Twinning for excellence in biophysics of protein interactions and self-assembly

Projektinformationen

TWIN2PIPSA

ID Finanzhilfevereinbarung: 101079147

DOI

10.3030/101079147

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 4 Juli 2022

Startdatum 1 Oktober 2022

Enddatum 31 März 2026

Finanziert unter

• Widening participation and spreading excellence

Gesamtkosten

€ 1 228 957,00

EU-Beitrag

€ 1 228 957,00

Koordiniert durch

FCIENCIAS.ID - ASSOCIACAO PARA A INVESTIGACAO E DESENVOLVIMENTO DE CIENCIAS
Portugal

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Leistungen

Data Management Plan (1)

Data management plan

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (44)

Constant-pH MD simulations of the protonation-triggered conformational switching in diphtheria toxin translocation domain

Autoren: Nuno F.B. Oliveira, Alexey S. Ladokhin, Miguel Machuqueiro
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 123, 2024, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.BPJ.2024.08.023

The Dimensionality of Hydrogen Bond Networks Induces Diverse Physical Properties of Peptide Crystals

Autoren: Hui Yuan, Pierre-Andre Cazade, Chengqian Yuan, Bin Xue, Vijay Bhooshan Kumar, Rusen Yang, Gal Finkelstein-Zuta, Lihi Gershon, Maoz Lahav, Sigal Rencus-Lazar, Yi Cao, Davide Levy, Damien Thompson, Ehud Gazit
Veröffentlicht in: ACS Materials Letters, Ausgabe 6, 2024, ISSN 2639-4979
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.34961/RESEARCHREPOSITORY-UL.26561434

Decoding the secrets: how conformational and structural regulators inhibit the human 20S proteasome

Autoren: Pedro M. P. Fernandes; Romina A. Guedes; Bruno L. Victor; Jorge A. R. Salvador; Rita C. Guedes
Veröffentlicht in: Frontiers in Chemistry, Ausgabe 11-2023, 2024, ISSN 2296-2646
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fchem.2023.1322628

Cyclic Peptides as Aggregation Inhibitors for Sickle Cell Disease

Autoren: Vasco Neto; Bruno Lourenço Victor; Nuno Galamba
Veröffentlicht in: Journal of Medicinal Chemistry, 2023, ISSN 0022-2623
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-qrzl0

S100B chaperone multimers suppress the formation of oligomers during Aβ42 aggregation

Autoren: António J. Figueira; Joana Saavedra; Isabel Cardoso; Cláudio M. Gomes
Veröffentlicht in: Frontiers in Neuroscience, 2023, ISSN 1662-453X
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fnins.2023.1162741

Biophysical Studies of Amyloid-Binding Fluorophores to Tau AD Core Fibrils Formed without Cofactors

Autoren: Daniela P. Freitas, Joana Saavedra, Isabel Cardoso, Cláudio M. Gomes
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 25, 2024, ISSN 1422-0067
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/IJMS25189946

Recent advances on molecular dynamics-based techniques to address drug membrane permeability with atomistic detail

Autoren: André M.M. Gomes, Paulo J. Costa, Miguel Machuqueiro
Veröffentlicht in: BBA Advances, Ausgabe 4, 2023, ISSN 2667-1603
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.BBADVA.2023.100099

A human microglial cell model of autosomal recessive spastic ataxia of Charlevoix-Saguenay

Autoren: Fernanda Murtinheira, Elisa Farsetti, Luana Macedo, Ana Sofia Boasinha, Mario S. Rodrigues, Adelaide Fernandes, Federico Herrera
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease, Ausgabe 1870, 2024, ISSN 0925-4439
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.BBADIS.2024.167452

S100B chaperone multimers suppress the formation of oligomers during Aβ42 aggregation

Autoren: António J. Figueira, Joana Saavedra, Isabel Cardoso, Cláudio M. Gomes
Veröffentlicht in: Frontiers in Neuroscience, Ausgabe 17, 2023, ISSN 1662-453X
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FNINS.2023.1162741

Secondary Modification of S100B Influences Anti Amyloid-β Aggregation Activity and Alzheimer’s Disease Pathology

