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Development of Cost efficient Advanced DNA-based methods for specific Traceability issues and High Level On-site applicatioNs

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Analyse ADN: des agents pathogènes alimentaires aux OGM et au contrôle des frontières

L'émergence des technologies de séquençage à haut débit de la nouvelle génération (SNG) ouvre de nouveaux horizons pour les analyses moléculaires. Un consortium européen axé sur le développement d'applications basées sur l'ADN pour l'identification des agents pathogènes alimentaires ainsi que les problèmes avec des organismes génétiquement modifiés (OGM).

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Le consortium financé par l'UE DECATHLON (Development of cost efficient advanced DNA-based methods for specific traceability issues and high level on-site applications) a rassemblé une équipe d'experts en biologie moléculaire et en bioinformatique. Le projet portait sur les méthodes basées sur l'ADN dans les zones des agents pathogènes alimentaires, les OGM, en particulier, les OGM non autorisés et les questions des contrôles des frontières sur le tabac et l'identification des espèces. Dans la zone des agents pathogènes alimentaires, les chercheurs ont développé et optimisé une méthodologie d'extraction de l'ADN directement à partir de grands volumes d'aliments (viande émincée ou légumes) à des fins de caractérisation des agents pathogènes alimentaires. L'analyse génomique comparative a identifié 47 nouveaux biomarqueurs cliniquement pertinents. Une méthode de réaction en chaîne de polymérase (RCP) multiplexe a été mise au point pour fonctionner avec les nouveaux marqueurs, y compris un dispositif de disque portable qui peut être utilisé pour la détection sur place. Dans le domaine de la détection des OGM, l'équipe a développé et validé un protocole basé sur la RCP pour l'identification et la quantification de toutes les variétés de maïs OGM autorisées par l'UE. Ils ont en outre développé une approche SNG d'analyse amplicon pour la détection et l'identification des OGM inconnus. Enfin, les membres du projet ont utilisé des analyses RCP en temps réel pour l'identification du tabac dans des échantillons mixtes comme modèle pour valider sa pertinence dans les questions de douane/de contrôle des frontières. Les chercheurs ont développé une conduite de bioinformatique et l'ont mise à disposition de laboratoires personnalisés via des outils web conviviaux. Le demande croissante d'une identification plus détaillée de la composition des produits agricoles et des produits dérivés des aliments requiert de nouvelles méthodes de pointe pour les tests et les analyses. À cet égard, les méthodes basées sur l'ADN pour la détection gagnent en popularité en tant qu’outils éprouvés et accessibles.

Mots‑clés

Analyse ADN, agent pathogène alimentaire, OGM, NGS, DECATHLON, biomarqueur

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