Fortschritte in der molekularen epigenetischen Diagnostik
So entwickelt das Projekt "ChIP and MIRA for clinical diagnosis" (DIA-CHIP) hochmoderne molekulare Techniken zur routinemäßigen epigenetischen Hochdurchsatzanalyse klinischer, insbesondere in Formaldehyd/Paraffin (FFPE) eingelagerter Proben. Modernste molekulare Diagnostik und biomedizinischer Forschung vereinfacht das Screening umfangreicher retrospektiver Patientenkohorten aus klinischen Archiven. Das Projekt verwirklichte seine Ziele durch partnerschaftliche Zusammenarbeit in drei Schlüsselbereichen: Wirtschaft, Wissenschaft und öffentlicher Gesundheit. Die neue Molekulardiagnostik muss robust und kostengünstig und herkömmlichen Techniken deutlich überlegen sein. Außerdem ist mit der Entwicklung hin zur personalisierten Medizin eine spezifischere Diagnostik gefragt, die derzeit jedoch vor allem mit gängigen analytischen Methoden kompatibel sein muss. Im Rahmen dieser Studie analysierten die Forscher mittels DNA-Methylierungs-Detektion Biopsien aus Endometriumkarzinomen, insbesondere spezifische Zielstrukturen wie den Östrogenrezeptor (ER) und nachgeschaltete Zielgene dieses wichtigen nukleären Hormonrezeptor-Transkriptionsfaktors. Erstmals wurde die Regulierung molekularer Varianten des ER beschrieben, wobei verschiedene analytische Verfahren von der Bisulfit-Sequenzierung für die hochauflösende Analyse bis hin zu MeDIP eingesetzt wurden, die mit niedriger Auflösung arbeitet. Im Lauf des Projekts wurde MIRA durch MeDIP ersetzt, um Analysen mit niedriger Auflösung durchzuführen. Das Projekt kann auch eine Reihe technologischer Neuerungen vorweisen. So war nach Ende des Förderzeitraums ein rasanter Aufschwung, nicht nur in der Epigenomik, sondern auch bei der Chip-seq- und DNA-Sequenzierung zu beobachten, im Zuge dessen das Microarray-Screening vielfach durch Chip-seq-Analyse ersetzt wurde. Derzeit wird die Technologie noch optimiert. Das Projekt verzeichnete an vielen Fronten Erfolge, etwa entwickelte es modernste Technologien für die Epigenomik, einem Gebiet, das sich im Projektzeitraum große Fortschritte machte. Die Forschungsergebnisse wurden in Fachzeitschriften veröffentlicht. Die neuen Produkte, die aus dem Projekt hervorgingen, sind bereits auf dem Markt. Schließlich brachte das Projekt Partner zusammen, die sich gegenseitig fachlich bereichern konnten, und etablierte tragfähige Partnerschaften.
Schlüsselbegriffe
Molekulare Diagnostik, Gebärmutterkrebs, klinische Diagnose, Östrogen-Rezeptor, Epigenomik
