Des progrès dans les instruments de diagnostic de l'immunodéficience
Les immunodéficiences primaires (IDP) sont des troubles génétiques rares qui touchent environ 1 personne sur 100 000 ou moins. On estime, en Europe, que 60 000 patients sont touchés par ces IDP. Actuellement, des mutations dans 179 gènes ont été identifiées comme responsables des IDP, aussi l'analyse de la mutation est nécessaire pour prévenir l'hérédité de ces troubles. Il est cependant très difficile, coûteux et long d'obtenir un diagnostic. Pour faire face à ces problèmes, le projet EURO-GENE-SCAN («European genetic disease diagnostics») financé par l'UE s'est attaché à développer des technologies d'extraction à haut débit pour le diagnostic des IDP de manière plus rapide et efficace. Les objectifs scientifiques du consortium comprenaient l'adaptation du séquençage de l'ADN pour les gènes liés à l'IDP, le développement d'une puce spécifique basée sur le polymorphisme de nucléotide simple (PNS) et l'optimisation du dépistage à grande échelle à l'aide de biopuces à protéines en phase inverse (RPP - reverse phase protein). Pour amplifier les régions génomiques présentant un intérêt pour une analyse ultérieure de la mutation, les partenaires ont développé une technologie de capture de l'ADN basée sur l'hybridation des constructions d'ensembles d'oligonucléotides, appelés «sélecteurs», pour des séquences définies d'acides nucléiques cibles. Les sélecteurs contiennent des séquences complémentaires-cibles et tiennent lieu de modèles de ligature pour diriger la circularisation des fragments d'ADN cible qui peuvent ensuite être amplifiés. Cette méthode a été adaptée afin d'introduire un ensemble complet de 156 gènes de l'IDP ainsi que des gènes récemment découverts. La conception choisie s'est basée sur plus de 12 000 sélecteurs qui couvraient toutes les mutations potentielles des 179 gènes liés à l'IDP. Les analyses de patients présentant une immunodéficience en anticorps de type DICV (déficit immunitaire commun variable) et leurs familles ont révélé une mutation dans le récepteur TACI au facteur de nécrose tumoral 13B (TNFRSF13B). En utilisant des matrices de PNS à l'échelle du génome, le consortium a identifié un locus modificateur potentiel qui avait muté chez les patients et non chez les membres de leur famille. Ce locus contenait des gènes impliqués dans la signalisation en aval de TACI. Le dépistage à grande échelle pour déterminer les concentrations de protéines sériques faisait également partie des objectifs du projet EURO-GENE-SCAN. La mesure des anticorps et des niveaux de compléments pourrait trouver des applications dans le diagnostic des patients présentant des carences en anticorps. Ainsi, le consortium a développé des technologies à billes qui permettent de quantifier jusqu'à 100 protéines simultanément. La mise en œuvre de la méthodologie EURO-GENE-SCAN pourrait améliorer le diagnostic des IDP et aider à expliquer l'hétérogénéité clinique observée dans ces conditions.
