Objetivo
Ribosomes, large and dynamic particles made of RNA and proteins, are amongst the most complex macromolecular machines known to man. High resolution tools have provided exciting views of the ribosome structure. Revealing dynamics of ribosomal complexes in solution, however, has so far been challenging due to the restricted stability and homogeneity of ribosomes. A set of new tools developed by the Rappsilber lab, partly by me over the last few months, changes dramatically the feasibility of investigating ribosome dynamics. I aim to use these new mass spectrometry-based technologies to determine accurate sites and changes in yield of cross-linking between proteins and between RNA and proteins. Thereby, using protein-protein and RNA-protein cross-linking/mass spectrometry approaches, I aim to answer:
1. Is the final and rate-limiting step in the biogenesis of 50S ribosomal subunits a conformational rearrangement? This will prepare the subsequent analysis of the other steps during the biogenesis of ribosomes in E. coli and in future also in the eukaryote S. cerevisiae.
2. How does the structure and extra-ribosomal protein content of translating ribosomes change in response to different stress conditions? This will complement electron microscopy data and lead into the analysis of how translation links to virulence in pathogenic bacteria.
My project will showcase the potential of cross-linking/mass spectrometry for the study of ribonucleoprotein complexes and, indeed, for protein-nucleotide interactions in general, i.e. encompass DNA-protein interactions. Furthermore, results of this study may facilitate the development of next-generation antibacterial drugs, targeting assembly factors and conformational rearrangements during ribosome biogenesis. For my academic career, acquiring knowledge in cutting edge proteomics approaches will be a stepping stone and further strengthen my role as gatekeeper of proteomics knowledge and a catalyst of biological sciences in Estonia.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas proteómica
- ciencias naturales ciencias biológicas microbiología bacteriología
- ciencias naturales ciencias físicas óptica microscopía electron microscopy
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ARN
- ciencias naturales ciencias químicas química analítica espectrometría de masas
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP7-PEOPLE-2011-IEF
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
EH8 9YL Edinburgh
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.