Analiza DNA: od patogenów w żywności po GMO i kontrolę graniczną
Finansowany ze środków UE projekt DECATHLON (Development of cost efficient advanced DNA-based methods for specific traceability issues and high level on-site applications) połączył ze sobą zespół ekspertów w dziedzinie biologii molekularnej oraz bioinformatyków. Konsorcjum skupiło się na opartych na DNA metodach wykrywania patogenów i GMO (a w szczególności niedozwolonych GMO) w żywności oraz tytoniu i zagrożonych gatunków podczas kontroli granicznej. W zakresie patogenów w żywności badacze stworzyli i zoptymalizowali techniki ekstrakcji DNA bezpośrednio z dużych partii produktów spożywczych (mięsa mielonego lub warzyw), wykorzystywanego następnie do kontroli tych produktów pod kątem obecności patogenów. Podczas porównawczej analizy genomów zidentyfikowano 47 nowych biomarkerów o znaczeniu klinicznym. Następnie zespół opracował metodę multipleksowej łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR) pozwalającą na zastosowanie tych nowych biomarkerów w testach płytkowych do analizy na miejscu. W zakresie wykrywania GMO naukowcy zaprojektowali bazujący na PCR protokół do identyfikacji i kwantyfikacji wszystkich dopuszczonych przez UE zmodyfikowanych genetycznie gatunków kukurydzy, a także zweryfikował poprawność tego protokołu. Dodatkowo stworzyli też nowe podejście NGS do analizy amplikonów pod kątem wykrywania i identyfikacji nieznanych GMO. Na koniec uczestnicy projektu wykorzystali testy PCR w czasie rzeczywistym do wykrywania tytoniu w zmieszanych próbkach, sprawdzając tym samym możliwość ich wykorzystania podczas kontroli granicznych/celnych. Zaprojektowane przez zespół narzędzia bioinformatyczne w postaci przyjaznych dla użytkownika aplikacji sieciowych zostały udostępnione laboratoriom celnym. Rosnące zapotrzebowanie na bardziej szczegółową identyfikację składu produktów rolniczych, żywności pochodnej oraz produktów paszowych wymaga nowych, zaawansowanych metod testowania i analizy. W tym kontekście, sprawdzone i łatwo dostępne techniki bazujące na DNA zyskują na popularności.
Słowa kluczowe
Analiza DNA, patogeny w żywności, GMO, NGS, DECATHLON, biomarker
