Artificial RNA regulators to probe, control, and design gene regulatory networks in bacteria

Información del proyecto

ArtRNA

Identificador del acuerdo de subvención: 101088027

DOI

10.3030/101088027

Fecha de la firma de la CE 31 Marzo 2023

Fecha de inicio 1 Noviembre 2023

Fecha de finalización 31 Octubre 2028

Financiado con arreglo a

• European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 999 913,00

Aportación de la UE

€ 1 999 913,00

Coordinado por

FRIEDRICH-SCHILLER-UNIVERSITÄT JENA
Germany

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Resultado final

Data Management Plan (1)

Data Management Plan

Drafting of Data Management Plan

Publicaciones

Peer reviewed articles (15)

Dynamont: A comprehensive cross-species comparison of ONT segmentation tools

Autores: Jannes Spangenberg, Christian Höner zu Siederdissen, Winfried Goettsch, Lennart Köhler, Liz Maria Luke, Kai Papenfort, Manja Marz
Publicado en: GigaScience, Edición 15, 2026, ISSN 2047-217X
Editor: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/GIGASCIENCE/GIAG005

An RNA sponge directs the transition from feast to famine in Caulobacter crescentus

Autores: Laura N. Vogt, Manuel Velasco Gomariz, Malte Siemers, Kai Papenfort, Kathrin S. Fröhlich
Publicado en: Nature Communications, Edición 16, 2025, ISSN 2041-1723
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65274-1

ProQ-associated small RNAs control motility in <i>Vibrio cholerae</i>

Autores: Rabea Ghandour; Daniel Devlitsarov; Phillip Popp; Sahar Melamed; Michaela Huber; Malte Siemers; Thomas Krüger; Olaf Kniemeyer; Andreas Klingl; Axel A Brakhage; Marc Erhardt; Kai Papenfort
Publicado en: Nucleic Acids Research, 2024, ISSN 1362-4962
Editor: Oxford Academic
DOI: 10.18452/33833

Phage–phage competition and biofilms affect interactions between two virulent bacteriophages and <i>Pseudomonas aeruginosa</i>

Autores: Bürkle, Magdalena; Korf, Imke; Lippegaus, Anne; Krautwurst, Sebastian; Rohde, Christine; Weissfuss, Chantal; Nouailles, Geraldine; Tene, Xavière Menatong; Gaborieau, Baptiste; Ghigo, Jean-Marc; Ricard, Jean-Damien; Hocke, Andreas; Papenfort, Kai; Debarbieux, Laurent; Witzenrath, Martin; Wienhold, Sandra-Maria; Krishnamoorthy, Gopinath
Publicado en: The ISME Journal, 2025, ISSN 1751-7370
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1093/ISMEJO/WRAF065

The <scp>FsrA</scp> ‐Mediated Iron‐Sparing Response Regulates the Biosynthesis of the Epipeptide <scp>EPE</scp> in <i>Bacillus subtilis</i>

Autores: Sarah Miercke; Rabea Ghandour; Kai Papenfort; Thorsten Mascher
Publicado en: Molecular Microbiology, 2025, ISSN 1365-2958
Editor: WILEY
DOI: 10.22541/AU.175458099.91754374/V1

ChimericFragments: Computation, analysis, and visualization of global RNA networks

Autores: Malte Siemers; Anne Lippegaus; Kai Papenfort
Publicado en: NAR Genomics and Bioinformatics, 2023, ISSN 2631-9268
Editor: Oxford Academic
DOI: 10.1093/NARGAB/LQAE035

Insights into bacterial metabolism from small RNAs

Autores: Kai Papenfort; Gisela Storz
Publicado en: Cell Chemical Biology, 2024, ISSN 2451-9448
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/J.CHEMBIOL.2024.07.002

Quorum sensing employs a dual regulatory mechanism to repress T3SS gene expression

Autores: Payel Paul; Ram Podicheti; Logan J. Geyman; Elizabeth N. Baker; Kai Papenfort; Douglas B. Rusch; Julia C. van Kessel
Publicado en: mBio, 2025, ISSN 2150-7511
Editor: ASM
DOI: 10.1128/MBIO.00106-25

One transcript, two functions: the emerging roles of dual-function RNAs

Autores: Liz Maria Luke, Kai Papenfort
Publicado en: microLife, Edición 6, 2025, ISSN 2633-6693
Editor: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/FEMSML/UQAF034

Microbial Electrosynthesis Reshapes Energy Metabolism and Physiology in Clostridium ljungdahlii

Autores: Sara Al Sbei , Santiago T Boto , Thomas Krüger , Kai Papenfort , Martin Westermann , Aurélie Jost , Falk Harnisch , Axel A Brakhage, Miriam A Rosenbaum
Publicado en: Microbial Biotechnology, 2026, ISSN 1751-7915
Editor: Wiley
DOI: 10.1111/1751-7915.70398

Small RNAs direct attack and defense mechanisms in a quorum sensing phage and its host

Autores: Marcel Sprenger, Malte Siemers, Sebastian Krautwurst, Kai Papenfort
Publicado en: Cell Host &amp; Microbe, Edición 32, 2024, ISSN 1931-3128
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CHOM.2024.03.010

Extracellular Vesicles From <i>Xylella fastidiosa</i> Carry sRNAs and Genomic Islands, Suggesting Roles in Recipient Cells

Autores: Alessa Ruf; Patrick Blumenkamp; Christina Ludwig; Anne Lippegaus; Andreas Brachmann; Andreas Klingl; Alexander Goesmann; Karina Brinkrolf; Kai Papenfort; Silke Robatzek
Publicado en: Journal of Extracellular Vesicles, 2025, ISSN 2001-3078
Editor: WILEY
DOI: 10.1002/JEV2.70102

A 3’UTR-derived small RNA modulates the life cycle of the cholera toxin–encoding filamentous phage, CTXϕ

Autores: Anne Lippegaus, James R.J. Haycocks, Eoghan O’Driscoll, Marcel Sprenger, Kerstin Thriene, Elke-Martina Jung, Malte Siemers, Sebastian Krautwurst, David C. Grainger, Kai Papenfort
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 123, 2026, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/PNAS.2535142123

Genome-wide profiling of Hfq-bound RNAs reveals the iron-responsive small RNA RusT in <i>Caulobacter crescentus</i>

Autores: Vogt, Laura N; Panis, Gaël; Schäpers, Anna; Peschek, Nikolai; Huber, Michaela; Papenfort, Kai; Viollier, Patrick; Fröhlich, Kathrin S
Publicado en: mBio, 2024, ISSN 2150-7511
Editor: ASM
DOI: 10.1128/MBIO.03153-23

The global RNA–RNA interactome of<i>Klebsiella pneumoniae</i>unveils a small RNA regulator of cell division

Autores: Eric Ruhland; Malte Siemers; Ruman Gerst; Felix Späth; Laura Nicole Vogt; Marc Thilo Figge; Kai Papenfort; Kathrin Sophie Fröhlich
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, ISSN 1091-6490
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/PNAS.2317322121