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FAIRification of multiOmics data to link databases and create knowledge graphs for fermented foods

Projektbeschreibung

Wissensgraphen zur Charakterisierung von Fermentationen auf Pflanzenbasis

Pflanzliche Milch- und Fleischalternativen werden immer beliebter. Allerdings können sie ernährungsphysiologisch unausgewogen sein und sie erfordern ein besseres Geschmacksprofil. Mikroorganismen werden seit Jahrtausenden zur Herstellung und Konservierung von Lebensmitteln sowie zur Erhöhung der Lebensmittelsicherheit eingesetzt. Dennoch müssen die komplizierten mikrobiellen Gemeinschaften, die die pflanzliche Fermentation steuern, besser charakterisiert werden, da die Daten über verschiedene Quellen verstreut sind. Das über die Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen finanzierte Projekt FAIROmics zielt darauf ab, ein interdisziplinäres Forschungsprogramm für FAIRe „Omik“-Daten und die Interoperabilität von Datenbanken einzurichten. Diese Initiative zielt zudem darauf ab, Wissensgraphen zu entwickeln, die eine datengestützte Entscheidungsfindung und das Design mikrobieller Gemeinschaften für auf Pflanzenbasis fermentierte Lebensmittel erleichtern. Darüber hinaus umfasst das Projekt ein Schulungsprogramm zur Verbesserung der Fähigkeiten von Promotionsstudierenden in den Bereichen KI, Bio-, Geistes- und Sozialwissenschaften.

Ziel

A transition towards sustainable food systems is urgently needed to face challenges such as climate change or scarcity of resources. Food impact accounts for 26% of global greenhouse gas emissions. Animal-based food products in the European diet is the most important factor determining the footprint of food consumption. Plant-based dairy and meat alternatives have grown in popularity in recent years for various reasons, including sustainability and health benefits as well as lifestyle trends and dietary restrictions. However, plant-based food products can be nutritionally unbalanced, and their flavour profiles may limit their acceptance by consumers. Microorganisms have been used in making food products for millennia. Besides their primary role in food preservation, by virtue of their fermentative metabolism, they contribute to improving food safety and organoleptic properties and can provide additional health-promoting effects. However, the diversity of microbial communities driving plant-based fermentations, as well as their key genetic and phenotypic traits and potential synergies among community members, remain poorly characterized. Many data exist but they are spread into different literatures (scientific and grey) or in best case in different databases, but not always reusable because difficult to find, access and because databases are not systematically interoperable. The FAIROmics innovative interdisciplinary research programme will gather universities and private companies to enable the FAIRification of omics data and databases interoperability, and develop knowledge graphs for data-driven decision making to rationally design microbial communities for imparting desirable characteristics to plant-based fermented foods in the context of open science and its regulations. The FAIROmics training programme aims at developing Doctoral candidates’ skills at the interface between artificial intelligence, life sciences, humanities and social sciences.

Koordinator

INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT
Netto-EU-Beitrag
€ 565 387,20
Adresse
147 RUE DE L'UNIVERSITE
75007 Paris
Frankreich

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Region
Ile-de-France Ile-de-France Paris
Aktivitätstyp
Research Organisations
Links
Gesamtkosten
Keine Daten

Beteiligte (10)

Partner (16)