Autoren: Romina Coelho; Chiara A. De Benedictis; Ann Katrin Sauer; António J. Figueira; Hélio Faustino; Andreas M. Grabrucker; Cláudio M. Gomes
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2024, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms25031787

Probing the Interactions of Thiazole Abietane Inhibitors with the Human Serine Hydrolases ABHD16A and ABHD12

Autoren: Tiina J. Ahonen, Choa P. Ng, Beatriz Farinha, Bárbara Almeida, Bruno L. Victor, Christopher Reynolds, Eija Kalso, Jari Yli-Kauhaluoma, Jennifer Greaves, Vânia M. Moreira
Veröffentlicht in: ACS Medicinal Chemistry Letters, Ausgabe 14, 2023, ISSN 1948-5875
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACSMEDCHEMLETT.3C00313

Functional modulation of RAGE activation by multimeric S100B using single-domain antibodies

Autoren: Margarida C. Simões, Joana S. Cristóvão, Els Pardon, Jan Steyaert, Günter Fritz, Cláudio M. Gomes
Veröffentlicht in: Journal of Biological Chemistry, Ausgabe 300, 2024, ISSN 0021-9258
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.JBC.2024.107983

Molecular Engineering of Ordered Piezoelectric Sulfonic Acid‐Containing Assemblies

Autoren: Hui Yuan, Pierre‐Andre Cazade, Shuaikang Zhou, Linda J. W. Shimon, Chengqian Yuan, Dan Tan, Cunshun Liu, Wei Fan, Vijayakanth Thangavel, Yi Cao, Damien Thompson, Xuehai Yan, Rusen Yang, Bin Xue, Ehud Gazit
Veröffentlicht in: Small, Ausgabe 20, 2023, ISSN 1613-6810
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/SMLL.202309493

Neuronal expression of S100B triggered by oligomeric Aβ peptide contributes to protection against cytoskeletal damage and synaptic loss

Autoren: Joana Saavedra, Mariana Nascimento, António J. Figueira, Marina I. Oliveira da Silva, Tiago Gião, João Oliveira, Márcia A. Liz, Cláudio M. Gomes, Isabel Cardoso
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Neuroscience, Ausgabe 18, 2025, ISSN 1662-5099
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FNMOL.2025.1636365

Intrinsic bond strength index as a halogen bond interaction energy predictor

Autoren: Ona Šivickytė, Paulo J. Costa
Veröffentlicht in: Physical Chemistry Chemical Physics, Ausgabe 25, 2023, ISSN 1463-9076
Herausgeber: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.26434/CHEMRXIV-2022-C6NPJ-V3

Is There a Functional Role for the Knotted Topology in Protein UCH-L1?

Autoren: Sara G. F. Ferreira, Manoj K. Sriramoju, Shang-Te Danny Hsu, Patrícia F. N. Faísca, Miguel Machuqueiro
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe 64, 2024, ISSN 1549-9596
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JCIM.4C00880

A selection and optimization strategy for single-domain antibodies targeting the PHF6 linear peptide within the tau intrinsically disordered protein

Autoren: Justine Mortelecque, Orgeta Zejneli, Séverine Bégard, Margarida C. Simões, Lea ElHajjar, Marine Nguyen, François-Xavier Cantrelle, Xavier Hanoulle, Jean-Christophe Rain, Morvane Colin, Cláudio M. Gomes, Luc Buée, Isabelle Landrieu, Clément Danis, Elian Dupré
Veröffentlicht in: Journal of Biological Chemistry, Ausgabe 300, 2024, ISSN 0021-9258
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.JBC.2024.107163EXTERNALLINK

Morphological and Biophysical Study of S100A9 Protein Fibrils by Atomic Force Microscopy Imaging and Nanomechanical Analysis

Autoren: Ana P. Carapeto, Carlos Marcuello, Patrícia F. N. Faísca, Mário S. Rodrigues
Veröffentlicht in: Biomolecules, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/BIOM14091091

