Obiettivo The exponential increase in microbial genome and metagenome sequencing throughput has widened the gap between sequence and functional understanding. A clear picture of metabolic processes across the spectrum of bacterial species is essential to enable the exploitation of microbial genomics for the purposes of environmental biotechnology. The Microme project endeavors to extend the scope of microbial genome annotation from functional assignment at the gene level to the systematic generation of pathway assemblies and genome-scale metabolic models. A few key ideas and design principles will enable the Microme reconstruction pipeline to achieve this ambitious goal.A clear definition of a metabolic pathway as a collection of reaction sets, each of which convert the same defined inputs into the same outputs, will allow species-specific pathway variants to be identified, assembled into networks, compared across species, and used for downstream computations. A unique pathways projection, curation and assembly cycle, feeding directly into the flow of newly sequenced genomes, will allow a qualitative increase in the speed and reliability of the pathway generation process. Pathways and models produced the pipeline will be accessible to the scientific community as an integrated resource via the Microme portal. Finally, taking advantage of the availability of pathway assemblies from a large sample of genomes, methods for comparative and phylogenetic analyses and novel metabolic engineering strategies for environmental biotechnology goals will be developed, applied to proof-of-concept studies, and integrated to the resource as an analytical tool layer. Microme will be supported by a robust bioinformatics infrastructure, developed by integrating a set of established European databases and tools, integrated with reference protein annotation, metabolites and reactions databases, and interfaced with the annotation pipelines of the two main European sequencing centers. Campo scientifico engineering and technologyindustrial biotechnologymetabolic engineeringnatural sciencescomputer and information sciencesdatabasesnatural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesproteinsengineering and technologyenvironmental biotechnologynatural sciencesbiological sciencesgeneticsgenomes Programma(i) FP7-KBBE - Specific Programme "Cooperation": Food, Agriculture and Biotechnology Argomento(i) KBBE-2007-3-2-07 - NOVEL ENZYMES – The search for novel enzymes and micro-organisms for different bioprocesses KBBE-2007-3-2-08 - BIO-INFORMATICS - Microbial genomics and bio-informatics Invito a presentare proposte FP7-KBBE-2007-2A Vedi altri progetti per questo bando Meccanismo di finanziamento CP-IP - Large-scale integrating project Coordinatore EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY Contributo UE € 876 000,00 Indirizzo Meyerhofstrasse 1 69117 Heidelberg Germania Mostra sulla mappa Regione Baden-Württemberg Karlsruhe Heidelberg, Stadtkreis Tipo di attività Research Organisations Contatto amministrativo Tom Ratcliff (Mr.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato Partecipanti (15) Classifica in ordine alfabetico Classifica per Contributo UE Espandi tutto Riduci tutto COMMISSARIAT A L ENERGIE ATOMIQUE ET AUX ENERGIES ALTERNATIVES Francia Contributo UE € 567 000,00 Indirizzo RUE LEBLANC 25 75015 PARIS 15 Mostra sulla mappa Regione Ile-de-France Ile-de-France Paris Tipo di attività Research Organisations Contatto amministrativo Régis Copin (Mr.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato ETHNIKO KENTRO EREVNAS KAI TECHNOLOGIKIS ANAPTYXIS Grecia Contributo UE € 375 978,00 Indirizzo CHARILAOU THERMI ROAD 6 KM 57001 Thermi Thessaloniki Mostra sulla mappa Regione Βόρεια Ελλάδα Κεντρική Μακεδονία Θεσσαλονίκη Tipo di attività Research Organisations Contatto amministrativo Costas Kiparissides (Prof.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS Spagna Contributo UE € 375 979,00 Indirizzo CALLE SERRANO 117 28006 Madrid Mostra sulla mappa Regione Comunidad de Madrid Comunidad de Madrid Madrid Tipo di attività Research Organisations Contatto amministrativo Carlos Manuel Abad Ruiz (Mr.