Artificial RNA regulators to probe, control, and design gene regulatory networks in bacteria

Projektinformationen

ArtRNA

ID Finanzhilfevereinbarung: 101088027

DOI

10.3030/101088027

EK-Unterschriftsdatum 31 März 2023

Startdatum 1 November 2023

Enddatum 31 Oktober 2028

Finanziert unter

• European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 999 913,00

EU-Beitrag

€ 1 999 913,00

Koordiniert durch

FRIEDRICH-SCHILLER-UNIVERSITÄT JENA
Germany

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Leistungen

Data Management Plan (1)

Data Management Plan

Drafting of Data Management Plan

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (10)

An RNA sponge directs the transition from feast to famine in Caulobacter crescentus

Autoren: Laura N. Vogt, Manuel Velasco Gomariz, Malte Siemers, Kai Papenfort, Kathrin S. Fröhlich
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65274-1

ProQ-associated small RNAs control motility in <i>Vibrio cholerae</i>

Autoren: Rabea Ghandour; Daniel Devlitsarov; Phillip Popp; Sahar Melamed; Michaela Huber; Malte Siemers; Thomas Krüger; Olaf Kniemeyer; Andreas Klingl; Axel A Brakhage; Marc Erhardt; Kai Papenfort
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2024, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.18452/33833

Phage–phage competition and biofilms affect interactions between two virulent bacteriophages and <i>Pseudomonas aeruginosa</i>

Autoren: Bürkle, Magdalena; Korf, Imke; Lippegaus, Anne; Krautwurst, Sebastian; Rohde, Christine; Weissfuss, Chantal; Nouailles, Geraldine; Tene, Xavière Menatong; Gaborieau, Baptiste; Ghigo, Jean-Marc; Ricard, Jean-Damien; Hocke, Andreas; Papenfort, Kai; Debarbieux, Laurent; Witzenrath, Martin; Wienhold, Sandra-Maria; Krishnamoorthy, Gopinath
Veröffentlicht in: The ISME Journal, 2025, ISSN 1751-7370
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1093/ISMEJO/WRAF065

ChimericFragments: Computation, analysis, and visualization of global RNA networks

Autoren: Malte Siemers; Anne Lippegaus; Kai Papenfort
Veröffentlicht in: NAR Genomics and Bioinformatics, 2023, ISSN 2631-9268
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/NARGAB/LQAE035

Insights into bacterial metabolism from small RNAs

Autoren: Kai Papenfort; Gisela Storz
Veröffentlicht in: Cell Chemical Biology, 2024, ISSN 2451-9448
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/J.CHEMBIOL.2024.07.002

Quorum sensing employs a dual regulatory mechanism to repress T3SS gene expression

Autoren: Payel Paul; Ram Podicheti; Logan J. Geyman; Elizabeth N. Baker; Kai Papenfort; Douglas B. Rusch; Julia C. van Kessel
Veröffentlicht in: mBio, 2025, ISSN 2150-7511
Herausgeber: ASM
DOI: 10.1128/MBIO.00106-25

Small RNAs direct attack and defense mechanisms in a quorum sensing phage and its host

Autoren: Marcel Sprenger, Malte Siemers, Sebastian Krautwurst, Kai Papenfort
Veröffentlicht in: Cell Host &amp; Microbe, Ausgabe 32, 2024, ISSN 1931-3128
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CHOM.2024.03.010

Extracellular Vesicles From <i>Xylella fastidiosa</i> Carry sRNAs and Genomic Islands, Suggesting Roles in Recipient Cells

Autoren: Alessa Ruf; Patrick Blumenkamp; Christina Ludwig; Anne Lippegaus; Andreas Brachmann; Andreas Klingl; Alexander Goesmann; Karina Brinkrolf; Kai Papenfort; Silke Robatzek
Veröffentlicht in: Journal of Extracellular Vesicles, 2025, ISSN 2001-3078
Herausgeber: WILEY
DOI: 10.1002/JEV2.70102

Genome-wide profiling of Hfq-bound RNAs reveals the iron-responsive small RNA RusT in <i>Caulobacter crescentus</i>

Autoren: Vogt, Laura N; Panis, Gaël; Schäpers, Anna; Peschek, Nikolai; Huber, Michaela; Papenfort, Kai; Viollier, Patrick; Fröhlich, Kathrin S
Veröffentlicht in: mBio, 2024, ISSN 2150-7511
Herausgeber: ASM
DOI: 10.1128/MBIO.03153-23

The global RNA–RNA interactome of<i>Klebsiella pneumoniae</i>unveils a small RNA regulator of cell division

Autoren: Eric Ruhland; Malte Siemers; Ruman Gerst; Felix Späth; Laura Nicole Vogt; Marc Thilo Figge; Kai Papenfort; Kathrin Sophie Fröhlich
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, ISSN 1091-6490
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/PNAS.2317322121