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European plant genome database network (PLANET)

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PlaNet: alimenter la recherche génétique sur les végétaux en Europe

Le centre d'information sur les séquences protéiniques de Munich et ses partenaires du projet PLANET ont exploité les différentes techniques de bioinformatique afin de partager des informations de grande valeur sur le génome des plantes via l'internet.

Santé

Les scientifiques européens ont apporté une grande contribution au récent séquençage génétique de la plante nommée Arabidopsis thaliana. Le projet PLANET, financé partiellement par le programme LIFE QUALITY, a tenté de mettre ce séquençage ainsi que des données sur d'autres génomes végétaux à la disposition de la communauté de la recherche. Les spécialistes en végétaux ont accepté l'aide d'experts en bioinformatique afin de développer des solutions de pointe. Le résultat de leur collaboration s'est traduit par une plateforme intégrée qui donne accès à plus de dix bases de données consacrées aux génomes végétaux développées par sept centres de recherche participant au projet PLANET. Des normes et instruments communs tels que BioMoby et Taverna ont permis de faciliter les requêtes lancées dans les bases de données, l'analyse complexe et l'affichage des données. Plus de 160 services web sont incorporés à la plateforme. Des liens à des bases de données externes définies par les utilisateurs peuvent également être établis. Le centre d'information sur les séquences protéiniques de Munich (MIPS), coordinateur du projet PLANET, a mis à disposition les travaux pratiques et autre documentation intéressante en ligne à l'adresse suivante: http://mips.gsf.de/projects/plants/PlaNetPortal/index_html Une liste complète des bases de données disponibles ainsi que des instruments, dont un moteur de recherche, sont également disponibles. Le MIPS souhaite ajouter que l'exemple de la plateforme PlaNet peut s'étendre à d'autres domaines de recherche.

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