Publiczne udostępnianie danych z zakresu proteomiki
Przed rozpoczęciem projektu w 2011 roku najszerszą publicznością docelową cieszyły się dwa repozytoria z zakresu proteomiki — bazy danych Proteomics Identifications PRIDE(odnośnik otworzy się w nowym oknie) oraz Peptide Atlas(odnośnik otworzy się w nowym oknie). Z jednej strony w bazie PRIDE dane są przechowywane tak, jak były one analizowane przez naukowców. Z drugiej strony dane przechowywane w bazie PeptideAtlas są ponownie przetwarzane z myślą o niskich wskaźnikach fałszywego wykrywania białek. Finansowany ze środków UE projekt "International data exchange and data representation standards for proteomics" (PROTEOMEXCHANGE)(odnośnik otworzy się w nowym oknie) został zainicjowany w celu koordynacji umieszczania danych w takich głównych repozytoriach i rozpowszechniania ich. Konsorcjum projektu powstało w 2006 roku w celu opracowania infrastruktury umożliwiającej naukowcom dostarczanie danych w spójnym, zharmonizowanym formacie, jak również dostęp do danych, które zostały już rozpowszechnione. Dzięki wsparciu finansowemu w ramach siódmego programu ramowego (7PR), partnerzy projektu PROTEOMEXCHANGE stworzyli standardowe ramy do dostarczania i rozpowszechniania danych z zakresu proteomiki w ramach baz PRIDE, Peptide Atlas oraz innych repozytoriów. Projekt ten zapewnia również różne "widoki" zgromadzonych danych, włącznie z surowymi danymi i przetworzonymi wynikami, z których wszystkie są powiązane za pomocą uniwersalnie współdzielonego identyfikatora. Indywidualne zasoby można dołączyć do projektu PROTEOMEXCHANGE podpisując umowę członkowską i wdrażając wymogi dotyczące dostarczania danych i metadanych. Autorzy mogą cytować przypisany numer przystąpienia w odniesieniu do zestawów danych wykorzystanych w ich publikacjach. Ponadto zestawy danych zawierające wyniki w standardowych formatach otwartych zostały wyposażone w cyfrowy identyfikator obiektu (DOI). Tym sposobem zapewniono możliwość publikacji zestawów danych dzięki ich właściwościom i mogą one być śledzone w przypadku ich zgłaszania w literaturze naukowej. Od czasu rozpoczęcia projektu PROTEOMEXCHANGE w 2012 roku liczba danych udostępnianych i pobieranych za jego pośrednictwem stale rosła. Ta pozytywna zmiana wskazuje na stałość zmian zachodzących w sposobie myślenia przyjętym w tej dziedzinie. W ciągu ostatnich kilku lat współdzielenie danych staje się powszechne wśród naukowców z dziedziny proteomiki. W miarę udoskonalania repozytoriów naukowcy coraz chętniej udostępniają swoje dane. W 2014 roku w przybliżeniu dostarczano do repozytorium codzienne cztery zestawy danych. Łączna liczba dostarczonych zestawów danych przekroczyła 1600, a objętość pobranych danych wyniosła 150 terabajtów. Zakłada się, że dzięki zapewnieniu możliwości dostępu do danych pochodzących z poszczególnych repozytoriów w ramach projektu PROTEOMEXCHANGE, korzyści wynikające z tego dla społeczności naukowej zostaną zmaksymalizowane.