Role of topology in protein thermal stability

Autoren: João N. C. Especial, Beatriz P. Teixeira, Ana Nunes, Miguel Machuqueiro, Patrícia F. N. Faísca
Veröffentlicht in: Physical Review Research, Ausgabe 8, 2026, ISSN 2643-1564
Herausgeber: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/9KZY-W2TZ

Sacsin deletion decreases cell viscoelasticity and motility in a glial cell model of autosomal recessive spastic ataxia of Charlevoix Saguenay

Autoren: Fernanda Murtinheira, João Belo, Ana Sofia Boasinha, Tiago T. Robalo, Vukosava M. Torres, Francisco R. Pinto, Constança Pimenta, Patricia Nascimento, Mario S. Rodrigues, Federico Herrera
Veröffentlicht in: Archives of Biochemistry and Biophysics, Ausgabe 772, 2025, ISSN 0003-9861
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.ABB.2025.110569

Unraveling the Aquaporin-3 Inhibitory Effect of Rottlerin by Experimental and Computational Approaches

Autoren: Inês Paccetti-Alves; Marta S. P. Batista; Catarina Pimpão; Bruno L. Victor; Graça Soveral
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences; Volume 24; Ausgabe 6; Pages: 6004, 2023, ISSN 1422-0067
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/ijms24066004

Probing the Interactions of Thiazole Abietane Inhibitors with the Human Serine Hydrolases ABHD16A and ABHD12

Autoren: Tiina J. Ahonen; Choa P. N; Beatriz Farinha; Bárbara Almeida; Bruno L. Victor; Christopher Reynolds; Eija Kalso; Jari Yli-Kauhaluoma; Jennifer Greaves; Vânia M. Moreira
Veröffentlicht in: ACS Medicinal Chemistry Letters, 2023, ISSN 1948-5875
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsmedchemlett.3c00313

Synthesis, Activity, Toxicity, and In Silico Studies of New Antimycobacterial N-Alkyl Nitrobenzamides

Autoren: João P. Pais, Olha Antoniuk, David Pires, Tiago Delgado, Andreia Fortuna, Paulo J. Costa, Elsa Anes, Luis Constantino
Veröffentlicht in: Pharmaceuticals, Ausgabe 17, 2024, ISSN 1424-8247
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/PH17050608

Conformation-Driven Phase Separation in the Linker Domain of Focal Adhesion Kinases

Autoren: Lucy Martin, Daniela P. Freitas, Emmanuelle Boll, Alain Brans, Justine Mortelecque, François-Xavier Cantrelle, Pierre Dourlen, Cláudio M. Gomes, Clément Danis, Isabelle Landrieu
Veröffentlicht in: Biochemistry, Ausgabe 64, 2025, ISSN 0006-2960
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.BIOCHEM.4C00677

Asymmetric post-translational modifications regulate the nuclear translocation of STAT3 homodimers in response to leukemia inhibitory factor

Autoren: Mickael Diallo; Constança Pimenta; Fernanda Murtinheira; Daniela Martins-Alves; Francisco R. Pinto; André Abrantes da Costa; Ricardo Letra-Vilela; Vanesa Martin; Carmen Rodriguez; Mário S. Rodrigues; Federico Herrera
Veröffentlicht in: Cellular Oncology, 2023, ISSN 2211-3436
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3188959/v1

Assessment of Halogen Off-Center Point-Charge Models Using Explicit Solvent Simulations

Autoren: Andreia Fortuna; Paulo J. Costa
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, 2023, ISSN 1549-9596
Herausgeber: ACS Publications
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-sgbfb

Cyclic Peptides as Aggregation Inhibitors for Sickle Cell Disease

Autoren: Vasco Neto, Bruno Lourenço Victor, Nuno Galamba
Veröffentlicht in: Journal of Medicinal Chemistry, Ausgabe 66, 2023, ISSN 0022-2623
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.26434/CHEMRXIV-2023-QRZL0

Assessment of Halogen Off-Center Point-Charge Models Using Explicit Solvent Simulations

Autoren: Andreia Fortuna, Paulo J. Costa
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe 63, 2023, ISSN 1549-9596
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.26434/CHEMRXIV-2023-SGBFB

