Skip to main content
Przejdź do strony domowej Komisji Europejskiej (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
polski polski
CORDIS - Wyniki badań wspieranych przez UE
CORDIS

Multi-Scale Complex Genomics

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Report on the MuG training programme (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report on the expected programme for users and developers.

Report on the use of MuG VRE on the integration of DNA simulation data (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Final Exploitation plan based on market knowledge (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report about the Final Exploitation plan based on market knowledge

Project Handbook (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Contains general operational information including contact details, reporting processes, communication protocols, document templates and numbering methods, logos, etcetera.

Design of computational architecture of software modules (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

The deliverable will report the general specification of the architecture of the software modules encapsulating analysis tools, and how these are interfaced with the data management and de computational infrastructure.

Computational infrastructure components implementation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

This deliverable will describe how the different components required in the computational infrastructure (programming models, storage, deployment and test) will be implemented. This deliverable will detail also the links with WP4.

Computational infrastructure set-up z (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Computational infrastructure set-up

Data access API specification & implementation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Project’s outputs (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

A summary report of project’s outputs, with links to institutional repositories and other open access resources produced by the partners

Report on the use of MuG VRE on the senescence project (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Benchmarks & documentation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
A requirement specification document with the data types, processing and data models needed (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Pipelines design & implementation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on the use of MuG VRE on integration of whole yeast genome data (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Database and ETL design & implementation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Database and ETL design &implementation

Plan for Dissemination and Use of Knowledge (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

The initial Plan for Dissemination and Use of Knowledge will contain the approaches for the dissemination activities, including all the outcomes (website, newsletter and social media tools) and the Use of Knowledge and IPR Management Strategy

Quality Plan (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

QA Plan includes information about technical quality control, procedures for risk monitoring, decision-making and conflict resolution, and procedures to evaluate the achievements of the project according to its objectives

Data Management Plan (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Monitoring of the Plan for Dissemination and Use of Knowledge (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Follow-up and report on the Plan for Dissemination and Use of Knowledge execution

Initial Exploitation plan based on market knowledge (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report about the Initial Exploitation plan based on market knowledge

Project Fact Sheet (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

The Fact Sheet will outline the project's objectives, specify its technical baseline and intended target groups and application domains, and detail intermediate and final outputs

Project Website (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

A high quality multimedia website, with an intranet section with restricted access containing project files such as deliverables, internal partner working documents, etc.

Publikacje

Multiscale simulation of DNA (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Pablo D Dans, Jürgen Walther, Hansel Gómez, Modesto Orozco
Opublikowane w: Current Opinion in Structural Biology, Numer 37, 2016, Strona(/y) 29-45, ISSN 0959-440X
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2015.11.011

TADs are 3D structural units of higher-order chromosome organization in Drosophila (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Quentin Szabo, Daniel Jost, Jia-Ming Chang, Diego I. Cattoni, Giorgio L. Papadopoulos, Boyan Bonev, Tom Sexton, Julian Gurgo, Caroline Jacquier, Marcelo Nollmann, Frédéric Bantignies, Giacomo Cavalli
Opublikowane w: Science Advances, Numer 4/2, 2018, Strona(/y) eaar8082, ISSN 2375-2548
Wydawca: American Association for the advancement of science
DOI: 10.1126/sciadv.aar8082

DNA structure directs positioning of the mitochondrial genome packaging protein Abf2p (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Arka Chakraborty, Sébastien Lyonnais, Federica Battistini, Adam Hospital, Giorgio Medici, Rafel Prohens, Modesto Orozco, Josep Vilardell, Maria Solà
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 45/2, 2017, Strona(/y) 951-967, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw1147

Multiscale 3D Genome Rewiring during Mouse Neural Development (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Boyan Bonev, Netta Mendelson Cohen, Quentin Szabo, Lauriane Fritsch, Giorgio L. Papadopoulos, Yaniv Lubling, Xiaole Xu, Xiaodan Lv, Jean-Philippe Hugnot, Amos Tanay, Giacomo Cavalli
Opublikowane w: Cell, Numer 171/3, 2017, Strona(/y) 557-572.e24, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.09.043

Challenges for visualizing three-dimensional data in genomic browsers (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mike Goodstadt, Marc A. Marti-Renom
Opublikowane w: FEBS Letters, Numer 591/17, 2017, Strona(/y) 2505-2519, ISSN 0014-5793
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.12778

Expanding the repertoire of DNA shape features for genome-scale studies of transcription factor binding (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Jinsen Li, Jared M. Sagendorf, Tsu-Pei Chiu, Marco Pasi, Alberto Perez, Remo Rohs
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 45/22, 2017, Strona(/y) 12877-12887, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkx1145

