Multi-protein interaction kinetics by single molecule methods

Projektinformationen

PROSINT

ID Finanzhilfevereinbarung: 681891

DOI

10.3030/681891

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 2 Februar 2016

Startdatum 1 April 2016

Enddatum 30 September 2021

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 882 500,00

EU-Beitrag

€ 1 882 500,00

Koordiniert durch

ALBERT-LUDWIGS-UNIVERSITAET FREIBURG
Germany

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Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Veröffentlichungen

Other (2)

Nanosecond structural dynamics of the chaperone Hsp90

Autoren: Benedikt Sohmen, Christian Beck, Tilo Seydel, Ingo Hoffmann, Bianca Hermann, Mark Nüesch, Marco Grimaldo, Frank Schreiber, Steffen Wolf, Felix Roosen-Runge, Thorsten Hugel
Veröffentlicht in: arXiv, 2021
Herausgeber: Cormell University

Inferring kinetic rate constants from single-molecule FRET trajectories – a blind benchmark of kinetic analysis tools

Autoren: Markus Götz, Anders Barth, Søren S.-R. Bohr, Richard Börner, Jixin Chen, Thorben Cordes, Dorothy A. Erie, Christian Gebhardt, Mélodie C.A.S. Hadzic, George L. Hamilton, Nikos S. Hatzakis, Thorsten Hugel, Lydia Kisley, Don C. Lamb, Carlos de Lannoy, Chelsea Mahn, Dushani Dunukara, Dick de Ridder, Hugo Sanabria, Julia Schimpf, Claus A.M. Seidel, Roland K.O. Sigel, Magnus Berg Sletfjerding, Johan
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.11.23.469671

Thesis and dissertations (4)

The dynamics of the Hsp90 machine studied by single molecule FRET

Autoren: Philipp Wortmann
Veröffentlicht in: 2017
Herausgeber: TUM

Dissociation kinetics of protein complexes measured with a microfluidic fast dilution mixer on a confocal microscope using pulsed interleaved excitation

Autoren: Johann Thurn
Veröffentlicht in: 2020
Herausgeber: University of Freiburg

Single Protein Dynamics at Steady State Quantified from FRET Time Traces

Autoren: Sonja Schmid
Veröffentlicht in: 2017
Herausgeber: TUM

Multi-Color Single-Molecule FRET Experiments and Analysis

Autoren: Markus Götz
Veröffentlicht in: 2017
Herausgeber: TUM

Peer reviewed articles (15)

Hierarchical dynamics in allostery following ATP hydrolysis monitored by single molecule FRET measurements and MD simulations

Autoren: Steffen Wolf, Benedikt Sohmen, Björn Hellenkamp, Johann Thurn, Gerhard Stock, Thorsten Hugel
Veröffentlicht in: Chemical Science, Ausgabe 12/9, 2021, Seite(n) 3350-3359, ISSN 2041-6520
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0sc06134d

Autophosphorylation of the KaiC-like protein ArlH inhibits oligomerization and interaction with ArlI, the motor ATPase of the archaellum

Autoren: J. Nuno de Sousa Machado, Leonie Vollmar, Julia Schimpf, Paushali Chaudhury, Rashmi Kumariya, Chris van der Does, Thorsten Hugel, Sonja-Verena Albers
Veröffentlicht in: Molecular Microbiology, Ausgabe Volume116, Ausgabe3, 2021, Seite(n) 943, ISSN 1365-2958
Herausgeber: Wiley-Blackwell Publishing Ltd
DOI: 10.1111/mmi.14781

Controlling protein function by fine-tuning conformational flexibility

Autoren: Sonja Schmid, Thorsten Hugel
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 9, 2020, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.57180

Nucleotide-Dependent Dimer Association and Dissociation of the Chaperone Hsp90

Autoren: Katarzyna M. Tych, Markus Jahn, Florian Gegenfurtner, Vera K. Hechtl, Johannes Buchner, Thorsten Hugel, and Matthias Rief
Veröffentlicht in: J. Phys. Chem. B, Ausgabe 122, 2018, Seite(n) 11373, ISSN 1520-5207
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.8b07301

FRET-based dynamic structural biology: Challenges, perspectives and an appeal for open-science practices

