Eine universelle und integrative Plattform für Bioinformatik
Für biologische Analysen müssen heterogene Daten aus verschiedensten Quellen zusammengeführt werden, u.a. aus Hochdurchsatzsequenzierungen, klassischer Biochemie und Molekularbiologie. Nur eine effektive Integration dieser Daten ermöglicht einen systembiologischen Forschungsansatz auf zellulärer Ebene. Trotz rasanter Fortschritte in der Bioinformatik bei der Verarbeitung, Validierung und Integration von Daten mangelt es jedoch immer noch an gemeinsamen und integrativen Vorgehensweisen, um vorhandenes Wissen besser zu organisieren. Ziel des EU-finanzierten Projekts EMBRACE (A European model for bioinformatic research and community education) war die Zusammenführung europäischer Gruppen aus Bioinformatik und Molekularbiologie in einem Netzwerk. Biologen aus Akademie und kommerziellem Sektor integrierten und optimierten im Rahmen von EMBRACE bioinformatische Methoden und Ressourcen aus ihren Fachbereichen für einen effizienteren Datenaustausch. Im Rahmen intensiver kooperativer Bemühungen isoliert arbeitender europäischer Forschergruppen und Ressourcen sollte die Unmenge an bioinformatischen Daten gesammelt, aufgearbeitet und organisiert werden. Die heterogenen Informationen wurden mit verschiedenen Methoden in Datenbanken des Europäischen Bioinformatik-Instituts (EBI) zusammengeführt. Entwickelt und validiert wurde hierfür eine gemeinsame Schnittstelle mit definierten Standards, über die die Daten der einzelnen Fachbereiche abgerufen und eingepflegt werden. Diese Datenbank wird nun allen europäischen Forschern zur Verfügung stehen. Auf diese Weise konnte EMBRACE die Fortschritte in diesen Fachbereichen integrieren und allgemein verfügbar machen, neue Werkzeuge entwickeln und Schnittstellen für bioinformatische Anwendungen programmieren. Die von EMBRACE organisierten Schulungsmaßnahmen sollten Forschergruppen in- und außerhalb des Projekts in die Erweiterung und Anwendung der neuen Methoden einführen. Das Projekt entwickelte damit eine grundlegende Infrastruktur für die allgemeine und umfassende Integration biologischer Daten und Ressourcen. Die neue Ontologie EDAM (EMBRACE Data and Methods) für die Annotation ist auch über die Webseite des Europäischen Labors für Molekularbiologie (EMBL) des EBI (EMBL-EBI) abrufbar.
