Perfezionare la diagnostica basata sull’epigenetica molecolare
Il progetto DIA-CHIP (“ChIP and MIRA for clinical diagnosis”) ha cercato di sviluppare tecniche molecolari avanzatissime per l’analisi di routine su grandi volumi dello stato epigenetico dei campioni clinici, in particolare di quelli fissati in FFPE (formaldeide/paraffina), in vista di una diagnosi molecolare avanzata e di attività di ricerca biomedica che permettano di eseguire lo screening retrospettivo di grandi coorti di pazienti inseriti negli archivi clinici. Il progetto ha raggiunto i suoi obiettivi grazie a partenariati collaborativi che hanno interessato i tre settori chiave del mondo economico, accademico e della sanità pubblica. La nuova diagnostica molecolare deve avere caratteristiche di affidabilità e di economicità, oltre a offrire vantaggi significativi rispetto alle tecniche esistenti. Con la crescente diffusione della medicina personalizzata, inoltre, le diagnosi devono necessariamente diventare molto più specifiche. Attualmente, tuttavia, le tecniche devono anche essere compatibili con gli attuali standard di riferimento delle analisi. Trovandosi a operare in questo contesto, i ricercatori hanno analizzato campioni di cancro endometriale utilizzando la tecnologia di rilevazione basata sulla metilazione del DNA, concentrandosi su obiettivi specifici, tra cui il recettore di estrogeni (RE) e i geni obiettivo a valle di questo importante fattore di trascrizione del recettore ormonale nucleare. Per la prima volta, il team è stato in grado di caratterizzare la regolazione delle varianti molecolari dell’RE, svolgendo un’analisi basata su una varietà di tecniche, dal sequenziamento con bisolfito per l’analisi ad alta risoluzione al MeDIP per le attività a bassa risoluzione. Nel corso del progetto, la tecnica scelta inizialmente per le analisi a bassa risoluzione, MIRA, è stata sostituita con MeDIP. Nel corso del progetto, inoltre, si sono verificate importanti innovazioni tecnologiche, tra cui la grande espansione dell’epigenomica a livello globale e il rapido sviluppo della tecnologia ChIP-seq e delle tecnologie di sequenziamento del DNA. Di conseguenza, lo screening basato su microarray è stato sostituito con l’approccio ChiP-seq, con attività di perfezionamento che sono ancora in corso. Il progetto è stato un successo da molti punti di vista. Ha infatti migliorato le tecnologie per l’uso dell’epigenomica nella ricerca, un’area in forte espansione, ha portato alla presentazione di numerosi articoli a varie riviste scientifiche e al lancio commerciale di diversi prodotti. L’iniziativa, infine, ha reso possibile la collaborazione tra partner che hanno condiviso informazioni preziose e creato rapporti a lungo termine.
Parole chiave
Diagnostica molecolare, cancro endometriale, diagnosi clinica, recettore di estrogeni, epigenomica