Autoren: Eitan Lerner , Anders Barth, Jelle Hendrix , Benjamin Ambrose, Victoria Birkedal, Scott C Blanchard, Richard Börner, Hoi Sung Chung, Thorben Cordes, Timothy D Craggs, Ashok A Deniz, Jiajie Diao, Jingyi Fei, Ruben L Gonzalez, Irina V Gopich, Taekjip Ha, Christian A Hanke, Gilad Haran, Nikos S Hatzakis, Sungchul Hohng, Seok-Cheol Hong, Thorsten Hugel, Antonino Ingargiola, Chirlmin Joo, Achillefs N
Veröffentlicht in: eLife, 2021, Seite(n) 10:e60416, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.60416

Single-Molecule Analysis beyond Dwell Times: Demonstration and Assessment in and out of Equilibrium

Autoren: Sonja Schmid, Markus Götz, Thorsten Hugel
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 111/7, 2016, Seite(n) 1375-1384, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2016.08.023

Multidomain structure and correlated dynamics determined by self-consistent FRET networks

Autoren: Björn Hellenkamp, Philipp Wortmann, Florian Kandzia, Martin Zacharias, Thorsten Hugel
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 14/2, 2016, Seite(n) 174-180, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.4081

Cooperative Nucleotide Binding in Hsp90 and Its Regulation by Aha1

Autoren: Philipp Wortmann, Markus Götz, Thorsten Hugel
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 113/8, 2017, Seite(n) 1711-1718, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2017.08.032

Precision and accuracy of single-molecule FRET measurements—a multi-laboratory benchmark study

Autoren: Björn Hellenkamp, Sonja Schmid, Olga Doroshenko, Oleg Opanasyuk, Ralf Kühnemuth, Soheila Rezaei Adariani, Benjamin Ambrose, Mikayel Aznauryan, Anders Barth, Victoria Birkedal, Mark E. Bowen, Hongtao Chen, Thorben Cordes, Tobias Eilert, Carel Fijen, Christian Gebhardt, Markus Götz, Giorgos Gouridis, Enrico Gratton, Taekjip Ha, Pengyu Hao, Christian A. Hanke, Andreas Hartmann, Jelle Hendrix, Lass
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 15/9, 2018, Seite(n) 669-676, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-018-0085-0

Efficient use of single molecule time traces to resolve kinetic rates, models and uncertainties

Autoren: Sonja Schmid, Thorsten Hugel
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, Ausgabe 148/12, 2018, Seite(n) 123312, ISSN 0021-9606
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/1.5006604

Conformational Dynamics of a Single Protein Monitored for 24 h at Video Rate

Autoren: Weixiang Ye, Markus Götz, Sirin Celiksoy, Laura Tüting, Christoph Ratzke, Janak Prasad, Julia Ricken, Seraphine V. Wegner, Rubén Ahijado-Guzmán, Thorsten Hugel, Carsten Sönnichsen
Veröffentlicht in: Nano Letters, Ausgabe 18/10, 2018, Seite(n) 6633-6637, ISSN 1530-6984
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.8b03342

Kinetics of Transient Protein Complexes Determined via Diffusion-Independent Microfluidic Mixing and Fluorescence Stoichiometry

Autoren: Björn Hellenkamp, Johann Thurn, Martina Stadlmeier, Thorsten Hugel
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry B, 2018, ISSN 1520-6106
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.8b07437

Effects of Inhibitors on Hsp90′s Conformational Dynamics, Cochaperone and Client Interactions

Autoren: Sonja Schmid, Markus Götz, Thorsten Hugel
Veröffentlicht in: ChemPhysChem, Ausgabe 19/14, 2018, Seite(n) 1716-1721, ISSN 1439-4235
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cphc.201800342

Inside a Shell—Organometallic Catalysis Inside Encapsulin Nanoreactors

Autoren: Philipp Lohner, Mariia Zmyslia, Johann Thurn, Jasmin K. Pape, Rūta Gerasimaitė, Jan Keller‐Findeisen, Saskia Groeer, Benedikt Deuringer, Regine Süss, Andreas Walther, Stefan W. Hell, Gražvydas Lukinavičius, Thorsten Hugel, Claudia Jessen‐Trefzer
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 60/44, 2021, Seite(n) 23835-23841, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202110327

A Multicolor Single-Molecule FRET Approach to Study Protein Dynamics and Interactions Simultaneously

Autoren: Markus Götz, Philipp Wortmann, Sonja Schmid, Thorsten Hugel
Veröffentlicht in: Methods in Enzymology, Ausgabe 581, 2016, Seite(n) 487-516, ISSN 0076-6879
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/bs.mie.2016.08.024