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Genome editing of noncoding regions to map sequence-function relationships at scale

Descrizione del progetto

Collegare le varianti del DNA non codificante alle malattie umane

Approssimativamente solo l’1-2 % del genoma umano codifica per proteine. Il resto è costituito da regioni non codificanti che svolgono un ruolo fondamentale nella regolazione dell’espressione dei geni. Nonostante il loro evidente impatto sul fenotipo e sul rischio di malattia, attualmente mancano prove sperimentali sull’effetto preciso di queste regioni. Il progetto Seq2Func-NC, finanziato dal CER, intende colmare questa lacuna nelle conoscenze e studiare le varianti non codificanti su larga scala. In questo contesto, i ricercatori svilupperanno metodi di editing primario e di screening innovativi per esplorare come le mutazioni negli introni e nelle regioni regolatorie influiscono sull’espressione genica. Lo studio identificherà nuove varianti legate alle malattie e costruirà modelli predittivi per collegare le alterazioni della sequenza del DNA ai loro effetti biologici.

Obiettivo

Deciphering how genetic variants lead to disease can advance precision diagnostics and mechanistically informed therapies. Yet, our ability to link variants in the human genome’s vast noncoding regions to phenotypic consequences is highly limited. This stems largely from a lack of experimental evidence on individual variants’ functional effects. Here, we propose to develop and deploy a suite of new genome editing methods to generate functional data for noncoding variants at unprecedented scale.

First, we will leverage a prime editing screening platform we have recently established to systematically ask how intronic variants and 5’-untranslated region (5’UTR) variants lead to loss of function (LoF) across dozens of human disease genes. Second, we will interrogate relationships between regulatory sequence variants, transcription factor binding sites (TFBSs), and genomic contexts across diverse cell types using novel methods to link variants to effects on messenger RNA (mRNA) levels. Third, we will uncover new noncoding variants underlying disease by combining variant effect prediction with large-scale functional assessment.

Collectively, this work will establish new technologies to experimentally characterize noncoding variants, delineate sequence-function relationships from 100,000s of variant effect measurements, and substantially advance our ability to predict, identify, and engineer noncoding variants of functional importance.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants

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Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) ERC-2025-STG

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Istituzione ospitante

THE FRANCIS CRICK INSTITUTE LIMITED
Contributo netto dell'UE
€ 1 499 511,00
Indirizzo
1 MIDLAND ROAD
NW1 1AT London
Regno Unito
Regione
London Inner London — West Camden and City of London
Tipo di attività
Research Organisations
Collegamenti
Costo totale
€ 1 499 511,00

Beneficiari (1)