Brain connectivity metrology for personalised neuroimaging in health and disease

Informations projet

Neuro-Metrology

N° de convention de subvention: 101000969

DOI

10.3030/101000969

Date de signature de la CE 25 Juin 2021

Date de début 1 Octobre 2021

Date de fin 30 Septembre 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 995 269,00

Contribution de l’UE

€ 1 995 269,00

Coordonné par

THE UNIVERSITY OF NOTTINGHAM
United Kingdom

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Publications

Peer reviewed articles (18)

Concurrent mapping of brain ontogeny and phylogeny within a common space: Standardized tractography and applications

Auteurs: Shaun Warrington; Thompson Elinor; Bastiani Matteo; Dubois Jessica; Baxter Luke; Slater Rebeccah; Jbabdi Saad; Mars Rogier B; Sotiropoulos Stamatios N
Publié dans: Science Advances, Numéro 8, 2022, ISSN 2375-2548
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abq2022

The spatial extent of anatomical connections within the thalamus varies across the cortical hierarchy in humans and macaques

Auteurs: Amber Howell; Shaun Warrington; Clara Fonteneau' Youngsun Cho; Stamatios N. Sotiropoulos; John Murray; Alan Anticevic
Publié dans: eLife, 2024, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.95018.1

Objective QC for diffusion MRI data: Artefact detection using normative modelling

Auteurs: Ramona Cirstian; Natalie J. Forde; Jesper L. R. Andersson; Stamatios N. Sotiropoulos; Christian F. Beckmann; Andre F. Marquand
Publié dans: Imaging Neuroscience, Numéro 2, 2024, ISSN 2837-6056
Éditeur: MIT Press
DOI: 10.1162/imag_a_00144

The Human Connectome Project: A retrospective

Auteurs: Jennifer Stine Elam, Matthew F. Glasser, Michael P. Harms, Stamatios N. Sotiropoulos, Jesper L.R. Andersson, Gregory C. Burgess, Sandra W. Curtiss, Robert Oostenveld, Linda J. Larson-Prior, Jan-Mathijs Schoffelen, Michael R. Hodge, Eileen A. Cler, Daniel M. Marcus, Deanna M. Barch, Essa Yacoub, Stephen M. Smith, Kamil Ugurbil, David C. Van Essen
Publié dans: Neuroimage, Numéro 244, 2021, ISSN 1095-9572
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.neuroimage.2021.118543

Denoising Diffusion MRI: Considerations and implications for analysis

Auteurs: J.P. Manzano-Patron; Steen Moeller; Jesper L.R. Andersson; Kamil Ugurbil; Essa Yacoub; Stamatios N Sotiropoulos
Publié dans: Imaging Neuroscience, Numéro 2, 2024, ISSN 2837-6056
Éditeur: MIT Press
DOI: 10.1162/imag_a_00060

Mapping brain endophenotypes associated with idiopathic pulmonary fibrosis genetic risk

Auteurs: Ali-Reza Mohammadi-Nejad; Richard J. Allen; Luke M. Kraven; Olivia C. Leavy; R Gisli Jenkins; Louise V. Wain; Dorothee P Auer; Stamatios N. Sotiropoulos
Publié dans: eBiomedicine, Numéro 86, 2022, ISSN 2352-3964
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ebiom.2022.104356

Uncertainty mapping and probabilistic tractography using Simulation-based Inference in diffusion MRI: A comparison with classical Bayes

Auteurs: J.P. Manzano-Patrón, Michael Deistler, Cornelius Schröder, Theodore Kypraios, Pedro J. Gonçalves, Jakob H. Macke, Stamatios N. Sotiropoulos
Publié dans: Medical Image Analysis, Numéro 103, 2025, Page(s) 103580, ISSN 1361-8415
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.media.2025.103580

Whole brain functional connectivity: Insights from next generation neural mass modelling incorporating electrical synapses

Auteurs: Michael Forrester, Sammy Petros, Oliver Cattell, Yi Ming Lai, Reuben D. O’Dea, Stamatios Sotiropoulos, Stephen Coombes
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 20, 2024, Page(s) e1012647, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012647

On stability of canonical correlation analysis and partial least squares with application to brain-behavior associations

Auteurs: Markus Helmer; Shaun Warrington; Ali-Reza Mohammadi-Nejad; Jie Lisa Ji; Amber Howell; Benjamin Rosand; Alan Anticevic; Stamatios N Sotiropoulos; John D Murray
Publié dans: Communications Biology, Numéro 7, 2024, ISSN 2399-3642
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1101/2020.08.25.265546

Connectivity Profile and Function of Uniquely Human Cortical Areas

Auteurs: Katherine L. Bryant, Julia Camilleri, Shaun Warrington, Guilherme Blazquez Freches, Stamatios N. Sotiropoulos, Saad Jbabdi, Simon Eickhoff, Rogier B. Mars
Publié dans: The Journal of Neuroscience, Numéro 45, 2025, Page(s) e2017242025, ISSN 0270-6474
Éditeur: Society for Neuroscience
DOI: 10.1523/jneurosci.2017-24.2025

