultati elaborati, tutti collegati da un identificatore condiviso universalmente. Le risorse individuali possono unirsi a PROTEOMEXCHANGE seguendo l’accordo di adesione e implementando i requisiti per la sottomissione di dati e per i metadati. Gli autori possono citare il numero di adesione assegnato per gli insiemi di dati usati nelle loro pubblicazioni. Inoltre viene fornito un DOI (Digital Object Identifier) per gli insiemi di dati che contengono i risultati in formati standard aperti. In questo modo, gli insiemi di dati diventano pubblicabili di per sé e possono essere tracciati quando vengono riportati nella letteratura scientifica. Dalla sua introduzione nel 2012, il numero di sottomissioni e download per mezzo di PROTEOMEXCHANGE è aumentata con un ritmo costante. Questo aumento indica che è in corso un cambiamento di mentalità in questo settore. Negli ultimi anni, la condivisione dei dati sta diventando lentamente più diffusa tra i ricercatori di proteomica. Con il miglioramento delle risorse, i ricercatori sono più propensi a inviare i propri dati. Nel 2014, sono state ricevute circa quattro sottomissioni di dati al giorno. Il numero totale di set di dati inviati supera i 1 600 e il volume di download ha raggiunto i 150 terabyte. Fornendo i mezzi per accedere ai dati attraverso risorse individuali, il quadro PROTEOMEXCHANGE dovrebbe massimizzare i benefici per la comunità scientifica.
Parole chiave
Proteomica, spettrometria di massa, PRIDE, Peptide Atlas, scambio di dati
