Descrizione del progetto
Retroelementi ed evoluzione del cancro
Quasi la metà del genoma umano è costituito da elementi genetici mobili che, secondo quanto si ipotizza, sarebbero comparsi dall’integrazione di genomi derivati da retroelementi. Sebbene si ritenga che essi conferiscano nuove funzioni e vantaggi in termini di fitness per l’ospite, tali retroelementi potrebbero anche svolgere un ruolo oncogeno. Il progetto RETROFIT, finanziato dall’UE, intende rilevare e quantificare la trascrizione di retroelementi endogeni, nonché decifrare la loro partecipazione al trascrittoma tumorale. I ricercatori individueranno i retroelementi che potrebbero incidere sui tassi complessivi di sopravvivenza al cancro, oppure quelli che rispondono all’immunoterapia. Si prevede che RETROFIT svelerà nuovi bersagli per la progettazione di trattamenti antitumorali.
Obiettivo
Exaptation, the co-option of endogenous retroelements (EREs) for new molecular and cellular functions that confer a host fitness advantage, is a major force in evolution, but may also be exploited, through onco-exaptation, by tumour cells to promote the oncogenic process. There are over 4 million well-recognised and annotated individual ERE integrations in the human genome. However, their participation at the level of the more complex transcriptome is far less well understood and, therefore, the number of onco-exaptation events is likely vastly underestimated. To allow detection and quantitation of ERE transcription, we have recently de novo assembled the cancer transcriptome. This resulted in a doubling of the known transcriptome, particularly of unannotated or partially annotated transcripts derived from or overlapping with EREs. Here, we propose to utilise this extended view of ERE transcription as the framework for:
•building a genome-wide map of functionally validated ERE onco-exaptation events and
•pinpointing novel, targetable functions of EREs in immunity, cancer and their intersection
Although we identified thousands of novel ERE-overlapping transcripts in cancer, the majority are likely the consequence of transcriptional activation of normally silent EREs, with little or no impact on host cell function. Impactful and inconsequential ERE integrations will be distinguished based on a number of features, including association with cancer overall survival or response to immunotherapy, impact on adjacent gene function, evolutionary conservation and functional domain and folding predictions. Postulated function will ultimately be tested extensively in in vitro cancer cell lines, ex vivo cancer patient material and in vivo mouse cancer models, tailored to the relevant onco-exaptation event. The modification of existing gene function or the creation of new function by ERE onco-exaptation will undoubtedly uncover new targets and opportunities for cancer treatment.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA trascrittomi
- scienze mediche e della salute medicina clinica oncologia
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
ERC-ADG - Advanced Grant
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2020-ADG
Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bandoIstituzione ospitante
Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
NW1 1AT London
Regno Unito
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.