Elongator. Regulacja epigenetyczna roślin w warunkach zmiennego oświetlenia.
Transkrypcja to proces życiowy, w trakcie którego wytwarzane są funkcjonalne pochodne genów, takie jak białka lub RNA. Polimeraza RNA II (RNAP) inicjuje proces transkrypcji indukując ekspresję genów i przekształcając zawartość DNA do postaci RNA. Asocjacja elongatora z enzymem RNAP umożliwia proces elongacji w transkrypcji w drodze modyfikacji histonów. Histony to białka ulegające asocjacji z DNA w jądrze komórkowym, które pomagają utrzymać strukturę chromosomu. Chociaż elongator stanowi dodatni czynnik regulujący wzrost roślin, niewiele wiadomo o jego genach docelowych oraz interaktorach. Zespół finansowanego ze środków UE projektu LIGHTER bada rolę i interakcje elongatora w procesie transkrypcji u roślin, w warunkach zróżnicowanego oświetlenia. W celu oceny odpowiedzi na ciemność, promieniowanie czerwone, dalekiej czerwieni oraz światło niebieskie, badano bulwy hipokotylu. Badacze pracujący w projekcie LIGHTER oceniali i porównywali nasiona roślin ze zmutowanym szczepem elongatora do roślin dziko rosnących , analizując ich transkryptom przy użyciu mikrooznaczeń. Transkryptom wyobraża całość RNA obecnego w danej komórce. Zmutowane nasiona charakteryzowano wg budowy i postaci oraz odpowiedzi na światło. Badanie wzrostu roślin w warunkach światła i ciemności wykazało, które geny wrażliwe na światło wchodzą w interakcję z elongatorem. Wyniki badania wykazały również w jaki sposób elongator wchodzi w interakcję z fotoreceptorami (fitochromy A i B) i w mechanizmie jakich szlaków sygnałowych dochodzi do tej interakcji. Metodą dwuetapowego oczyszczania TAP a następnie techniką spektrometrii masowej wyodrębniono 50 potencjalnych interaktorów białkowych elongatora. Są to m.in. białka wiążące RNA, podjednostki 26S proteazomu oraz białka światłoczułe. Rezultaty projektu powinny umożliwić zrozumienie regulacji epigenetycznej roślin przy ekspozycji na zróżnicowane oświetlenie, w kontekście wywołanych przez elongator zaburzeń w obrębie histonów. Zrozumienie roli elongatora, jego interakcji z białkami, fotoreceptorami oraz inicjowanych pod wpływem światła szlaków sygnałowych pomoże w opracowaniu precyzyjnych modeli badawczych. Uważa się, iż modele to pozwolą na adekwatne opisanie procesów fundamentalnych, np. rytm okołodobowy, fotomorfogeneza, fotosynteza oraz wzrost liści.