A resource for development and comparison of multi-modal brain 3T MRI harmonisation approaches

Auteurs: Shaun Warrington; Asante Ntata; Olivier Mougin; Jon Campbell; Andrea Torchi; Martin Craig; Fidel Alfaro-Almagro; Karla L. Miller; Paul S. Morganl Mark Jenkinson; Stamatios N. Sotiropoulos
Publié dans: Imaging Neuroscience, Numéro 1, 2023, ISSN 2837-6056
Éditeur: MIT Press
DOI: 10.1162/imag_a_00042

QuNex – An Integrative Platform for Reproducible Neuroimaging Analytics

Auteurs: Jie Lisa Ji, Jure Demsar, Clara Fonteneau, Zailyn Tamayo, Lining Pan, Aleksij Kraljic, Andraz Matkovic, Nina Purg, Markus Helmer, Shaun Warrington, Anderson Winkler, Valerio Zerbi, Timothy S. Coalson, Matthew F. Glasser, Michael P. Harms, Stamatios N. Sotiropoulos, John D. Murray, Alan Anticevic, Grega Repovs
Publié dans: Frontiers in Neuroinformatics, Numéro 17, 2023, ISSN 1662-5196
Éditeur: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fninf.2023.1104508

Cross-species neuroanatomy in primates using tractography

Auteurs: Stamatios N. Sotiropoulos, Michel Thiebaut de Schotten, Suzanne N. Haber, Stephanie J. Forkel
Publié dans: Brain Structure and Function, Numéro 230, 2025, ISSN 1863-2661
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/s00429-025-02914-8

Non-reversibility outperforms functional connectivity in characterisation of brain states in MEG data

Auteurs: Prejaas Tewarie; Rikkert Hindriks; Yi Ming Lai; Stamatios N. Sotiropoulos; Morten Kringelbach; Gustavo Deco
Publié dans: Neuroimage, Numéro 276, 2023, ISSN 1095-9572
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.neuroimage.2023.120186

Generalising XTRACT Tractography Protocols Across Common Macaque Brain Templates

Auteurs: Stephania Assimopoulos; Shaun Warrington; Katherine L Bryant; Stefan Pszczolkowski; Saad Jbabdi; Rogier B Mars; Stamatios N Sotiropoulos
Publié dans: Brain Structure and Function, 2024, ISSN 1863-2661
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/s00429-024-02760-0

Predicting time-resolved electrophysiological brain networks from structural eigenmodes

Auteurs: Prejaas Tewarie; Bastian Prasse; Jil Meier; Kanad Mandke; Shaun Warrington; Cornelis J. Stam; Matthew J. Brookes; Piet Van Mieghem; Stamatios N. Sotiropoulos; Arjan Hillebrand
Publié dans: Human Brain Mapping, Numéro 43, 2022, Page(s) 4475-4491, ISSN 1065-9471
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/hbm.25967

Right fronto-parietal networks mediate the neurocognitive benefits of enriched environments

Auteurs: Meadhbh B. Brosnan; Nir Shalev; Jivesh Ramduny; Stamatios N. Sotiropoulos; Magdalena Chechlacz
Publié dans: Brain Communications, Numéro 4, 2022, ISSN 2632-1297
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/braincomms/fcac080

A multi-site, multi-modal travelling-heads resource for brain MRI harmonisation

Auteurs: Shaun Warrington, Andrea Torchi, Olivier Mougin, Jon Campbell, Asante Ntata, Martin Craig, Stephania Assimopoulos, Fidel Alfaro-Almagro, Karla L. Miller, Mark Jenkinson, Paul S. Morgan, Stamatios N. Sotiropoulos
Publié dans: Scientific Data, Numéro 12, 2025, ISSN 2052-4463
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41597-025-04822-2

Conference proceedings (12)

Generative models of whole-brain, surface-based imaging features using artificial neural networks

Auteurs: Mohammed Amer; J.P. Manzano-Patron; Shaun Warrington; Xin Chen; Stamatios Sotiropoulos
Publié dans: Proceedings of the OHBM Annual Meeting, 2023, Page(s) 2022
Éditeur: Organization for Human Brain Mapping
DOI: 10.5281/zenodo.10719063

ON-HARMONY 2.0: A comprehensive travelling-heads resource for multi-modal neuroimaging harmonisation

Auteurs: Andrea Torchi; Shaun Warrington, Shaun; Olivier Mougin; Jon Campbell; Martin Craig; Asante Ntata; Fidel Alfaro-Almagro; Karla Miller; Mark Jenkinson; Paul Morgan; Stamatios Sotiropoulos
Publié dans: Proceedings of the BIC-ISMRM Annual Meeting, 2024, Page(s) P06
Éditeur: ISMRM
DOI: 10.5281/zenodo.13884520

