Opis projektu
Retroelementy i ewolucja raka
Niemal 50 % ludzkiego genomu składa się z ruchomych elementów genetycznych, które, jak się wydaje, powstały poprzez integrację retroelementów z genomem. Uważa się, że odpowiadają one za nowe funkcje i wywierają korzystny wpływ na zdrowie gospodarza, ale mogą też pełnić rolę onkogenną. Celem finansowanego ze środków UE projektu RETROFIT jest wykrycie i ocena ilościowa transkrypcji endogennych retroelementów oraz rozszyfrowanie ich udziału w transkryptomie komórek raka. Badacze zidentyfikują retroelementy, które mogą wpływać na ogólne wskaźniki przeżywalności chorych na raka lub odpowiedź na immunoterapię. Projekt RETROFIT może przyczynić się do odkrycia nowych celów dla terapii onkologicznych.
Cel
Exaptation, the co-option of endogenous retroelements (EREs) for new molecular and cellular functions that confer a host fitness advantage, is a major force in evolution, but may also be exploited, through onco-exaptation, by tumour cells to promote the oncogenic process. There are over 4 million well-recognised and annotated individual ERE integrations in the human genome. However, their participation at the level of the more complex transcriptome is far less well understood and, therefore, the number of onco-exaptation events is likely vastly underestimated. To allow detection and quantitation of ERE transcription, we have recently de novo assembled the cancer transcriptome. This resulted in a doubling of the known transcriptome, particularly of unannotated or partially annotated transcripts derived from or overlapping with EREs. Here, we propose to utilise this extended view of ERE transcription as the framework for:
•building a genome-wide map of functionally validated ERE onco-exaptation events and
•pinpointing novel, targetable functions of EREs in immunity, cancer and their intersection
Although we identified thousands of novel ERE-overlapping transcripts in cancer, the majority are likely the consequence of transcriptional activation of normally silent EREs, with little or no impact on host cell function. Impactful and inconsequential ERE integrations will be distinguished based on a number of features, including association with cancer overall survival or response to immunotherapy, impact on adjacent gene function, evolutionary conservation and functional domain and folding predictions. Postulated function will ultimately be tested extensively in in vitro cancer cell lines, ex vivo cancer patient material and in vivo mouse cancer models, tailored to the relevant onco-exaptation event. The modification of existing gene function or the creation of new function by ERE onco-exaptation will undoubtedly uncover new targets and opportunities for cancer treatment.
Dziedzina nauki
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
ERC-ADG - Advanced GrantInstytucja przyjmująca
NW1 1AT London
Zjednoczone Królestwo