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Contenuto archiviato il 2024-06-18

High-throughput sequencing to analyse genome variation and evolution in Map strains

Obiettivo

The project proposed for the IEF concerns Mycobacterium avium subsp paratuberculosis (Map) which causes Johne’s disease (JD), a chronic gastroenteritis affecting principally ruminants and responsible for significant global economic losses to the livestock and associated industries. Controversially, Map has been associated with Crohn’s disease in humans. The epidemiology of paratuberculosis is poorly understood and there is little information on the virulence of strain types, interspecies transmission or wildlife reservoirs. The project will analyse genome sequences from 100 Map isolates to study genetic diversity and evolution. An understanding of the evolutionary dynamics of Map populations has important implications for the control of JD and genome information can provide insights into virulence, pathogenicity and host preference. The objectives are to assemble and annotate the genome sequence of a Type I Map strain, to identify single nucleotide polymorphisms that can discriminate the different strain types, human and pigmented isolates and to perform phylogenetic analysis. Few whole genome intraspecies comparisons of pathogenic bacteria have been done on this scale and this will be the first of such studies in mycobacteria. The project employs state-of-the-art technologies for genome sequencing and analyses and has a European dimension. The fellow will acquire crucial new bioinformatics skills and transferable skills that complement her current knowledge and experience to progress her chosen career in the field of evolutionary biology and diversification of pathogens. This will give her a competitive advantage for a senior research position and will promote networking of scientists across Europe, thereby contributing to the European Research Area.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

FP7-PEOPLE-2009-IEF
Vedi altri progetti per questo bando

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MC-IEF - Intra-European Fellowships (IEF)

Coordinatore

MOREDUN RESEARCH INSTITUTE
Contributo UE
€ 87 370,40
Indirizzo
Pentlands Science Park, Bush Loan
EH26 0PZ Penicuik
Regno Unito

Mostra sulla mappa

Regione
Scotland Eastern Scotland East Lothian and Midlothian
Tipo di attività
Research Organisations
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

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