Progressi degli strumenti diagnostici per l'immunodeficienza
Le immunodeficienze primarie (PID) sono disturbi genetici rari che affliggono circa 1 persona su 100 000 o con un rapporto inferiore. In Europa, si stima che il numero di pazienti affetti da PID si aggiri sulle 60 000 unità. Attualmente sono state identificate quale causa di PID mutazioni in 179 geni. Di conseguenza, è necessario procedere all'analisi delle mutazioni per poter prevenire l'ereditarietà di tali condizioni mediche. L'ottenimento della diagnosi corretta risulta però difficile e impone tempi e costi gravosi. Per affrontare queste carenze, il progetto EURO-GENE-SCAN ("European genetic disease diagnostics"), finanziato dall'UE, si è proposto di sviluppare tecnologie ad alta intensità di elaborazione per una diagnosi più rapida ed economico di PID. Gli obiettivi scientifici del consorzio comprendevano l'adattamento del sequenziamento del DNA per i geni correlati a PID, lo sviluppo di un chip specifico basato su polimorfismo a singolo nucleotide (SNP) e l'ottimizzazione di uno screening su larga scala attraverso microarray proteici in fase inversa (RPP). Per amplificare le regioni genomiche di interesse in vista di successive analisi di mutazione e del sequenziamento, i partner hanno sviluppato una tecnologia di cattura del DNA basata sull'ibridazione di chimere di oligonucleotidi, denominate "selettori" in sequenze di acido nucleico bersaglio definite. I selettori contengono sequenze complementari al bersaglio e agiscono come modelli di ligazione per indirizzare la circolarizzazione di frammenti di DNA bersaglio, che quindi possono essere amplificati. Questo metodo è stato adattato per includere la serie completa di 156 geni PID, oltre a geni appena scoperti. Il design prescelto si avvaleva di oltre 12 000 selettori che abbracciavano tutte le potenziali mutazioni dei 179 geni correlati alle PID. Le analisi di pazienti con immunodeficienza anticorpale CVID e delle loro famiglie hanno rivelato una mutazione del recettore fattore di necrosi tumorale TACI 13B (TNFRSF13B). Utilizzando analisi SNP su scala genomica, il consorzio ha identificato un potenziale locus modificatore, mutato in pazienti ma non nei familiari sani. Tale locus conteneva geni implicati nella trasduzione di segnale a valle TACI. Un altro obiettivo del progetto EURO-GENE-SCAN prevedeva lo screening su larga scala relativo alle concentrazioni di proteine nel siero. La misurazione dei livelli di anticorpi e complementi dovrebbe trovare applicazione nella diagnosi di pazienti affetti da deficienze anticorpali. A tal fine, il consorzio ha sviluppato una tecnologia bead-based (su goccia) che potrebbe quantificare fino a 100 proteine contemporaneamente. L'introduzione della metodologia di EURO-GENE-SCAN potrebbe migliorare la diagnosi di PID e contribuire a spiegare l'eterogeneità clinica osservata di tali condizioni mediche.