How accurate are accurate force-fields for B-DNA? (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Pablo D. Dans, Ivan Ivani, Adam Hospital, Guillem Portella, Carlos González, Modesto Orozco
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2017, Strona(/y) gkw1355, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw1355

Genome Regulation by Polycomb and Trithorax: 70 Years and Counting (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bernd Schuettengruber, Henri-Marc Bourbon, Luciano Di Croce, Giacomo Cavalli
Opublikowane w: Cell, Numer 171/1, 2017, Strona(/y) 34-57, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.08.002

Polycomb-Dependent Chromatin Looping Contributes to Gene Silencing during Drosophila Development (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Yuki Ogiyama, Bernd Schuettengruber, Giorgio L. Papadopoulos, Jia-Ming Chang, Giacomo Cavalli
Opublikowane w: Molecular Cell, Numer 71/1, 2018, Strona(/y) 73-88.e5, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.05.032

Promoter bivalency favors an open chromatin architecture in embryonic stem cells (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Glòria Mas, Enrique Blanco, Cecilia Ballaré, Miriam Sansó, Yannick G. Spill, Deqing Hu, Yuki Aoi, François Le Dily, Ali Shilatifard, Marc A. Marti-Renom, Luciano Di Croce
Opublikowane w: Nature Genetics, Numer 50/10, 2018, Strona(/y) 1452-1462, ISSN 1061-4036
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0218-5

SKEMPI 2.0: an updated benchmark of changes in protein–protein binding energy, kinetics and thermodynamics upon mutation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Justina Jankauskaitė, Brian Jiménez-García, Justas Dapkūnas, Juan Fernández-Recio, Iain H Moal
Opublikowane w: Bioinformatics, 2018, ISSN 1367-4803
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty635

Distinct roles of cohesin-SA1 and cohesin-SA2 in 3D chromosome organization (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Aleksandar Kojic, Ana Cuadrado, Magali De Koninck, Daniel Giménez-Llorente, Miriam Rodríguez-Corsino, Gonzalo Gómez-López, François Le Dily, Marc A. Marti-Renom, Ana Losada
Opublikowane w: Nature Structural & Molecular Biology, Numer 25/6, 2018, Strona(/y) 496-504, ISSN 1545-9993
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-018-0070-4

Loss of PRC1 induces higher-order opening of Hox loci independently of transcription during Drosophila embryogenesis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Thierry Cheutin, Giacomo Cavalli
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-05945-4

Lamin B1 mapping reveals the existence of dynamic and functional euchromatin lamin B1 domains (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Laura Pascual-Reguant, Enrique Blanco, Silvia Galan, François Le Dily, Yasmina Cuartero, Gemma Serra-Bardenys, Valerio Di Carlo, Ane Iturbide, Joan Pau Cebrià-Costa, Lara Nonell, Antonio García de Herreros, Luciano Di Croce, Marc A. Marti-Renom, Sandra Peiró
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-05912-z

Single-cell absolute contact probability detection reveals chromosomes are organized by multiple low-frequency yet specific interactions (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Diego I. Cattoni, Andrés M. Cardozo Gizzi, Mariya Georgieva, Marco Di Stefano, Alessandro Valeri, Delphine Chamousset, Christophe Houbron, Stephanie Déjardin, Jean-Bernard Fiche, Inma González, Jia-Ming Chang, Thomas Sexton, Marc A. Marti-Renom, Frédéric Bantignies, Giacomo Cavalli, Marcelo Nollmann
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01962-x

Prevalent Sequences in the Human Genome Can Form Mini i-Motif Structures at Physiological pH (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bartomeu Mir, Israel Serrano, Diana Buitrago, Modesto Orozco, Núria Escaja, Carlos González
Opublikowane w: Journal of the American Chemical Society, Numer 139/40, 2017, Strona(/y) 13985-13988, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.7b07383

Allosterism and signal transfer in DNA (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Alexandra Balaceanu, Alberto Pérez, Pablo D Dans, Modesto Orozco
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 46/15, 2018, Strona(/y) 7554-7565, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky549

Challenges and guidelines toward 4D nucleome data and model standards (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Marc A. Marti-Renom, Genevieve Almouzni, Wendy A. Bickmore, Kerstin Bystricky, Giacomo Cavalli, Peter Fraser, Susan M. Gasser, Luca Giorgetti, Edith Heard, Mario Nicodemi, Marcelo Nollmann, Modesto Orozco, Ana Pombo, Maria-Elena Torres-Padilla
Opublikowane w: Nature Genetics, Numer 50/10, 2018, Strona(/y) 1352-1358, ISSN 1061-4036
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0236-3