Amyloid-like Structures in Marine Adhesive Proteins

Autoren: Mariana Rodrigues Santos, Bárbara Joana Henriques, Romana Santos
Veröffentlicht in: Marine Drugs, Ausgabe 23, 2025, ISSN 1660-3397
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/MD23090363

Secondary Modification of S100B Influences Anti Amyloid-β Aggregation Activity and Alzheimer’s Disease Pathology

Autoren: Romina Coelho, Chiara A. De Benedictis, Ann Katrin Sauer, António J. Figueira, Hélio Faustino, Andreas M. Grabrucker, Cláudio M. Gomes
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 25, 2024, ISSN 1422-0067
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/IJMS25031787

Is spastic ataxia 8 a protein misfolding disorder?

Autoren: Pedro Ferreira-Peralta; Brenda França; Fernanda Murtinheira; Mario S. Rodrigues; Federico Herrera
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease, 2023, ISSN 0925-4439
Herausgeber: Elsevier B.V.
DOI: 10.1016/j.bbadis.2023.166882

Recent advances on molecular dynamics-based techniques to address drug membrane permeability with atomistic detail

Autoren: André M.M. Gomes; Paulo J. Costa; Miguel Machuqueiro
Veröffentlicht in: BBA Advances, 2023, ISSN 2667-1603
Herausgeber: Elsevier B.V.
DOI: 10.1016/j.bbadva.2023.100099

Influence of Iodine Merz–Singh–Kollman Radius on the Calculated Charges and Hydration Free Energies of Iodinated Molecules

Autoren: Andreia Fortuna; Pedro M. S. Suzano; Miguel Machuqueiro; Paulo J. Costa
Veröffentlicht in: Journal of Computational Biophysics and Chemistry, Ausgabe 04, 2024, ISSN 2737-4165
Herausgeber: World Scientific Publishing
DOI: 10.1142/S2737416523500722

Journal of Biological Chemistry

Autoren: Justine Mortelecque; Orgeta Zejneli; Séverine Bégard; Margarida C. Simões; Lea ElHajjar; Marine Nguyen; François-Xavier Cantrelle; Xavier Hanoulle; Jean-Christophe Rain; Morvane Colin; Cláudio M. Gomes; Luc Buée; Isabelle Landrieu; ClémenDanis C, Dupré E.
Veröffentlicht in: Journal of Biological Chemistry, Ausgabe 4, 2024, ISSN 0021-9258
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.jbc.2024.107163

S100B Mitigates Cytoskeletal and Mitochondrial Alterations in a Glial Cell Model of Autosomal Recessive Spastic Ataxia of Charlevoix-Saguenay

Autoren: Ana Sofia Boasinha, Fernanda Murtinheira, Susana Solá, Cláudio M. Gomes, Federico Herrera
Veröffentlicht in: Molecular Neurobiology, Ausgabe 62, 2025, ISSN 0893-7648
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/S12035-025-05057-3

Cross-Interactions of Aβ Peptides Implicated in Alzheimer’s Disease Shape Amyloid Oligomer Structures and Aggregation

Autoren: Tanja Habeck, Silvana Smilla Zurmühl, António J. Figueira, Edvaldo Vasconcelos Soares Maciel, Cláudio M. Gomes, Frederik Lermyte
Veröffentlicht in: ACS Chemical Neuroscience, Ausgabe 15, 2024, ISSN 1948-7193
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACSCHEMNEURO.4C00492

Intrinsic Bond Strength Index as a halogen bond interaction energy predictor

Autoren: Ona Šivickytė; Paulo J. Costa
Veröffentlicht in: Physical Chemistry Chemical Physics, 2023, ISSN 1463-9084
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.26434/chemrxiv-2022-c6npj

Adding the AMBER 14SB Force Field to the Stochastic Titration CpHMD Method

Autoren: João G. N. Sequeira, Adrian E. Roitberg, Miguel Machuqueiro
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 21, 2025, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.26434/CHEMRXIV-2025-38NFP

Folding and knotting of biotic and prebiotic amino acid sequences through reverse evolution

