Développer les diagnostics épigénétiques moléculaires
Le projet DIA-CHIP («ChIP and MIRA for clinical diagnosis») a cherché à développer des techniques moléculaires avancées pour des analyses de routine et d'extraction à haut débit de statut épigénétique des échantillons cliniques, particulièrement ceux fixés au formol/paraffine (FFPE), permettant le diagnostic moléculaire avancé et la recherche biomédicale développant le potentiel pour le dépistage des cohortes de patients rétrospectifs des archives cliniques. Le projet a réalisé ses objectifs par des partenariats collaboratifs dans trois secteurs clés: le monde des affaires, le milieu universitaire et la santé publique. De nouveaux diagnostics moléculaires doivent être fiables et rentables et doivent offrir des avantages considérables sur les techniques existantes. De plus, avec la transition vers une médecine personnalisée, les diagnostics doivent être plus spécifiques. À l'heure actuelle, les techniques doivent également être compatibles avec les normes actuelles d'analyse. Dans ce contexte, les chercheurs ont analysé les échantillons de cancer de l'endomètre en utilisant la technologie de détection de méthylation d'ADN. L'attention des chercheurs s'est concentrée sur des cibles spécifiques, y compris le récepteur d'œstrogène (ER) et les gènes cibles en aval de cet important facteur de transcription servant de récepteur hormonal nucléaire. Pour la première fois, les chercheurs ont pu caractériser la régulation des variantes moléculaires de l'ER. L'analyse a été menée en utilisant plusieurs techniques, dont le séquençage au bisulfite pour une analyse à haute résolution, l'immunoprécipitation méthylée d'ADN (MeDIP) pour les travaux à faible résolution. En fait, pendant la durée du projet, la technique MeDIP a remplacé la MIRA comme la technique de choix pour une analyse à faible résolution. D'autres changements en technologie sont survenus au cours du projet. Rapidement après son financement, une explosion mondiale dans le domaine de l'épigénomique a eu lieu. Parallèlement, le développement rapide de la technologie de séquençage par immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-seq) et les technologies de séquençage d'ADN a eu lieu. Ainsi, le dépistage sur biopuce a été remplacé par une approche de ChIP-seq. Les travaux sur l'amélioration de cette technologie sont en cours. Le projet a été fructueux sur de nombreux fronts. Il a permis d'améliorer les technologies pour la recherche en épigénomique, un domaine qui s'est considérablement développé au cours du projet. La recherche a entraîné plusieurs manuscrits pour être soumis à des revues scientifiques. Elle a entraîné plusieurs nouveaux produits lancés commercialement. Enfin, le projet a rassemblé les partenaires qui ont partagé de précieux renseignements et ont établi des relations durables.
Mots‑clés
Diagnostic moléculaire, cancer de l'endomètre, diagnostic clinique, récepteur d'œstrogène, épigénomique
