Artificial RNA regulators to probe, control, and design gene regulatory networks in bacteria

Informations projet

ArtRNA

N° de convention de subvention: 101088027

DOI

10.3030/101088027

Date de signature de la CE 31 Mars 2023

Date de début 1 Novembre 2023

Date de fin 31 Octobre 2028

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 913,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 913,00

Coordonné par

FRIEDRICH-SCHILLER-UNIVERSITÄT JENA
Germany

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Data Management Plan (1)

Data Management Plan

Drafting of Data Management Plan

Publications

Peer reviewed articles (10)

An RNA sponge directs the transition from feast to famine in Caulobacter crescentus

Auteurs: Laura N. Vogt, Manuel Velasco Gomariz, Malte Siemers, Kai Papenfort, Kathrin S. Fröhlich
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-65274-1

ProQ-associated small RNAs control motility in <i>Vibrio cholerae</i>

Auteurs: Rabea Ghandour; Daniel Devlitsarov; Phillip Popp; Sahar Melamed; Michaela Huber; Malte Siemers; Thomas Krüger; Olaf Kniemeyer; Andreas Klingl; Axel A Brakhage; Marc Erhardt; Kai Papenfort
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2024, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.18452/33833

Phage–phage competition and biofilms affect interactions between two virulent bacteriophages and <i>Pseudomonas aeruginosa</i>

Auteurs: Bürkle, Magdalena; Korf, Imke; Lippegaus, Anne; Krautwurst, Sebastian; Rohde, Christine; Weissfuss, Chantal; Nouailles, Geraldine; Tene, Xavière Menatong; Gaborieau, Baptiste; Ghigo, Jean-Marc; Ricard, Jean-Damien; Hocke, Andreas; Papenfort, Kai; Debarbieux, Laurent; Witzenrath, Martin; Wienhold, Sandra-Maria; Krishnamoorthy, Gopinath
Publié dans: The ISME Journal, 2025, ISSN 1751-7370
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1093/ISMEJO/WRAF065

ChimericFragments: Computation, analysis, and visualization of global RNA networks

Auteurs: Malte Siemers; Anne Lippegaus; Kai Papenfort
Publié dans: NAR Genomics and Bioinformatics, 2023, ISSN 2631-9268
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/NARGAB/LQAE035

Insights into bacterial metabolism from small RNAs

Auteurs: Kai Papenfort; Gisela Storz
Publié dans: Cell Chemical Biology, 2024, ISSN 2451-9448
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/J.CHEMBIOL.2024.07.002

Quorum sensing employs a dual regulatory mechanism to repress T3SS gene expression

Auteurs: Payel Paul; Ram Podicheti; Logan J. Geyman; Elizabeth N. Baker; Kai Papenfort; Douglas B. Rusch; Julia C. van Kessel
Publié dans: mBio, 2025, ISSN 2150-7511
Éditeur: ASM
DOI: 10.1128/MBIO.00106-25

Small RNAs direct attack and defense mechanisms in a quorum sensing phage and its host

Auteurs: Marcel Sprenger, Malte Siemers, Sebastian Krautwurst, Kai Papenfort
Publié dans: Cell Host &amp; Microbe, Numéro 32, 2024, ISSN 1931-3128
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CHOM.2024.03.010

Extracellular Vesicles From <i>Xylella fastidiosa</i> Carry sRNAs and Genomic Islands, Suggesting Roles in Recipient Cells

Auteurs: Alessa Ruf; Patrick Blumenkamp; Christina Ludwig; Anne Lippegaus; Andreas Brachmann; Andreas Klingl; Alexander Goesmann; Karina Brinkrolf; Kai Papenfort; Silke Robatzek
Publié dans: Journal of Extracellular Vesicles, 2025, ISSN 2001-3078
Éditeur: WILEY
DOI: 10.1002/JEV2.70102

Genome-wide profiling of Hfq-bound RNAs reveals the iron-responsive small RNA RusT in <i>Caulobacter crescentus</i>

Auteurs: Vogt, Laura N; Panis, Gaël; Schäpers, Anna; Peschek, Nikolai; Huber, Michaela; Papenfort, Kai; Viollier, Patrick; Fröhlich, Kathrin S
Publié dans: mBio, 2024, ISSN 2150-7511
Éditeur: ASM
DOI: 10.1128/MBIO.03153-23

The global RNA–RNA interactome of<i>Klebsiella pneumoniae</i>unveils a small RNA regulator of cell division

Auteurs: Eric Ruhland; Malte Siemers; Ruman Gerst; Felix Späth; Laura Nicole Vogt; Marc Thilo Figge; Kai Papenfort; Kathrin Sophie Fröhlich
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, ISSN 1091-6490
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/PNAS.2317322121