Brain connectivity metrology for personalised neuroimaging in health and disease

Projektinformationen

Neuro-Metrology

ID Finanzhilfevereinbarung: 101000969

DOI

10.3030/101000969

EK-Unterschriftsdatum 25 Juni 2021

Startdatum 1 Oktober 2021

Enddatum 30 September 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 995 269,00

EU-Beitrag

€ 1 995 269,00

Koordiniert durch

THE UNIVERSITY OF NOTTINGHAM
United Kingdom

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (18)

Concurrent mapping of brain ontogeny and phylogeny within a common space: Standardized tractography and applications

Autoren: Shaun Warrington; Thompson Elinor; Bastiani Matteo; Dubois Jessica; Baxter Luke; Slater Rebeccah; Jbabdi Saad; Mars Rogier B; Sotiropoulos Stamatios N
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 8, 2022, ISSN 2375-2548
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abq2022

The spatial extent of anatomical connections within the thalamus varies across the cortical hierarchy in humans and macaques

Autoren: Amber Howell; Shaun Warrington; Clara Fonteneau' Youngsun Cho; Stamatios N. Sotiropoulos; John Murray; Alan Anticevic
Veröffentlicht in: eLife, 2024, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.95018.1

Objective QC for diffusion MRI data: Artefact detection using normative modelling

Autoren: Ramona Cirstian; Natalie J. Forde; Jesper L. R. Andersson; Stamatios N. Sotiropoulos; Christian F. Beckmann; Andre F. Marquand
Veröffentlicht in: Imaging Neuroscience, Ausgabe 2, 2024, ISSN 2837-6056
Herausgeber: MIT Press
DOI: 10.1162/imag_a_00144

The Human Connectome Project: A retrospective

Autoren: Jennifer Stine Elam, Matthew F. Glasser, Michael P. Harms, Stamatios N. Sotiropoulos, Jesper L.R. Andersson, Gregory C. Burgess, Sandra W. Curtiss, Robert Oostenveld, Linda J. Larson-Prior, Jan-Mathijs Schoffelen, Michael R. Hodge, Eileen A. Cler, Daniel M. Marcus, Deanna M. Barch, Essa Yacoub, Stephen M. Smith, Kamil Ugurbil, David C. Van Essen
Veröffentlicht in: Neuroimage, Ausgabe 244, 2021, ISSN 1095-9572
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.neuroimage.2021.118543

Denoising Diffusion MRI: Considerations and implications for analysis

Autoren: J.P. Manzano-Patron; Steen Moeller; Jesper L.R. Andersson; Kamil Ugurbil; Essa Yacoub; Stamatios N Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Imaging Neuroscience, Ausgabe 2, 2024, ISSN 2837-6056
Herausgeber: MIT Press
DOI: 10.1162/imag_a_00060

Mapping brain endophenotypes associated with idiopathic pulmonary fibrosis genetic risk

Autoren: Ali-Reza Mohammadi-Nejad; Richard J. Allen; Luke M. Kraven; Olivia C. Leavy; R Gisli Jenkins; Louise V. Wain; Dorothee P Auer; Stamatios N. Sotiropoulos
Veröffentlicht in: eBiomedicine, Ausgabe 86, 2022, ISSN 2352-3964
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ebiom.2022.104356

Uncertainty mapping and probabilistic tractography using Simulation-based Inference in diffusion MRI: A comparison with classical Bayes

Autoren: J.P. Manzano-Patrón, Michael Deistler, Cornelius Schröder, Theodore Kypraios, Pedro J. Gonçalves, Jakob H. Macke, Stamatios N. Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Medical Image Analysis, Ausgabe 103, 2025, Seite(n) 103580, ISSN 1361-8415
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.media.2025.103580

Whole brain functional connectivity: Insights from next generation neural mass modelling incorporating electrical synapses

Autoren: Michael Forrester, Sammy Petros, Oliver Cattell, Yi Ming Lai, Reuben D. O’Dea, Stamatios Sotiropoulos, Stephen Coombes
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) e1012647, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012647

On stability of canonical correlation analysis and partial least squares with application to brain-behavior associations

Autoren: Markus Helmer; Shaun Warrington; Ali-Reza Mohammadi-Nejad; Jie Lisa Ji; Amber Howell; Benjamin Rosand; Alan Anticevic; Stamatios N Sotiropoulos; John D Murray
Veröffentlicht in: Communications Biology, Ausgabe 7, 2024, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1101/2020.08.25.265546