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato FUNDACION SECTOR PUBLICO ESTATAL CENTRO NACIONAL INVESTIGACIONES ONCOLOGICAS CARLOS III Spagna Contributo UE € 250 481,00 Indirizzo C MELCHOR FERNANDEZ ALMAGRO 3 28029 Madrid Mostra sulla mappa Regione Comunidad de Madrid Comunidad de Madrid Madrid Tipo di attività Research Organisations Contatto amministrativo Ralf Dahm (Dr.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato LEIBNIZ-INSTITUT DSMZ-DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH Germania Contributo UE € 321 999,00 Indirizzo INHOFFENSTRASSE 7B 38124 Braunschweig Mostra sulla mappa Regione Niedersachsen Braunschweig Braunschweig, Kreisfreie Stadt Tipo di attività Research Organisations Contatto amministrativo Heike Bauer (Dr.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH Partecipazione conclusa Germania Contributo UE Nessun dato Indirizzo INHOFFENSTRASSE 7 38124 Braunschweig Mostra sulla mappa Regione Niedersachsen Braunschweig Braunschweig, Kreisfreie Stadt Tipo di attività Research Organisations Contatto amministrativo Michael Stratz (Dr.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato Isthmus Francia Contributo UE € 242 480,00 Indirizzo Rue Saint Amand 31 75015 Paris Mostra sulla mappa Regione Ile-de-France Ile-de-France Paris Tipo di attività Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contatto amministrativo Philippe Marlière (Dr.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Costo totale Nessun dato MOLECULAR NETWORKS GMBH COMPUTERCHEMIE Germania Contributo UE € 239 800,00 Indirizzo NEUMEYERSTR 28-34 90411 Nurnberg Mostra sulla mappa Regione Bayern Mittelfranken Nürnberg, Kreisfreie Stadt Tipo di attività Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contatto amministrativo Christof H. Schwab (Dr.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato SIB SWISS INSTITUTE OF BIOINFORMATICS Svizzera Contributo UE € 275 980,00 Indirizzo RUE MICHEL SERVET 1 CMU 1206 Geneve Mostra sulla mappa Regione Schweiz/Suisse/Svizzera Région lémanique Genève Tipo di attività Research Organisations Contatto amministrativo Jocelyne Bocquet (Ms.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato UNIVERSITE LIBRE DE BRUXELLES Belgio Contributo UE € 250 481,00 Indirizzo AVENUE FRANKLIN ROOSEVELT 50 1050 Bruxelles / Brussel Mostra sulla mappa Regione Région de Bruxelles-Capitale/Brussels Hoofdstedelijk Gewest Région de Bruxelles-Capitale/ Brussels Hoofdstedelijk Gewest Arr. de Bruxelles-Capitale/Arr. Brussel-Hoofdstad Tipo di attività Higher or Secondary Education Establishments Contatto amministrativo Jacques Van Helden (Prof.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato GENOME RESEARCH LIMITED Regno Unito Contributo UE € 321 756,00 Indirizzo WELLCOME SANGER INSTITUTE WELLCOME GENOME CAMPUS HINXTON CB10 1SA SAFFRON WALDEN Mostra sulla mappa Regione East of England East Anglia Cambridgeshire CC Tipo di attività Research Organisations Contatto amministrativo David Davison (Mr.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato TEL AVIV UNIVERSITY Israele Contributo UE € 417 152,00 Indirizzo RAMAT AVIV 69978 Tel Aviv Mostra sulla mappa Tipo di attività Higher or Secondary Education Establishments Contatto amministrativo Lea Pais (Ms.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato Ceprodi Compagnie Europeenne de Produits Diabetiques Partecipazione conclusa Francia Contributo UE € 124 091,24 Indirizzo Bd de Courcelles 67 75008 Paris Mostra sulla mappa Tipo di attività Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contatto amministrativo David Dieumegard (Mr.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato WAGENINGEN UNIVERSITY Paesi Bassi Contributo UE € 464 476,00 Indirizzo DROEVENDAALSESTEEG 4 6708 PB Wageningen Mostra sulla mappa Regione Oost-Nederland Gelderland Veluwe Tipo di attività Higher or Secondary Education Establishments Contatto amministrativo Tom Bessems (Mr.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato AMABIOTICS SAS Francia Contributo UE € 159 496,76 Indirizzo RUE GASTON CREMIEUX 2 91000 EVRY Mostra sulla mappa Tipo di attività Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contatto amministrativo Chantal Rougier (Ms.) Collegamenti Contatta l’organizzazione Opens in new window Sito web Opens in new window Costo totale Nessun dato
