Opis projektu
Zautomatyzowana platforma do modelowania dynamicznie zmieniającego się transportu biologicznego
Modele obliczeniowe „in silico” są coraz częściej wykorzystywane do analizy złożonych systemów biologicznych i przyspieszenia badań medycznych. Ich podstawą są równania różniczkowe zwyczajne, ale najlepsze z nich modelują transport tylko w stanie ustalonym ze względu na intensywną pracę związaną z ręczną konstrukcją. Utrudnia to obserwację złożonych, dynamicznie zmieniających się mechanizmów transportu. Finansowany przez ERBN projekt AUTOMATHIC przewiduje zmianę tego stanu rzeczy poprzez opracowanie zautomatyzowanych ram łączących modelowanie matematyczne i uczenie maszynowe w celu identyfikacji odpowiednich struktur równań różniczkowych zwyczajnych, oszacowania ich parametrów i skutecznej oceny wynikowych modeli. Koncentrując się na tym, w jaki sposób komórki nerek transportują toksyny i leki, zespół AUTOMATHIC wykorzysta te ramy do zidentyfikowania sposobów minimalizowania toksyczności leków z zamiarem stworzenia bezpieczniejszych terapii u pacjentów z przewlekłą chorobą nerek.
Cel
In silico models aim to capture and elucidate the complex and emergent interactions of biological systems, with the goal of expediting research and potential clinical translation. For example, ordinary differential equation (ODE) models of toxin and drug transport are being developed to bring safer therapies to chronic kidney disease patients. Despite recent progress, these cutting-edge ODEs only model transport in steady state and remain limited regarding the amount and complexity of dynamic transport mechanisms as it is often not clear which kinetic relation is most suitable. This limitation is due to the manual and labor-intensive approaches to construct the ODEs, which critically hinder their application in quantitative toxicity assessment in key industrial settings like drug development. In AUTOMATHIC, I will leverage and combine my expertise in mathematical modeling and machine learning to develop an integrated framework for automated ODE structure identification, parameter estimation and model evaluation, focusing on cell transport and signaling, which is the timely leap forward needed to create large dynamic models and transform the field. I will test and illustrate the capabilities of the developed framework by exploring the dynamics and regulation of proximal tubule (PT) toxin and drug transport. I will use the dynamic PT model to define novel therapeutic regimens that minimize toxin accumulation in combination with a state-of-the-art in vitro set-up to measure the essential time series data required for model calibration and validation. The anticipated outcomes of AUTOMATHIC are: 1) a next-generation, integrated framework for automated model structure identification and parameter estimation that will become the new standard for the creation and interrogation of large dynamic models of cell transport and signaling; 2) crucial knowledge about PT transport and metabolism; 3) a dynamic PT model to optimize nephrotoxicity protocols, drug dosing and screening.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja tego projektu została potwierdzona przez człowieka.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja tego projektu została potwierdzona przez człowieka.
- nauki przyrodnicze matematyka matematyka czysta analiza matematyczna równania różniczkowe
- nauki przyrodnicze informatyka nauki obliczeniowe
- nauki przyrodnicze informatyka sztuczna inteligencja uczenie maszynowe
- medycyna i nauki o zdrowiu medycyna kliniczna farmakologia i farmacja
- medycyna i nauki o zdrowiu medycyna kliniczna nefrologia choroby nerek
Słowa kluczowe
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
-
HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
GŁÓWNY PROGRAM
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu finansowania
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
(odnośnik otworzy się w nowym oknie) ERC-2024-STG
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego zaproszeniaInstytucja przyjmująca
Kwota netto dofinansowania ze środków Unii Europejskiej. Suma środków otrzymanych przez uczestnika, pomniejszona o kwotę unijnego dofinansowania przekazanego powiązanym podmiotom zewnętrznym. Uwzględnia podział unijnego dofinansowania pomiędzy bezpośrednich beneficjentów projektu i pozostałych uczestników, w tym podmioty zewnętrzne.
6200 MD Maastricht
Niderlandy
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.