Nucleotide dependency analysis of genomic language models detects functional elements
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Autoren:
Pedro Tomaz da Silva, Alexander Karollus, Johannes Hingerl, Gihanna Sta. Teresa Galindez, Nils Wagner, Xavier Hernandez-Alias, Danny Incarnato, Julien Gagneur
Veröffentlicht in:
Nature Genetics, Ausgabe 57, 2025, ISSN 1061-4036
Herausgeber:
Springer Science and Business Media LLC
DOI:
10.1038/S41588-025-02347-3
Flashzoi: an enhanced Borzoi for accelerated genomic analysis
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Autoren:
Johannes C. Hingerl; Alexander Karollus; Julien Gagneur
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, 2025, ISSN 1367-4811
Herausgeber:
Oxford Academic
DOI:
10.1101/2024.12.18.629121
Nature Methods
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Autoren:
Johannes C. Hingerl; Laura D. Martens; Alexander Karollus; Trevor Manz; Jason D. Buenrostro; Fabian J. Theis; Julien Gagneur
Veröffentlicht in:
Nature Methods, 2025, ISSN 1548-7091
Herausgeber:
Nature
DOI:
10.1038/S41592-025-02854-5
Ribosomes modulate transcriptome abundance via generalized frameshift and out-of-frame mRNA decay
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Autoren:
Yujie Zhang, Lilit Nersisyan, Eliska Fürst, Ioannis Alexopoulos, Carlos Santolaria, Susanne Huch, Claudio Bassot, Elena Garre, Per Sunnerhagen, Ilaria Piazza, Vicent Pelechano
Veröffentlicht in:
Molecular Cell, Ausgabe 85, 2025, ISSN 1097-2765
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/J.MOLCEL.2025.04.022
