Descrizione del progetto
Fattori epigenetici nelle metastasi
Lo sviluppo del cancro implica processi biologici complessi, guidati da mutazioni genetiche e cambiamenti epigenetici. I cambiamenti epigenetici sono modifiche che regolano l’espressione genica senza alterare la sequenza del DNA, coinvolgendo meccanismi come la metilazione del DNA, la modifica degli istoni, gli RNA non codificanti e il rimodellamento della cromatina. I cambiamenti epigenetici stanno emergendo come attori chiave nella transizione metastatica delle cellule tumorali. Il progetto EpiMetaPDO, finanziato dal programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, utilizzerà organoidi derivati da pazienti e generati da tumori del colon primari e metastatici per studiare i cambiamenti a livello della cromatina. I ricercatori determineranno le modificazioni degli istoni e identificheranno i fattori di trascrizione chiave coinvolti nel processo, fornendo conoscenze fondamentali sui meccanismi di evoluzione del cancro.
Obiettivo
Cancer development is a convoluted biological process that reshapes cellular identity. Genetic mutations are crucial in driving such process, yet fail to fully explain metastatic transition—a critical step in cancer evolution. For this reason, reprogramming driven by non-mutational epigenetic changes is increasingly recognized as a potential mechanism by which cancer cells acquire metastatic properties. Despite the genetic heterogeneity, specific transcriptional programs are activated to promote the acquisition of such properties. Therefore, understanding the role of changes at the chromatin level in facilitating metastatic transitions becomes crucial.
To address this, I will use patient-derived organoids (PDOs) generated from primary colon cancer and various metastatic sites. PDOs are an optimal model system available in the hosting laboratory, providing a platform for investigation and subsequent functional validation. The project’s first goal is to profile changes in histone modifications and in the enhancer interactome, in primary and metastasis PDOs. This will identify chromatin states transitions and cis-regulatory elements with a key relevance in metastatic progression and maintenance (Aim 1). Transcription factors (TFs) with potential regulatory roles in these processes will be identified by integrating chromatin accessibility data and performing footprinting analysis (Aim 2). Functional validation of candidate TFs will be conducted using CRISPR perturbations, combined with single-cell multi-omic readout and in-vitro assays to assess PDOs' fitness and invasiveness potential (Aim 3). Altogether, in this project we will employ a comprehensive approach to investigate the molecular mechanisms underlying the activation of pro-metastatic gene regulatory networks, providing insights into the epigenetic drivers of metastatic transitions.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP.
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- scienze naturaliscienze biologichegeneticamutazione
- scienze mediche e della salutemedicina clinicaoncologia
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Parole chiave
Programma(i)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Meccanismo di finanziamento
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsCoordinatore
20139 Milano
Italia