Connectivity Profile and Function of Uniquely Human Cortical Areas

Autoren: Katherine L. Bryant, Julia Camilleri, Shaun Warrington, Guilherme Blazquez Freches, Stamatios N. Sotiropoulos, Saad Jbabdi, Simon Eickhoff, Rogier B. Mars
Veröffentlicht in: The Journal of Neuroscience, Ausgabe 45, 2025, Seite(n) e2017242025, ISSN 0270-6474
Herausgeber: Society for Neuroscience
DOI: 10.1523/jneurosci.2017-24.2025

A resource for development and comparison of multi-modal brain 3T MRI harmonisation approaches

Autoren: Shaun Warrington; Asante Ntata; Olivier Mougin; Jon Campbell; Andrea Torchi; Martin Craig; Fidel Alfaro-Almagro; Karla L. Miller; Paul S. Morganl Mark Jenkinson; Stamatios N. Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Imaging Neuroscience, Ausgabe 1, 2023, ISSN 2837-6056
Herausgeber: MIT Press
DOI: 10.1162/imag_a_00042

QuNex – An Integrative Platform for Reproducible Neuroimaging Analytics

Autoren: Jie Lisa Ji, Jure Demsar, Clara Fonteneau, Zailyn Tamayo, Lining Pan, Aleksij Kraljic, Andraz Matkovic, Nina Purg, Markus Helmer, Shaun Warrington, Anderson Winkler, Valerio Zerbi, Timothy S. Coalson, Matthew F. Glasser, Michael P. Harms, Stamatios N. Sotiropoulos, John D. Murray, Alan Anticevic, Grega Repovs
Veröffentlicht in: Frontiers in Neuroinformatics, Ausgabe 17, 2023, ISSN 1662-5196
Herausgeber: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fninf.2023.1104508

Cross-species neuroanatomy in primates using tractography

Autoren: Stamatios N. Sotiropoulos, Michel Thiebaut de Schotten, Suzanne N. Haber, Stephanie J. Forkel
Veröffentlicht in: Brain Structure and Function, Ausgabe 230, 2025, ISSN 1863-2661
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/s00429-025-02914-8

Non-reversibility outperforms functional connectivity in characterisation of brain states in MEG data

Autoren: Prejaas Tewarie; Rikkert Hindriks; Yi Ming Lai; Stamatios N. Sotiropoulos; Morten Kringelbach; Gustavo Deco
Veröffentlicht in: Neuroimage, Ausgabe 276, 2023, ISSN 1095-9572
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.neuroimage.2023.120186

Generalising XTRACT Tractography Protocols Across Common Macaque Brain Templates

Autoren: Stephania Assimopoulos; Shaun Warrington; Katherine L Bryant; Stefan Pszczolkowski; Saad Jbabdi; Rogier B Mars; Stamatios N Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Brain Structure and Function, 2024, ISSN 1863-2661
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/s00429-024-02760-0

Predicting time-resolved electrophysiological brain networks from structural eigenmodes

Autoren: Prejaas Tewarie; Bastian Prasse; Jil Meier; Kanad Mandke; Shaun Warrington; Cornelis J. Stam; Matthew J. Brookes; Piet Van Mieghem; Stamatios N. Sotiropoulos; Arjan Hillebrand
Veröffentlicht in: Human Brain Mapping, Ausgabe 43, 2022, Seite(n) 4475-4491, ISSN 1065-9471
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/hbm.25967

Right fronto-parietal networks mediate the neurocognitive benefits of enriched environments

Autoren: Meadhbh B. Brosnan; Nir Shalev; Jivesh Ramduny; Stamatios N. Sotiropoulos; Magdalena Chechlacz
Veröffentlicht in: Brain Communications, Ausgabe 4, 2022, ISSN 2632-1297
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/braincomms/fcac080

A multi-site, multi-modal travelling-heads resource for brain MRI harmonisation

Autoren: Shaun Warrington, Andrea Torchi, Olivier Mougin, Jon Campbell, Asante Ntata, Martin Craig, Stephania Assimopoulos, Fidel Alfaro-Almagro, Karla L. Miller, Mark Jenkinson, Paul S. Morgan, Stamatios N. Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Scientific Data, Ausgabe 12, 2025, ISSN 2052-4463
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41597-025-04822-2

Conference proceedings (12)

Generative models of whole-brain, surface-based imaging features using artificial neural networks

Autoren: Mohammed Amer; J.P. Manzano-Patron; Shaun Warrington; Xin Chen; Stamatios Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Proceedings of the OHBM Annual Meeting, 2023, Seite(n) 2022
Herausgeber: Organization for Human Brain Mapping
DOI: 10.5281/zenodo.10719063

ON-HARMONY 2.0: A comprehensive travelling-heads resource for multi-modal neuroimaging harmonisation

