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European plant genome database network (PLANET)

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PlaNet: promozione della ricerca sulla genetica vegetale in Europa

Il Munich Information Centre for Protein Sequences e i partner del progetto PLANET hanno sfruttato le tecniche bioinformatiche per condividere via internet delle utili informazioni sul genoma vegetale.

Salute

Gli scienziati europei hanno dato un significativo contributo al recente sequenziamento genetico della pianta Arabidopsis thaliana. Il progetto PLANET, finanziato in parte dal programma LIFE QUALITY, ha cercato di mettere a disposizione i dati del genoma di questa e di altre piante alla comunità di ricerca più vasta. Gli specialisti delle piante hanno richiesto l'aiuto di esperti di bioinformatica per sviluppare una soluzione d'avanguardia. Il risultato di questa collaborazione è una piattaforma integrata che consente l'accesso a oltre dieci database di genomi vegetali forniti dai sette centri di ricerca che partecipano a PLANET. Sono stati utilizzati degli strumenti e degli standard comuni, come BioMoby e Taverna, per facilitare le domande ai database, l'analisi complessa e la visualizzazione dei dati. Nella piattaforma sono integrati oltre 160 servizi web. È anche possibile stabilire dei collegamenti a database esterni definiti dall'utente. Il coordinatore di PLANET, il Munich Information Centre for Protein Sequences (MIPS), ha fornito delle guide ed altra documentazione sull'argomento online al sito: http://mips.gsf.de/projects/plants/PlaNetPortal/index_html Fornisce anche un elenco completo dei database disponibili e degli strumenti, incluso un motore di ricerca. MIPS desidera attirare l'attenzione sul fatto che il paradigma della piattaforma PlaNet si potrebbe estendere ad altri campi di ricerca.

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