Artificial RNA regulators to probe, control, and design gene regulatory networks in bacteria

Informazioni relative al progetto

ArtRNA

ID dell’accordo di sovvenzione: 101088027

DOI

10.3030/101088027

Data della firma CE 31 Marzo 2023

Data di avvio 1 Novembre 2023

Data di completamento 31 Ottobre 2028

Finanziato da

• European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 999 913,00

Contributo UE

€ 1 999 913,00

Coordinato da

FRIEDRICH-SCHILLER-UNIVERSITÄT JENA
Germany

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Data Management Plan (1)

Data Management Plan

Drafting of Data Management Plan

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (10)

An RNA sponge directs the transition from feast to famine in Caulobacter crescentus

Autori: Laura N. Vogt, Manuel Velasco Gomariz, Malte Siemers, Kai Papenfort, Kathrin S. Fröhlich
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 16, 2025, ISSN 2041-1723
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65274-1

ProQ-associated small RNAs control motility in <i>Vibrio cholerae</i>

Autori: Rabea Ghandour; Daniel Devlitsarov; Phillip Popp; Sahar Melamed; Michaela Huber; Malte Siemers; Thomas Krüger; Olaf Kniemeyer; Andreas Klingl; Axel A Brakhage; Marc Erhardt; Kai Papenfort
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, 2024, ISSN 1362-4962
Editore: Oxford Academic
DOI: 10.18452/33833

Phage–phage competition and biofilms affect interactions between two virulent bacteriophages and <i>Pseudomonas aeruginosa</i>

Autori: Bürkle, Magdalena; Korf, Imke; Lippegaus, Anne; Krautwurst, Sebastian; Rohde, Christine; Weissfuss, Chantal; Nouailles, Geraldine; Tene, Xavière Menatong; Gaborieau, Baptiste; Ghigo, Jean-Marc; Ricard, Jean-Damien; Hocke, Andreas; Papenfort, Kai; Debarbieux, Laurent; Witzenrath, Martin; Wienhold, Sandra-Maria; Krishnamoorthy, Gopinath
Pubblicato in: The ISME Journal, 2025, ISSN 1751-7370
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1093/ISMEJO/WRAF065

ChimericFragments: Computation, analysis, and visualization of global RNA networks

Autori: Malte Siemers; Anne Lippegaus; Kai Papenfort
Pubblicato in: NAR Genomics and Bioinformatics, 2023, ISSN 2631-9268
Editore: Oxford Academic
DOI: 10.1093/NARGAB/LQAE035

Insights into bacterial metabolism from small RNAs

Autori: Kai Papenfort; Gisela Storz
Pubblicato in: Cell Chemical Biology, 2024, ISSN 2451-9448
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/J.CHEMBIOL.2024.07.002

Quorum sensing employs a dual regulatory mechanism to repress T3SS gene expression

Autori: Payel Paul; Ram Podicheti; Logan J. Geyman; Elizabeth N. Baker; Kai Papenfort; Douglas B. Rusch; Julia C. van Kessel
Pubblicato in: mBio, 2025, ISSN 2150-7511
Editore: ASM
DOI: 10.1128/MBIO.00106-25

Small RNAs direct attack and defense mechanisms in a quorum sensing phage and its host

Autori: Marcel Sprenger, Malte Siemers, Sebastian Krautwurst, Kai Papenfort
Pubblicato in: Cell Host &amp; Microbe, Numero 32, 2024, ISSN 1931-3128
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CHOM.2024.03.010

Extracellular Vesicles From <i>Xylella fastidiosa</i> Carry sRNAs and Genomic Islands, Suggesting Roles in Recipient Cells

Autori: Alessa Ruf; Patrick Blumenkamp; Christina Ludwig; Anne Lippegaus; Andreas Brachmann; Andreas Klingl; Alexander Goesmann; Karina Brinkrolf; Kai Papenfort; Silke Robatzek
Pubblicato in: Journal of Extracellular Vesicles, 2025, ISSN 2001-3078
Editore: WILEY
DOI: 10.1002/JEV2.70102

Genome-wide profiling of Hfq-bound RNAs reveals the iron-responsive small RNA RusT in <i>Caulobacter crescentus</i>

Autori: Vogt, Laura N; Panis, Gaël; Schäpers, Anna; Peschek, Nikolai; Huber, Michaela; Papenfort, Kai; Viollier, Patrick; Fröhlich, Kathrin S
Pubblicato in: mBio, 2024, ISSN 2150-7511
Editore: ASM
DOI: 10.1128/MBIO.03153-23

The global RNA–RNA interactome of<i>Klebsiella pneumoniae</i>unveils a small RNA regulator of cell division

Autori: Eric Ruhland; Malte Siemers; Ruman Gerst; Felix Späth; Laura Nicole Vogt; Marc Thilo Figge; Kai Papenfort; Kathrin Sophie Fröhlich
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, ISSN 1091-6490
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/PNAS.2317322121