EDDEN: Towards a framework for Evaluating Diffusion MRI DENoising approaches

Auteurs: J.P. Manzano Patron; Steen Moeller; Essa Yacoub; Stamatios Sotiropoulos
Publié dans: Proceedings of the ISMRM Annual Meeting, 2022, Page(s) 0165
Éditeur: International Society for Magnetic Resonance in Medicine
DOI: 10.58530/2022/0165

The effect of structural connectome estimation in modelling whole-brain functional dynamics

Auteurs: Yi Ming Lai; Michael Forrester; Stephen Coombes; Stamatios N Sotiropoulos
Publié dans: Proceedings of the OHBM Annual Meeting, 2022
Éditeur: Organization for Human Brain Mapping
DOI: 10.5281/zenodo.10718915

Tractography protocols for the neonatal brain, standardised against the adult human and macaque

Auteurs: Shaun Warrington; Elinor Thompson; Jessica Dubois; Luke Baxter; Rebeccah Slater; Rogier B Mars4; Saad Jbabdi; Matteo Bastiani; Stamatios N Sotiropoulos
Publié dans: Proceedings of the ISMRM Annual Meeting, 2022, Page(s) 0519
Éditeur: ISMRM Proceedings of the
DOI: 10.58530/2022/0519

Simulation-based inference in diffusion MRI: From uncertainty mapping to probabilistic tractography

Auteurs: J.P. Manzano-Patron; Michael Deistler; Cornelius Schroeder; Theodore Kypraios; Pedro Goncalves; Jakob Macke; Stamatios Sotiropoulos
Publié dans: Proceedings of the BIC-ISMRM Annual Meeting, 2024, Page(s) P47
Éditeur: ISMRM
DOI: 10.5281/zenodo.13885239

Cross-species Standardised Subcortical Tractography

Auteurs: Stephania Assimopoulos; Shaun Warrington; Davide Folloni; Katherine Bryant; Sarah Heilbronner; Saad Jbabdi; Rogier Mars; Stamatios Sotiropoulos
Publié dans: Proceedings of the BIC-ISMRM Annual Meeting, 2024, Page(s) T12
Éditeur: ISMRM
DOI: 10.5281/zenodo.13885811

Understanding brain diversity across ontogeny and phylogeny within a single common space

Auteurs: Shaun Warrington; E. Thompson; M. Bastiani; J. Dubois; L. Baxter; R. Slater; S. Jbabdi;, R. B. Mars; Stamatios N. Sotiropoulos
Publié dans: Proceedings of the OHBM Annual Meeting, 2022
Éditeur: Organization for Human Brain Mapping
DOI: 10.5281/zenodo.10719392

Amortised simulation-based inference in diffusion MRI using artificial neural networks

Auteurs: J.P. Manzano-Patron; Theodore Kypraios; Stamatios N. Sotiropoulos
Publié dans: Proceedings of the OHBM Annual Meeting, 2023, Page(s) 173
Éditeur: Organization for Human Brain Mapping
DOI: 10.5281/zenodo.10719146

Amortised inference in diffusion MRI biophysical models using artificial neural networks and simulation-based frameworks

Auteurs: J.P. Manzano Patron; Theodore Kypraios; Stamatios N Sotiropoulos
Publié dans: Proceedings of the ISMRM Annual Meeting, 2022, Page(s) 1644
Éditeur: International Society for Magnetic Resonance in Medicine
DOI: 10.58530/2022/1644

A testbed for harmonisation of multimodal neuroimaging data

Auteurs: Shaun Warrington; Asante Ntata; Olivier Mougin; Jon Campbell; Paul Morgan; Mark Jenkinson; Stamatios Sotiropoulos
Publié dans: Proceedings of the OHBM Annual Meeting, 2023
Éditeur: Organization for Human Bran Mapping
DOI: 10.5281/zenodo.10719184

Generalising XTRACT Tractography Protocols Across Common Macaque Brain Templates

Auteurs: Stephania Assimopoulos; Shaun Warrington; Stefan Pszczolkowski; Katherine L. Bryant; Rogier Mars; Stamatios Sotiropoulos
Publié dans: Proceedings of the OHBM Annual Meeting, 2023
Éditeur: Organization for Human Brain Mapping
DOI: 10.5281/zenodo.10723618

Other (1)

Personalized circuit modeling captures variation in cortical functional connectivity

Auteurs: Rachel A. Cooper; Murat Demirtas; Joshua B. Burt; Amber M. Howell; J. Lisa Ji; Grega Repovs; Stamatios N. Sotiropoulos; Alan Anticevic; John D. Murray
Publié dans: Biorxiv Preprint, 2024
Éditeur: biorxiv
DOI: 10.1101/2024.02.19.581085