Projektbeschreibung
Entwicklungsplastizität: eine unkonventionelle Rolle der Transkriptionsfaktoren
Wie ein Schloss und ein Schlüssel, die eine mehrere Blocks entfernte Tür öffnen, binden Verstärkerelemente, die weit von den Genen entfernt sind, die sie regulieren, Transkriptionsfaktoren, um die Gentranskription zu steuern. Was aber, wenn der „Schlüssel“, der bindende Faktor bei Transkriptionsfaktoren, immer gebunden war und seine Rolle nicht in der direkten Aktivierung des Verstärkers bestand? Im Rahmen des ERC-finanzierten Projekts SENCE wird dies im Zusammenhang mit der Regulierung der Differenzierung embryonaler Stammzellen durch die extrazelluläre signalbezogene Kinase untersuchen. Das Team hat herausgefunden, dass die Regulierung von Verstärkern bei der Signalgebung nicht durch Transkriptionsfaktoren erfolgt, die stattdessen die zukünftige Aktivierung blockieren. Im Rahmen des Projekts soll die grundlegende Natur der Verstärkeraktivität erforscht und untersucht werden, ob die Entkopplung der Transkriptionsregulierung von der Bindung der Entwicklungsplastizität zugrunde liegt.
Ziel
Transcription is regulated by transcription factors (TFs) bound at enhancer elements located long-distances from the genes they regulate. How does this account for dynamic responses to the environment via signaling? Canonical views invoke signal induced changes in TF expression/modification or cofactor localization, but here we suggest that TF occupancy could be present before and after the signal, establishing competence, ensuring plasticity and blocking premature commitment. For ERK signaling, a central regulator of embryonic stem cell (ESC) differentiation, we found enhancers were regulated via selective recruitment of RNA Polymerase II (RNAPII) and associated cofactors. In this case, TFs do not play a direct role in enhancer regulation, but safeguard future activation in response to changes in signaling. In the context of developmental biology this paradigm could explain the dynamic nature of cell specification in the early mammalian embryo. In this proposal, we seek to understand enhancer specific regulation by ERK, exploit our ability to manipulate ERK to disentangle mechanism and focus on preimplantation development to explore how these phenomena explain plasticity. To circumvent heterogeneity created by feedback inhibition we developed a unique ESC line for cell intrinsic and synchronous ERK induction. We combine these ESCs with rapid TF degradation mutants to isolate homogeneous cell states that can be exploited to generate unique datasets and identify key factors within ERK response. We address how coactivator phosphorylation promotes selective recruitment of Mediator/RNAPII, explore the fundamental nature of enhancer activity and ask how uncoupling of transcriptional regulation from TF binding underpins developmental plasticity. By exploiting our capacity to modulate enhancer activity via signaling, we not only address how signaling regulates transcription to drive differentiation choices, but how enhancers themselves regulate gene expression.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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Programm/Programme
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
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(öffnet in neuem Fenster) ERC-2022-ADG
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