Descrizione del progetto
Democratizzare il sequenziamento di nuova generazione con un quadro di calcolo innovativo
Il sequenziamento di nuova generazione (next-generation sequencing o NGS) ha fatto per la medicina e la biologia ciò che i transistor hanno fatto per i circuiti elettronici e la potenza di calcolo. Il numero di campioni di acidi nucleici sequenziati raddoppia ogni due anni. Tuttavia, sebbene la produttività sia aumentata notevolmente, la preparazione di librerie di sequenze non è stata praticamente affrontata e i metodi limitati per farlo sono costosi e richiedono molto tempo. Il progetto MultiSeq, finanziato dal CER, mira a far progredire la sua soluzione bioinformatica a questi problemi per democratizzare l’NGS. La soluzione consiste in una strategia di multiplazione per ridurre il numero di librerie, seguita da una demultiplazione di calcolo. Gli algoritmi saranno integrati in un quadro di calcolo e sperimentati in un ambiente industriale, e saranno studiati i requisiti di commercializzazione.
Obiettivo
Recent advances in Next-Generation Sequencing (NGS) of nucleic acids (i.e. DNA or RNA) have transformed biology and medicine. Today NGS is one of the main pillars of research in various biological disciplines, and it has already pervaded numerous fields of applications ranging from clinics to the biotechnological industry. Given its versatility and high demand, the global market for NGS is rapidly expanding, with the number of sequenced samples doubling every two years. However, while major advances in NGS were mainly related to a rapid increase in sequencing throughput per machine, the preparation of sequencing libraries - the other
integral step of NGS, has largely remained unchanged. Currently, this step is the major financial and operational bottleneck for sequencing projects, limiting the widespread adoption and utility of NGS. Current state-of-the-art solutions for overcoming these problems either require high upfront costs and/or are laborious. We are developing a bioinformatics solution to these problems, which minimizes the cost and time of library preparation. Our approach, called MultiSeq, allows designing a multiplexing strategy to reduce the number of libraries followed by computational demultiplexing. We plan to extend the experimental proof of concept of our method by applying it to broadly sequenced species. In addition, we will integrate our algorithms into a versatile computing framework and develop a pilot project in an industrially relevant context. In parallel, we will perform market analysis and evaluate the most suitable IP protection and commercialization strategies of our technology. If successful, MultiSeq will be a game-changing approach that will impact sequencing technology and related industries by further democratizing the field of NGS and benefiting both the scientific community and society.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-ERC-POC - HORIZON ERC Proof of Concept Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2023-POC
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
08034 BARCELONA
Spagna
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.