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Gemeinsame Datennutzung, fachlicher Austausch und die Koordinierung von Werkzeugen als wirksame Antwort auf COVID-19

Eine europäische Forschungsinfrastruktur für Daten der Biowissenschaften unterstützt die weltweiten Bemühungen im Kampf gegen die Coronavirus-Pandemie.

Gesundheit

Trotz der beispiellosen Anzahl wissenschaftlicher Initiativen, die im Kampf gegen COVID-19 weltweit stattfinden, stellt der koordinierte und rasche Austausch von Daten und Forschungsergebnissen zur Entwicklung von Therapien und Impfstoffen eine große Herausforderung dar. Das EU-finanzierte Projekt ELIXIR-CONVERGE (Connect and align ELIXIR Nodes to deliver sustainable FAIR life-science data management services) befasst sich mit genau diesem Problem, indem es Forschungsdaten der verschiedenen europäischen Gesundheitssysteme zusammenbringt. ELIXIR CONVERGE, das Europäische Institut für Bioinformatik als Teil des Europäischen Laboratoriums für Molekularbiologie, und verschiedene weitere Mitwirkende stellen eine europäische Datenplattform für COVID-19 bereit, um für die europäische und die globale Forschungsgemeinschaft die Erfassung und den Austausch der umfangreichen Daten aus verschiedenen Quellen zu beschleunigen. Das COVID-19-Datenportal wird mit der Europäischen Cloud für offene Wissenschaft verbunden sein. „Über das COVID-19-Datenportal können Forschende Referenzdaten und fachwissenschaftliche Datenbestände zu COVID-19 hochladen, darauf zugreifen und sie analysieren. Das COVID-19-Datenportal wird der primäre Zugang für die Funktionen eines umfassenderen Projekts sein, der Europäischen COVID-19-Datenplattform“, so heißt es im Abschnitt „About“ – „Über uns“ des Datenportals. Die Europäische COVID-19-Datenplattform besteht aus zwei miteinander verbundenen Komponenten: zum einen aus den „SARS-CoV-2-Datendrehscheiben, die den Fluss der Sequenzdaten des SARS-CoV-2-Ausbruchs ordnen und einen umfassenden offenen Datenaustausch für die europäische und die globale Forschungsgemeinschaft bieten werden“. Die zweite Komponente ist das „COVID-19-Datenportal, das relevante COVID-19-Datensätze und Werkzeuge zusammenbringen und fortlaufend aktualisieren wird, den Austausch von Sequenzdaten betreiben und den Zugriff auf andere SARS-CoV-2-Ressourcen erleichtern wird.“ Dr. Niklas Blomberg, Direktor von ELIXIR, wird in einem Artikel wie folgt zitiert: „Wir müssen allgemein anwendbare Methoden entwickeln, die Forschenden länderübergreifend Zugang zu relevanten Daten ermöglichen. Daten müssen vielleicht dort bleiben, wo sie gewonnen wurden, aber das bedeutet nicht, dass man nicht mit diesen Daten Forschung betreiben kann.“ Dr. Blomberg betont im gleichen Artikel, dass „die Pandemie deutlich gemacht hat, dass Europa eine Infrastruktur benötigt, die es Forschenden ermöglicht, Gesundheitsdaten zu finden und zu vergleichen. Dies würde politisch Verantwortlichen in zukünftigen Krisen bei der Entscheidungsfindung helfen.“

Koordiniertes Vorgehen

Das Projekt ELIXIR-CONVERGE, das das COVID-19-Datenportal unterstützt, läuft bis zum Januar 2023. Es wurde initiiert, um die Datenverwaltung der Biowissenschaften in ganz Europa zu standardisieren. „Der Schwerpunkt der ersten aktiven Phase von ELIXIR, die vom H2020-Projekt ELIXIR-EXCELERATE (2015-2019) unterstützt wurde, lag auf der Koordinierung und der Bereitstellung von Dienstleistungen im Bereich der Bioinformatik von nationalen Netzknoten aus“, wie es auf der Projektwebsite heißt. „Dies hat den Grundstein für eine koordinierte europäische Infrastruktur in den Biowissenschaften gelegt. ELIXIR-CONVERGE wird auf diesen Errungenschaften aufbauen, um eine weitere wichtige Komponente anzubieten: die europaweite Bereitstellung einer dezentralen, lokalen Unterstützung bei der Datenverwaltung. Dies wird auf einem Instrumentarium für Forschende basieren, das das Lebenszyklus-Management für ihre Forschungsdaten in Übereinstimmung mit internationalen Standards ermöglicht.“ Das Projekt ELIXIR-CONVERGE wird dazu beitragen, „ein föderiertes Datensystem in Europa zu schaffen, bei dem miteinander vernetzte nationale Quellen es den Nutzerinnen und Nutzern ermöglichen, Wissen aus den umfassenden, vielfältigen und dezentralen Datensätzen der Biowissenschaften zu gewinnen.“ Das Projekt umfasst 29 Institute in 22 Ländern. Weitere Informationen: Projektwebsite von ELIXIR-CONVERGE

Schlüsselbegriffe

ELIXIR-CONVERGE, ELIXIR, COVID-19, Coronavirus, Pandemie, SARS-CoV-2, Daten

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