Opis projektu
Projektowanie enzymów z wykorzystaniem technik głębokiego uczenia
Enzymy pełnią ważną rolę w biotechnologii, ponieważ katalizują złożone reakcje, ale ich projektowanie i optymalizowanie pozostaje trudnym i powolnym procesem. Finansowany przez ERBN projekt TerpenCode stara się zmienić ten stan rzeczy. W tym celu wykorzystuje głębokie uczenie do bardziej precyzyjnego modelowania reakcji enzymatycznych. Zespół projektu chce przewidywać funkcję enzymów na podstawie ich sekwencji aminokwasowych. Skupia się więc na syntazach terpenowych, które wytwarzają elementy składowe terpenoidów. Takie podejście umożliwi naukowcom opracowanie nowych wariantów enzymów, co potencjalnie może zaowocować stworzenie nowych produktów o cennych zastosowaniach. Ostatecznie postępy projektu TerpenCode mogą zrewolucjonizować projektowanie enzymów, umożliwiając szybsze i bardziej zrównoważone rozwiązania biotechnologiczne, które otworzą drzwi do zupełnie nowych szlaków chemicznych.
Cel
Enzymes are biological catalysts indispensable for biotechnology. Conventional approaches to enzyme design and optimization, relying on biochemical intuition and combinatorial mutagenesis, have yielded significant success over decades. Building on these foundations, the TerpenCode project aims to instantly elucidate and engineer enzymatic reactions by designing a new generation of deep learning models that (1) incorporate biochemical principles as inductive biases and (2) model all intermediate biochemical transformations that occur sequentially in the active site of each enzyme. We will focus on terpene synthases, which produce the core hydrocarbon scaffolds of terpenoids, the largest and most diverse class of natural products. My group has already curated a comprehensive training dataset comprising thousands of terpene synthase reaction mechanisms. In Objective O1, we will develop deep learning models for predicting the substrates, products, and reaction mechanisms of terpene synthases directly from their amino acid sequences. In Objective O2, we propose to engineer a generative machine learning algorithm for designing new variants of terpene synthases with altered quantitative product distribution, adjusted product stereochemistry, or new reaction cascades that lead to novel terpene products. We will experimentally validate these models by yeast expression experiments, including complete chemical structure elucidation of the detected reaction products. Breakthrough progress on these objectives would be a key important step towards the holy grail of biotechnology: providing a computational prediction of the exact enzyme function from its amino acid sequence and instant de novo generation of new enzymes for catalyzing desired biochemical reactions for an important class of enzymes. Generalizing our solutions further to other classes of enzymes would enable sustainable biotechnological production of a broad spectrum of new-to-nature chemicals and bioactives.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze nauki chemiczne chemia organiczna węglowodory
- nauki przyrodnicze nauki chemiczne kataliza
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki białka enzymy
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Przepraszamy… podczas wykonywania operacji wystąpił nieoczekiwany błąd.
Wymagane uwierzytelnienie. Powodem może być wygaśnięcie sesji.
Dziękujemy za przesłanie opinii. Wkrótce otrzymasz wiadomość e-mail z potwierdzeniem zgłoszenia. W przypadku wybrania opcji otrzymywania powiadomień o statusie zgłoszenia, skontaktujemy się również gdy status ulegnie zmianie.
Słowa kluczowe
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Słowa kluczowe dotyczące projektu wybrane przez koordynatora projektu. Nie należy mylić ich z pojęciami z taksonomii EuroSciVoc dotyczącymi dziedzin nauki.
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
-
HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
GŁÓWNY PROGRAM
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu finansowania
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
(odnośnik otworzy się w nowym oknie) ERC-2024-COG
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego zaproszeniaInstytucja przyjmująca
Kwota netto dofinansowania ze środków Unii Europejskiej. Suma środków otrzymanych przez uczestnika, pomniejszona o kwotę unijnego dofinansowania przekazanego powiązanym podmiotom zewnętrznym. Uwzględnia podział unijnego dofinansowania pomiędzy bezpośrednich beneficjentów projektu i pozostałych uczestników, w tym podmioty zewnętrzne.
16610 Praha 6
Czechy
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.