Fast yet accurate routine rational design of novel enzymes

Informacje na temat projektu

FASTEN

Identyfikator umowy o grant: 101088032

DOI

10.3030/101088032

Data podpisania przez KE 27 Lutego 2023

Data rozpoczęcia 1 Października 2023

Data zakończenia 30 Września 2028

Finansowanie w ramach

• European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 996 250,00

Wkład UE

€ 1 996 250,00

Koordynowany przez

UNIVERSITAT DE GIRONA
Spain

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (17)

Of Revolutions and Roadblocks: The Emerging Role of Machine Learning in Biocatalysis

Autorzy: Tobias Vornholt, Peter Stockinger, Mojmír Mutný, Markus Jeschek, Bettina Nestl, Gustav Oberdorfer, Silvia Osuna, Jürgen Pleiss, Ditte Hededam Welner, Andreas Krause, Rebecca Buller, Thomas R. Ward
Opublikowane w: ACS Central Science, Numer 11, 2025, ISSN 2374-7943
Wydawca: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACSCENTSCI.5C00949

Decrypting Allostery in Membrane-Bound K-Ras4B Using Complementary <i>In Silico</i> Approaches Based on Unbiased Molecular Dynamics Simulations

Autorzy: Matteo Castelli, Filippo Marchetti, Sílvia Osuna, A. Sofia F. Oliveira, Adrian J. Mulholland, Stefano A. Serapian, Giorgio Colombo
Opublikowane w: Journal of the American Chemical Society, Numer 146, 2024, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/JACS.3C11396

Divergent Oxidation Reactions of <i>E</i>‐ and <i>Z</i>‐Allylic Primary Alcohols by an Unspecific Peroxygenase

Autorzy: Jiacheng Li, Cristina Duran, Balázs Pogrányi, Katy A. S. Cornish, Jared Cartwright, Sílvia Osuna, William P. Unsworth, Gideon Grogan
Opublikowane w: Angewandte Chemie International Edition, Numer 64, 2025, ISSN 1433-7851
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/ANIE.202422241

Evolution Enhances Kemp Eliminase Activity by Optimizing Oxyanion Stabilization and Conformational Flexibility

Autorzy: Hiva Doustmohammadi, Janet Sanchez, Dhani Ram Mahato, Sílvia Osuna
Opublikowane w: Chemistry – A European Journal, Numer 31, 2025, ISSN 0947-6539
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/CHEM.202403747

Shortest Path Map correlation-based tool for capturing functionally relevant allosteric networks and its application in enzyme design

Autorzy: Esther Pruna Cortada, Sílvia Osuna
Opublikowane w: Comptes Rendus. Chimie, Numer 28, 2025, ISSN 1631-0748
Wydawca: Cellule MathDoc/Centre Mersenne
DOI: 10.5802/CRCHIM.389

A naturally occurring standalone <scp>TrpB</scp> enzyme provides insights into allosteric communication within tryptophan synthase

Autorzy: Thomas Kinateder, Lukas Drexler, Cristina Duran, Sílvia Osuna, Reinhard Sterner
Opublikowane w: Protein Science, Numer 34, 2025, ISSN 0961-8368
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/PRO.70103

Distal mutations enhance catalysis in designed enzymes by facilitating substrate binding and product release

Autorzy: Niayesh Zarifi, Pooja Asthana, Hiva Doustmohammadi, Cindy Klaus, Janet Sanchez, Serena E. Hunt, Rojo V. Rakotoharisoa, Sílvia Osuna, James S. Fraser, Roberto A. Chica
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 16, 2025, ISSN 2041-1723
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-63802-7

Interplay Between Substrate Polarity and Protein Dynamics in Evolved Kemp Eliminases

Autorzy: Francesca Peccati, Elizabeth L. Noey, K. N. Houk, Silvia Osuna, Gonzalo Jiménez‐Osés
Opublikowane w: ChemCatChem, Numer 16, 2025, ISSN 1867-3880
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/CCTC.202400444

