L'ADN étiré au maximum pour une photo d'identité
Le projet DNAMAP (Nanofluidic methods for mapping epigenetic and genomic variation) a tenté de réaliser une cartographie optique de l'ADN dénaturé. Récemment mise au point, cette méthode de détection du SARM nécessite l'introduction de l'ADN dans un système nanofluidique. La manipulation et l'imagerie qui s'ensuivent procurent une carte, qui est alors comparée au génome de référence. Les travaux ont porté sur la manière d'utiliser les systèmes micro- et nanofluidiques pour cette cartographie. Avec une automatisation avancée, la détection des souches de SARM sera plus rapide et le coût de la procédure considérablement diminué. Les chercheurs ont étudié les effets du nanocanal. L'équipe a utilisé des nanocanaux de 150nm de haut et de large pour l'analyse ADN. Toutefois, lorsqu'il est réduit à 50nm, l'ADN est déplié sur 85 % de sa longueur originelle contre 50 % dans le premier cas, ce qui améliore l'imagerie et la résolution de l'ADN. Par ailleurs, l'introduction de structures intelligentes permet à l'ADN de passer d'un microcanal (en forme d'hélice) à un nanocanal où il est déroulé. L'application de potentiels électriques sur les nanocanaux a accéléré le mouvement de l'ADN. Les nouvelles approches de la micro- et de la nanofabrication ont été explorées, ainsi que la caractérisation, en privilégiant notamment la microscopie à balayage. Les systèmes améliorés pour la mise à disposition d'une salle blanche ont nécessité une planification des appareils et une conception des processus. Les chercheurs ont également travaillé sur des techniques de gravure à sec et humide, la lithographie par faisceau électronique et la liaison des appareils. Un programme de formation intégré à DNAMAP a traité tous les procédés de fabrication. Il a également évoqué les problèmes rencontrés lors du projet, notamment l'enchevêtrement de l'ADN isolé à partir de cellules individuelles. Le projet DNAMAP a dressé une base de connaissances importante sur l'amélioration des méthodes de détection du SARM. L'application des résultats des recherches peut s'étendre à de nombreux autres domaines, dont l'identification d'un ADN spécifique.
Mots‑clés
ADN, SARM, identification, système nanofluidique, imagerie