Autoren: Andrea Torchi; Shaun Warrington, Shaun; Olivier Mougin; Jon Campbell; Martin Craig; Asante Ntata; Fidel Alfaro-Almagro; Karla Miller; Mark Jenkinson; Paul Morgan; Stamatios Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Proceedings of the BIC-ISMRM Annual Meeting, 2024, Seite(n) P06
Herausgeber: ISMRM
DOI: 10.5281/zenodo.13884520

EDDEN: Towards a framework for Evaluating Diffusion MRI DENoising approaches

Autoren: J.P. Manzano Patron; Steen Moeller; Essa Yacoub; Stamatios Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Proceedings of the ISMRM Annual Meeting, 2022, Seite(n) 0165
Herausgeber: International Society for Magnetic Resonance in Medicine
DOI: 10.58530/2022/0165

The effect of structural connectome estimation in modelling whole-brain functional dynamics

Autoren: Yi Ming Lai; Michael Forrester; Stephen Coombes; Stamatios N Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Proceedings of the OHBM Annual Meeting, 2022
Herausgeber: Organization for Human Brain Mapping
DOI: 10.5281/zenodo.10718915

Tractography protocols for the neonatal brain, standardised against the adult human and macaque

Autoren: Shaun Warrington; Elinor Thompson; Jessica Dubois; Luke Baxter; Rebeccah Slater; Rogier B Mars4; Saad Jbabdi; Matteo Bastiani; Stamatios N Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Proceedings of the ISMRM Annual Meeting, 2022, Seite(n) 0519
Herausgeber: ISMRM Proceedings of the
DOI: 10.58530/2022/0519

Simulation-based inference in diffusion MRI: From uncertainty mapping to probabilistic tractography

Autoren: J.P. Manzano-Patron; Michael Deistler; Cornelius Schroeder; Theodore Kypraios; Pedro Goncalves; Jakob Macke; Stamatios Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Proceedings of the BIC-ISMRM Annual Meeting, 2024, Seite(n) P47
Herausgeber: ISMRM
DOI: 10.5281/zenodo.13885239

Cross-species Standardised Subcortical Tractography

Autoren: Stephania Assimopoulos; Shaun Warrington; Davide Folloni; Katherine Bryant; Sarah Heilbronner; Saad Jbabdi; Rogier Mars; Stamatios Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Proceedings of the BIC-ISMRM Annual Meeting, 2024, Seite(n) T12
Herausgeber: ISMRM
DOI: 10.5281/zenodo.13885811

Understanding brain diversity across ontogeny and phylogeny within a single common space

Autoren: Shaun Warrington; E. Thompson; M. Bastiani; J. Dubois; L. Baxter; R. Slater; S. Jbabdi;, R. B. Mars; Stamatios N. Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Proceedings of the OHBM Annual Meeting, 2022
Herausgeber: Organization for Human Brain Mapping
DOI: 10.5281/zenodo.10719392

Amortised simulation-based inference in diffusion MRI using artificial neural networks

Autoren: J.P. Manzano-Patron; Theodore Kypraios; Stamatios N. Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Proceedings of the OHBM Annual Meeting, 2023, Seite(n) 173
Herausgeber: Organization for Human Brain Mapping
DOI: 10.5281/zenodo.10719146

Amortised inference in diffusion MRI biophysical models using artificial neural networks and simulation-based frameworks

Autoren: J.P. Manzano Patron; Theodore Kypraios; Stamatios N Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Proceedings of the ISMRM Annual Meeting, 2022, Seite(n) 1644
Herausgeber: International Society for Magnetic Resonance in Medicine
DOI: 10.58530/2022/1644

A testbed for harmonisation of multimodal neuroimaging data

Autoren: Shaun Warrington; Asante Ntata; Olivier Mougin; Jon Campbell; Paul Morgan; Mark Jenkinson; Stamatios Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Proceedings of the OHBM Annual Meeting, 2023
Herausgeber: Organization for Human Bran Mapping
DOI: 10.5281/zenodo.10719184

Generalising XTRACT Tractography Protocols Across Common Macaque Brain Templates

Autoren: Stephania Assimopoulos; Shaun Warrington; Stefan Pszczolkowski; Katherine L. Bryant; Rogier Mars; Stamatios Sotiropoulos
Veröffentlicht in: Proceedings of the OHBM Annual Meeting, 2023
Herausgeber: Organization for Human Brain Mapping
DOI: 10.5281/zenodo.10723618

Other (1)

Personalized circuit modeling captures variation in cortical functional connectivity

Autoren: Rachel A. Cooper; Murat Demirtas; Joshua B. Burt; Amber M. Howell; J. Lisa Ji; Grega Repovs; Stamatios N. Sotiropoulos; Alan Anticevic; John D. Murray
Veröffentlicht in: Biorxiv Preprint, 2024
Herausgeber: biorxiv
DOI: 10.1101/2024.02.19.581085