BIGNASim: a NoSQL database structure and analysis portal for nucleic acids simulation data (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Adam Hospital, Pau Andrio, Cesare Cugnasco, Laia Codo, Yolanda Becerra, Pablo D. Dans, Federica Battistini, Jordi Torres, Ramón Goñi, Modesto Orozco, Josep Ll. Gelpí
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 44/D1, 2016, Strona(/y) D272-D278, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkv1301

Long-timescale dynamics of the Drew–Dickerson dodecamer (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Pablo D. Dans, Linda Danilāne, Ivan Ivani, Tomáš Dršata, Filip Lankaš, Adam Hospital, Jürgen Walther, Ricard Illa Pujagut, Federica Battistini, Josep Lluis Gelpí, Richard Lavery, Modesto Orozco
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 44/9, 2016, Strona(/y) 4052-4066, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw264

3D modeling of chromatin structure: is there a way to integrate and reconcile single cell and population experimental data? (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: François Le Dily, François Serra, Marc A. Marti-Renom
Opublikowane w: Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science, 2017, Strona(/y) e1308, ISSN 1759-0876
Wydawca: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/wcms.1308

The Role of Unconventional Hydrogen Bonds in Determining BII Propensities in B-DNA (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Alexandra Balaceanu, Marco Pasi, Pablo D. Dans, Adam Hospital, Richard Lavery, Modesto Orozco
Opublikowane w: The Journal of Physical Chemistry Letters, Numer 8/1, 2017, Strona(/y) 21-28, ISSN 1948-7185
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.6b02451

Three-Dimensional Genome Organization and Function in Drosophila (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Yuri B. Schwartz, Giacomo Cavalli
Opublikowane w: Genetics, Numer 205/1, 2017, Strona(/y) 5-24, ISSN 0016-6731
Wydawca: Genetics Society of America
DOI: 10.1534/genetics.115.185132

Stable Polycomb-dependent transgenerational inheritance of chromatin states in Drosophila (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Filippo Ciabrelli, Federico Comoglio, Simon Fellous, Boyan Bonev, Maria Ninova, Quentin Szabo, Anne Xuéreb, Christophe Klopp, Alexei Aravin, Renato Paro, Frédéric Bantignies, Giacomo Cavalli
Opublikowane w: Nature Genetics, 2017, ISSN 1061-4036
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ng.3848

Coordinate redeployment of PRC1 proteins suppresses tumor formation during Drosophila development (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Vincent Loubiere, Anna Delest, Aubin Thomas, Boyan Bonev, Bernd Schuettengruber, Satish Sati, Anne-Marie Martinez, Giacomo Cavalli
Opublikowane w: Nature Genetics, Numer 48/11, 2016, Strona(/y) 1436-1442, ISSN 1061-4036
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ng.3671

Organization and function of the 3D genome (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Boyan Bonev, Giacomo Cavalli
Opublikowane w: Nature Reviews Genetics, Numer 17/11, 2016, Strona(/y) 661-678, ISSN 1471-0056
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nrg.2016.112

Small Details Matter: The 2'-Hydroxyl as a Conformational Switch in RNA (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Darré, Leonardo; Ivani, Ivan; Dans, Pablo D.; Gómez, Hansel; Hospital, Adam; Orozco, Modesto
Opublikowane w: Journal of the American Chemical Society, Numer 4, 2016, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.6b09471

PMut: a web-based tool for the annotation of pathological variants on proteins, 2017 update (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: V?ctor L?pez-Ferrando, Andrea Gazzo, Xavier de?la?Cruz, Modesto Orozco, Josep Ll Gelp?
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2017, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkx313

Structural basis of a histidine-DNA nicking/joining mechanism for gene transfer and promiscuous spread of antibiotic resistance (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Radoslaw Pluta, D. Roeland Boer, Fabián Lorenzo-Díaz, Silvia Russi, Hansel Gómez, Cris Fernández-López, Rosa Pérez-Luque, Modesto Orozco, Manuel Espinosa, Miquel Coll
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 114/32, 2017, Strona(/y) E6526-E6535, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1702971114

Transparent Execution of Task-Based Parallel Applications in Docker with COMP Superscalar (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Anton, Victor; Ramon-Cortes, Cristian; Ejarque, Jorge; Badia, Rosa M.
Opublikowane w: Numer 1, 2017
Wydawca: IEEE
DOI: 10.1109/PDP.2017.26

Wyszukiwanie danych OpenAIRE...

Podczas wyszukiwania danych OpenAIRE wystąpił błąd

Brak wyników

Moja broszura 0 0