Rozwijanie molekularnej diagnostyki epigenetycznej
Uczestnicy projektu "ChIP and MIRA for clinical diagnosis" (DIA-CHIP) pracowali nad stworzeniem nowoczesnych technik molekularnych do rutynowej, wysokoprzepustowej analizy stanu epigenetycznego próbek klinicznych, a w szczególności tych w formaldehydzie/parafinie (FFPE), aby umożliwić zaawansowaną diagnostykę molekularną i analizy biomedyczne na potrzeby retrospektywnego badania przesiewowego dużych kohort pacjentów na podstawie archiwalnej dokumentacji klinicznej. Cele projektu udało się zrealizować dzięki współpracy między trzema kluczowymi sektorami: przedsiębiorstw, akademickim i zdrowia publicznego. Nowa diagnostyka molekularna musi być solidna i niedroga, a także posiada istotne korzyści w porównaniu z istniejącymi technikami. Co więcej, biorąc pod uwagę zwrot ku medycynie spersonalizowanej, diagnostyka musi być o wiele bardziej specyficzna. Na chwilę obecną jednak techniki diagnostyczne muszą być zgodne z obowiązującymi aktualnie standardami analitycznymi. Pracując zgodnie z tymi założeniami, badacze przeanalizowali próbki raka trzonu macicy przy pomocy technologii wykrywania metylacji DNA. Uczeni koncentrowali się na konkretnych celach, takich jak receptor estrogenowy (ER) i geny docelowe niższego rzędu tego ważnego czynnika transkrypcyjnego jądrowego receptora hormonalnego. Po raz pierwszym naukowcom udało się scharakteryzować regulację wariantów molekularnych ER. Analizę przeprowadzono przy pomocy szeregu różnych technik, od sekwencjonowania wodorosiarczynowego umożliwiającego analizę wysokorozdzielczą po MeDIP do prac w niskiej rozdzielczości. W czasie realizacji projektu zastąpiono MeDIP metodą MIRA jako techniką do analizy niskorozdzielczej. W trakcie prac wprowadzono też inne zmiany technologiczne. Wkrótce po rozpoczęciu projektu na świecie nastąpiła istna eksplozja w dziedzinie epigenetyki. Równocześnie szybko rozwijały się technologie ChIP-seq i sekwencjonowania DNA. W efekcie testy mikromacierzowe zostały wyparte przez metodę ChiP-seq. Obecnie trwają prace nad udoskonaleniem tej technologii. Uczestnicy projektu odnieśli sukcesy na wielu polach. Udało się udoskonalić technologie przeznaczone do wykorzystania w badaniach epigenetycznych, które uległy znacznemu rozwinięciu w czasie realizacji inicjatywy. Na podstawie badań przygotowano kilka artykułów, które złożono do publikacji w czasopismach naukowych. Omawiane prace zaowocowały też powstaniem kilku nowych, wprowadzanych obecnie na rynek produktów. Partnerzy projektu dzielili się cennymi wiadomościami i nawiązali trwałą współpracę.
Słowa kluczowe
Diagnostyka molekularna, rak trzonu macicy, diagnostyka kliniczna, receptor estrogenowy, epigenetyka