Autoren: João N.C. Especial, Patrícia F.N. Faísca
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 124, 2025, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1101/2025.06.04.657801

Discrete Actuation of Water‐Responsive Crystalline Metal–Peptide Frameworks

Autoren: Hui Yuan, Yiming Tang, Elma Naranjo, Pierre‐Andre Cazade, Yifei Yao, Vijayakanth Thangavel, Rusen Yang, Sigal Rencus‐Lazar, Damien Thompson, Linda J. W. Shimon, Guanghong Wei, Xi Chen, Ehud Gazit
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 64, 2025, ISSN 1433-7851
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/ANIE.202513629

Decoding the secrets: how conformational and structural regulators inhibit the human 20S proteasome

Autoren: Pedro M. P. Fernandes, Romina A. Guedes, Bruno L. Victor, Jorge A. R. Salvador, Rita C. Guedes
Veröffentlicht in: Frontiers in Chemistry, Ausgabe 11, 2024, ISSN 2296-2646
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FCHEM.2023.1322628

Is spastic ataxia 8 a protein misfolding disorder?

Autoren: Pedro Ferreira-Peralta, Brenda França, Fernanda Murtinheira, Mario S. Rodrigues, Federico Herrera
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease, Ausgabe 1870, 2024, ISSN 0925-4439
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.BBADIS.2023.166882

Asymmetric post-translational modifications regulate the nuclear translocation of STAT3 homodimers in response to leukemia inhibitory factor

Autoren: Mickael Diallo, Constança Pimenta, Fernanda Murtinheira, Daniela Martins-Alves, Francisco R. Pinto, André Abrantes da Costa, Ricardo Letra-Vilela, Vanesa Martin, Carmen Rodriguez, Mário S. Rodrigues, Federico Herrera
Veröffentlicht in: Cellular Oncology, Ausgabe 47, 2023, ISSN 2211-3428
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.21203/RS.3.RS-3188959/V1

Unraveling the Aquaporin-3 Inhibitory Effect of Rottlerin by Experimental and Computational Approaches

Autoren: Inês Paccetti-Alves, Marta S. P. Batista, Catarina Pimpão, Bruno L. Victor, Graça Soveral
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 24, 2023, ISSN 1422-0067
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/IJMS24066004

Other (7)

Identifying functional sites at scale

Autoren: Cagiada, Matteo
Veröffentlicht in: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.10409579

Proximity Labelling Assays to Detect Protein Interactions in Cells

Autoren: Bar, Daniel
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14046998

Shifting KRAS hotspot mutations inhibition paradigm in colorectal cancer

Autoren: Ana Rita Brás; Ana Lopes; Nuno Mendes; Paulo J. Costa; Anabela Ferreira; Sara Granja; Ana Paula Silva; Francisco Tortosa; Fátima Baltazar; Fátima Gärtner; Maria João Sousa; Andreia Valente; Ana Preto
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.08.09.552513

Computational tools to analyse protein stability and abundance

Autoren: Schulze, Thea Klarsø
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.10783195

Understanding intrinsically disordered proteins: from integrative modelling to design

Autoren: Pesce, Francesco
Veröffentlicht in: 2023
DOI: 10.5281/zenodo.10379566

Computational tools to analyse protein variant effects

Autoren: Jonsson, Nicolas
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.10783189

Advanced Microscopy and Live Cell Imaging

Autoren: Lisby, Michael
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/ZENODO.14046016

Thesis and dissertations (3)

Investigation of S100 proteins and their role in huntingtin aggregation

Autoren: Marta Sofia Silva da Cruz Botelho
Veröffentlicht in: ULisboa Repository, 2023
Herausgeber: Author Edition

The role of post-translational modifications on NKX6-2 behavior and function

Autoren: Brenda Gabriella França
Veröffentlicht in: NOVA University Repository, 2023
Herausgeber: Author Edition

Sea urchin inspired adhesive proteins - expression and purification of Nectin structural domains

Autoren: Mariana Rodrigues dos Santos
Veröffentlicht in: ULisboa Repository, 2023
Herausgeber: Author Edition