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Development of Cost efficient Advanced DNA-based methods for specific Traceability issues and High Level On-site applicatioNs

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Analisi del DNA: dai patogeni alimentari agli OGM

L’emergere delle tecnologie di sequenziamento di prossima generazione (next-generation sequencing, NGS) ad alte prestazioni apre nuovi orizzonti per l’analisi molecolare. Un consorzio europeo si è concentrato sullo sviluppo di applicazioni basate sul DNA per l’identificazione dei patogeni alimentari, nonché su questioni riguardanti gli organismi geneticamente modificati (OGM).

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Il consorzio DECATHLON (Development of cost efficient advanced DNA-based methods for specific traceability issues and high level on-site applications), finanziato dall’UE, ha riunito un team di esperti in biologia molecolare e bioinformatica. Il progetto si è concentrato sui metodi basati sul DNA nei campi dei patogeni alimentari, degli OMG (soprattutto gli OMG non autorizzati) e del controllo delle frontiere relativo all’identificazione del tabacco e delle specie minacciate. Nel campo dei patogeni alimentari, i ricercatori hanno sviluppato e ottimizzato una metodologia per l’estrazione del DNA direttamente da grandi volumi di alimenti (carne macinata o verdure) per la caratterizzazione dei patogeni L’analisi genomica comparativa ha permesso di identificare 47 nuovi biomarcatori clinicamente rilevanti. È stato sviluppato un metodo multiplo per la reazione a catena della polimerasi (polymerase chain reaction, PCR) da utilizzare con i nuovi biomarcatori, che include un dispositivo con disco portatile che potrebbe essere utilizzato per il rilevamento sul campo. Nel campo del rilevamento degli OGM, il team ha sviluppato e convalidato un protocollo basato sulla PCR per l’identificazione e quantificazione di tutte le varietà di granturco OGM autorizzate dall’UE. Inoltre, ha sviluppato un approccio NGS dell’analisi amplicon per il rilevamento e l’identificazione degli OGM sconosciuti. Infine, i membri del progetto hanno utilizzato test PCR in tempo reale per l’identificazione del tabacco in campioni misti, come modello di convalida della sua applicabilità nei controlli di frontiera/dogana. I ricercatori hanno sviluppato un canale bioinformatico mettendolo a disposizione dei laboratori delle dogane tramite strumenti web intuitivi. La crescente domanda di un’identificazione più precisa della composizione dei prodotti agroalimentari e dei mangimi richiede nuovi metodi avanzati per la verifica e l’analisi. In quest’ottica, i metodi per il rilevamento basati sul DNA acquistano popolarità in quanto strumenti comprovati e accessibili.

Parole chiave

Analisi del DNA, patogeno alimentare, OGM, NGS, DECATHLON, biomarcatore

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