Harnessing conformational dynamics in enzyme catalysis to achieve nature-like catalytic efficiencies: the shortest path map tool for computational enzyme redesign

Autorzy: Cristina Duran, Guillem Casadevall, Sílvia Osuna
Opublikowane w: Faraday Discussions, Numer 252, 2024, ISSN 1359-6640
Wydawca: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/D3FD00156C

The shortest path method (SPM) webserver for computational enzyme design

Autorzy: Guillem Casadevall, Jordi Casadevall, Cristina Duran, Sílvia Osuna
Opublikowane w: Protein Engineering, Design and Selection, Numer 37, 2024, ISSN 1741-0126
Wydawca: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/PROTEIN/GZAE005

Expanding the Repertoire of Photoswitchable Unnatural Amino Acids for Enzyme Engineering

Autorzy: Caroline Hiefinger, Michela Marcon, Verena Pape, Guillem Casadevall, Ranit Lahmy, Christoph Haag, Julian Nazet, Michael Bartl, Astrid Bruckmann, Sílvia Osuna, Burkhard König, Andrea Hupfeld
Opublikowane w: Angewandte Chemie International Edition, Numer 64, 2025, ISSN 1433-7851
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/ANIE.202508562

A Dynamic Loop in Halohydrin Dehalogenase HheG Regulates Activity and Enantioselectivity in Epoxide Ring Opening

Autorzy: Marcel Staar, Lina Ahlborn, Miquel Estévez-Gay, Katharina Pallasch, Sílvia Osuna, Anett Schallmey
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 14, 2025, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACSCATAL.4C04815

Altering Active-Site Loop Dynamics Enhances Standalone Activity of the Tryptophan Synthase Alpha Subunit

Autorzy: Cristina Duran, Thomas Kinateder, Caroline Hiefinger, Reinhard Sterner, Sílvia Osuna
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 14, 2024, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACSCATAL.4C04587

Engineering of Conserved Sequence Motif 1 Residues in Halohydrin Dehalogenase HheC Simultaneously Enhances Activity, Stability, and Enantioselectivity

Autorzy: Sophie Staar, Miquel Estévez-Gay, Felix Kaspar, Sílvia Osuna, Anett Schallmey
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 15, 2025, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACSCATAL.5C00819

Channel matters: Overcoming diffusion bottlenecks via loop engineering of LinD for enhanced isoprene production

Autorzy: Julian L. Wissner, Max-Philipp Fischer, Wendy Escobedo-Hinojosa, Jan Klenk, Bettina M. Nestl, Jan Seeger, Anibal Cuetos, Gideon Grogan, Javier Iglesias-Fernández, Sílvia Osuna, Gloria Saab-Rincón, Bernhard Hauer
Opublikowane w: Journal of Biotechnology, Numer 407, 2025, ISSN 0168-1656
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.JBIOTEC.2025.07.019

Controlling Monoterpene Isomerization by Guiding Challenging Carbocation Rearrangement Reactions in Engineered Squalene‐Hopene Cyclases

Autorzy: Julian Ludwig, Christian Curado‐Carballada, Stephan C. Hammer, Andreas Schneider, Svenja Diether, Nico Kress, Sergi Ruiz‐Barragán, Sílvia Osuna, Bernhard Hauer
Opublikowane w: Angewandte Chemie International Edition, Numer 63, 2024, ISSN 1433-7851
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/ANIE.202318913

Reversible Substrate-Specific Photocontrol of the Chemotherapeutic Asparaginase(-Glutaminase) from <i>Escherichia coli</i>

Autorzy: Mona Wieland, Jonnely Luizaga, Cristina Duran, Barbara Germscheid, Johanna Rein, Astrid Bruckmann, Caroline Hiefinger, Sílvia Osuna, Andrea Hupfeld
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 15, 2025, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACSCATAL.5C01608