DNA-Analyse: von Lebensmittelpathogenen bis hin zu GVO und Grenzkontrollen
Das EU-finanzierte Konsortium DECATHLON(öffnet in neuem Fenster) (Development of cost efficient advanced DNA-based methods for specific traceability issues and high level on-site applications) führte ein Team von Experten für molekulare Biologie und Bioinformatik zusammen. Das Projekt konzentrierte sich auf die DNA-basierten Methoden in den Bereichen Lebensmittelpathogene, GVO, insbesondere nicht genehmigte GVO, und Grenzkontrollfragen bei der Identifizierung von Tabak und gefährdeten Arten. Im Bereich der Lebensmittelpathogene entwickelten und optimierten die Forscher eine Methodik für die Extraktion von DNA direkt aus großen Mengen von Lebensmitteln (Hackfleisch oder Gemüse) zur Charakterisierung von Lebensmittelpathogenen. Die vergleichende genomische Analyse identifizierte 47 neue klinisch relevante Biomarker. Eine Methode der Multiplex-Polymerase-Kettenreaktion (PCR) wurde entwickelt, um mit den neuen Biomarkern zu arbeiten. Dazu gehörte eine tragbare Disk-Vorrichtung für die Vor-Ort-Detektion. Auf dem Gebiet der GVO-Erkennung entwickelte und validierte das Team ein PCR-basiertes Protokoll zur Identifizierung und Quantifizierung aller EU-zugelassenen GVO-Maissorten. Darüber hinaus entwickelte die Forscher einen NGS-Ansatz der Amplikonanalyse zum Nachweis und zur Identifizierung unbekannter GVO. Schließlich nutzten die Projektmitglieder Echtzeit-PCR-Assays zur Identifizierung von Tabak in gemischten Proben als Modell für die Validierung ihrer Anwendbarkeit in Grenzkontroll-/Zollfragen. Die Forscher entwickelten eine Bioinformatik-Pipeline und stellten sie über benutzerfreundliche Web-Tools für maßgeschneiderte Labors zur Verfügung. Die zunehmende Nachfrage nach einer detaillierteren Identifizierung der Zusammensetzung von Agrarrohstoffen und daraus hergestellter Lebens- und Futtermittelprodukte erfordert neue fortschrittliche Test- und Analysemethoden. In dieser Hinsicht werden DNA-basierte Methoden zur Erkennung als bewährte und zugängliche Werkzeuge immer beliebter.
