Artificial RNA regulators to probe, control, and design gene regulatory networks in bacteria

Información del proyecto

ArtRNA

Identificador del acuerdo de subvención: 101088027

DOI

10.3030/101088027

Fecha de la firma de la CE 31 Marzo 2023

Fecha de inicio 1 Noviembre 2023

Fecha de finalización 31 Octubre 2028

Financiado con arreglo a

• European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 999 913,00

Aportación de la UE

€ 1 999 913,00

Coordinado por

FRIEDRICH-SCHILLER-UNIVERSITÄT JENA
Germany

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Resultado final

Data Management Plan (1)

Data Management Plan

Drafting of Data Management Plan

Publicaciones

Peer reviewed articles (10)

An RNA sponge directs the transition from feast to famine in Caulobacter crescentus

Autores: Laura N. Vogt, Manuel Velasco Gomariz, Malte Siemers, Kai Papenfort, Kathrin S. Fröhlich
Publicado en: Nature Communications, Edición 16, 2025, ISSN 2041-1723
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65274-1

ProQ-associated small RNAs control motility in <i>Vibrio cholerae</i>

Autores: Rabea Ghandour; Daniel Devlitsarov; Phillip Popp; Sahar Melamed; Michaela Huber; Malte Siemers; Thomas Krüger; Olaf Kniemeyer; Andreas Klingl; Axel A Brakhage; Marc Erhardt; Kai Papenfort
Publicado en: Nucleic Acids Research, 2024, ISSN 1362-4962
Editor: Oxford Academic
DOI: 10.18452/33833

Phage–phage competition and biofilms affect interactions between two virulent bacteriophages and <i>Pseudomonas aeruginosa</i>

Autores: Bürkle, Magdalena; Korf, Imke; Lippegaus, Anne; Krautwurst, Sebastian; Rohde, Christine; Weissfuss, Chantal; Nouailles, Geraldine; Tene, Xavière Menatong; Gaborieau, Baptiste; Ghigo, Jean-Marc; Ricard, Jean-Damien; Hocke, Andreas; Papenfort, Kai; Debarbieux, Laurent; Witzenrath, Martin; Wienhold, Sandra-Maria; Krishnamoorthy, Gopinath
Publicado en: The ISME Journal, 2025, ISSN 1751-7370
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1093/ISMEJO/WRAF065

ChimericFragments: Computation, analysis, and visualization of global RNA networks

Autores: Malte Siemers; Anne Lippegaus; Kai Papenfort
Publicado en: NAR Genomics and Bioinformatics, 2023, ISSN 2631-9268
Editor: Oxford Academic
DOI: 10.1093/NARGAB/LQAE035

Insights into bacterial metabolism from small RNAs

Autores: Kai Papenfort; Gisela Storz
Publicado en: Cell Chemical Biology, 2024, ISSN 2451-9448
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/J.CHEMBIOL.2024.07.002

Quorum sensing employs a dual regulatory mechanism to repress T3SS gene expression

Autores: Payel Paul; Ram Podicheti; Logan J. Geyman; Elizabeth N. Baker; Kai Papenfort; Douglas B. Rusch; Julia C. van Kessel
Publicado en: mBio, 2025, ISSN 2150-7511
Editor: ASM
DOI: 10.1128/MBIO.00106-25

Small RNAs direct attack and defense mechanisms in a quorum sensing phage and its host

Autores: Marcel Sprenger, Malte Siemers, Sebastian Krautwurst, Kai Papenfort
Publicado en: Cell Host &amp; Microbe, Edición 32, 2024, ISSN 1931-3128
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CHOM.2024.03.010

Extracellular Vesicles From <i>Xylella fastidiosa</i> Carry sRNAs and Genomic Islands, Suggesting Roles in Recipient Cells

Autores: Alessa Ruf; Patrick Blumenkamp; Christina Ludwig; Anne Lippegaus; Andreas Brachmann; Andreas Klingl; Alexander Goesmann; Karina Brinkrolf; Kai Papenfort; Silke Robatzek
Publicado en: Journal of Extracellular Vesicles, 2025, ISSN 2001-3078
Editor: WILEY
DOI: 10.1002/JEV2.70102

Genome-wide profiling of Hfq-bound RNAs reveals the iron-responsive small RNA RusT in <i>Caulobacter crescentus</i>

Autores: Vogt, Laura N; Panis, Gaël; Schäpers, Anna; Peschek, Nikolai; Huber, Michaela; Papenfort, Kai; Viollier, Patrick; Fröhlich, Kathrin S
Publicado en: mBio, 2024, ISSN 2150-7511
Editor: ASM
DOI: 10.1128/MBIO.03153-23

The global RNA–RNA interactome of<i>Klebsiella pneumoniae</i>unveils a small RNA regulator of cell division

Autores: Eric Ruhland; Malte Siemers; Ruman Gerst; Felix Späth; Laura Nicole Vogt; Marc Thilo Figge; Kai Papenfort; Kathrin Sophie Fröhlich
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, ISSN 1091-6490
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/PNAS.2317322121