Stummschaltung nukleärer RNA
Schwerpunkt des EU-finanzierten Projekts NONCODOWN (Optimizing antisense oligonucleotides for efficient and specific knockdown of nuclear non-coding RNA) war die Entwicklung einer optimalen Technologie zur Stummschaltung (Silencing) von RNA im Zellkern (nukleäre RNA). Verwendet wurden effiziente Methoden aus der Nukleinsäurechemie, basierend auf LNA-Techniken (locked nucleic acid bzw. fixierte RNA) und Antisense-Oligonukleotiden (ASO, so genannte Gapmere). Außerdem wurden neue chimäre Peptid-Nukleinsäuren (PNA)-DNA-LNA-Oligomere erzeugt, die strukturierte RNA-Targets abbauen können. Mehrere ASOs wurden für den gezielten Abbau strukturierter RNA optimiert, indem Teilsequenzen von PNA und DNA angehängt und durch ein konformationell fixiertes Nukleotid ergänzt wurden. Bei den chemischen Designs wurde verglichen, inwieweit es möglich ist, ein nukleäres RNA-Transkript stummzuschalten, indem RNA (siRNAs), Einzelstrang-siRNA und LNA-modifizierte ASO angehangen werden. ASOs waren dabei offenbar die effektivsten Strukturen. NONCODOWN testete bei chemisch modifizierten Oligonukleotide wie LNA und PNA, wie gut sie bakterielle regulatorische nicht kodierende ncRNA blockieren können. Auf dieser Basis konnten auch wirksame Inhibitoren identifiziert werden.
Schlüsselbegriffe
Nichtkodierende RNA, NONCODOWN, RNA-Stummschaltung, LNA, Antisense-Oligonukleotide, Peptid-Nukleinsäure
