The influence of the cell membrane asymmetry and curvature on the functioning of membrane proteins and the transport of therapeutic compounds

Projektinformationen

assymcurv

ID Finanzhilfevereinbarung: 690853

DOI 10.3030/690853

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 8 Dezember 2015

Startdatum 1 Januar 2016

Enddatum 31 Dezember 2019

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten € 202 500,00

EU-Beitrag € 202 500,00

Koordiniert durch

INSTITUTE OF PHYSICS OF NATIONAL ACADEMY OF SCIENCE OF UKRAINE
Ukraine

Leistungen

Documents, reports (4)

Progress Report 1

Progress report

Coherent view of the project goals, methods and schedules

Coherent view of the project goals, methods and schedules among all project participants.

Progress report 2

Progress report

Publishing and dissemination of results

Other (6)

Curvature-dependent potentials of mean force for drug translocation through the membrane

Dat on curvature-dependent potentials of mean force for drug translocation through the membrane.

Empirical force fields of the drugs

Working files of empirical force fields of the drugs.

Experimental markers of conformation changes in membrane-protein and membrane-drug complexes.

Data on experimental markers of conformation changes in membrane-protein and membrane-drug complexes.

Mid-term meeting

There will be only one mid-term meeting per project with timing between month 14 and 24. Definitive date is to be confirmed by the coordinator and preferably linked to a consortium event.

Comparison of experimental and simulation results

Consistent view of the curvature- and asymmetry-induced phenomena in the membranes from experimental and simulation perspectives

Curvature-dependent conformational changes of the membrane proteins

Data on curvature-dependent conformational changes of the membrane proteins

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (18)

The influence of curvature on the properties of the plasma membrane. Insights from atomistic molecular dynamics simulations

Autoren: Semen O. Yesylevskyy, Timothée Rivel, Christophe Ramseyer
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-16450-x

Low density lipoproteins and human serum albumin as the carriers of squalenoylated drugs: insights from molecular simulations

Autoren: Semen O. Yesylevskyy, Christophe Ramseyer, Mariia Savenko, Simona Mura, Patrick Couvreur
Veröffentlicht in: Molecular Pharmaceutics, 2018, ISSN 1543-8384
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.molpharmaceut.7b00952

2D-BN nanoparticles as a spectroscopic marker and drug delivery system with protection properties

Autoren: O. P. Gnatyuk, G. I. Dovbeshko, A. Yershov, S. O. Karakhim, O. Ilchenko, O. Yu. Posudievsky
Veröffentlicht in: RSC Advances, Ausgabe 8/53, 2018, Seite(n) 30404-30411, ISSN 2046-2069
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c8ra05085f

Double-exponential kinetics of binding and redistribution of the fluorescent dyes in cell membranes witness for the existence of lipid microdomains

Autoren: Kyrylo A. Pyrshev, Semen O. Yesylevskyy, Alexander P. Demchenko
Veröffentlicht in: Biochemical and Biophysical Research Communications, Ausgabe 508/4, 2019, Seite(n) 1139-1144, ISSN 0006-291X
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbrc.2018.12.054

Biogenesis, transport and remodeling of lysophospholipids in Gram-negative bacteria

Autoren: Lei Zheng, Yibin Lin, Shuo Lu, Jiazhe Zhang, Mikhail Bogdanov
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular and Cell Biology of Lipids, Ausgabe 1862/11, 2017, Seite(n) 1404-1413, ISSN 1388-1981
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbalip.2016.11.015

The phospholipid-repair system LplT/Aas in Gram-negative bacteria protects the bacterial membrane envelope from host phospholipase A 2 attack

Autoren: Yibin Lin, Mikhail Bogdanov, Shuo Lu, Ziqiang Guan, William Margolin, Jerrold Weiss, Lei Zheng
Veröffentlicht in: Journal of Biological Chemistry, Ausgabe 293/9, 2018, Seite(n) 3386-3398, ISSN 0021-9258
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/jbc.ra117.001231

Effects of elevated growth temperature and heat shock on the lipid composition of the inner and outer membranes of Yersinia pseudotuberculosis

Autoren: Ludmila Davydova, Svetlana Bakholdina, Maria Barkina, Peter Velansky, Mikhail Bogdanov, Nina Sanina
Veröffentlicht in: Biochimie, Ausgabe 123, 2016, Seite(n) 103-109, ISSN 0300-9084
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.biochi.2016.02.004

Structures of single, double and triple layers of lipids adsorbed on graphene: Insights from all-atom molecular dynamics simulations

Autoren: Timothée Rivel, Semen O. Yesylevskyy, Christophe Ramseyer
Veröffentlicht in: Carbon, Ausgabe 118, 2017, Seite(n) 358-369, ISSN 0008-6223
Herausgeber: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.carbon.2017.03.072

Stacking as a Key Property for Creating Nanoparticles with Tunable Shape: The Case of Squalenoyl-Doxorubicin

Autoren: Julie Mougin, Semen O. Yesylevskyy, Claudie Bourgaux, David Chapron, Jean-Philippe Michel, Franco Dosio, Barbara Stella, Christophe Ramseyer, Patrick Couvreur
Veröffentlicht in: ACS Nano, Ausgabe 13/11, 2019, Seite(n) 12870-12879, ISSN 1936-0851
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.9b05303

Fate of cisplatin and its main hydrolysed forms in the presence of thiolates: a comprehensive computational and experimental study

Autoren: Thibault Minervini, Bruno Cardey, Sarah Foley, Christophe Ramseyer, Mironel Enescu
Veröffentlicht in: Metallomics, Ausgabe 11/4, 2019, Seite(n) 833-844, ISSN 1756-5901
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c8mt00371h

The asymmetry of plasma membranes and their cholesterol content influence the uptake of cisplatin

Autoren: Timothée Rivel, Christophe Ramseyer, Semen Yesylevskyy
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-41903-w

Curvature increases permeability of the plasma membrane for ions, water and the anti-cancer drugs cisplatin and gemcitabine

Autoren: Semen Yesylevskyy, Timothée Rivel, Christophe Ramseyer
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-53952-2

Squalene versus cholesterol: Which is the best nanocarrier for the delivery to cells of the anticancer drug gemcitabine?

Autoren: Arnaud Peramo, Simona Mura, Semen O. Yesylevskyy, Bruno Cardey, Dunja Sobot, Stephanie Denis, Christophe Ramseyer, Didier Desmaële, Patrick Couvreur
Veröffentlicht in: Comptes Rendus Chimie, Ausgabe 21/10, 2018, Seite(n) 974-986, ISSN 1631-0748
Herausgeber: Elsevier Masson
DOI: 10.1016/j.crci.2018.02.008

Conjugation of squalene to gemcitabine as unique approach exploiting endogenous lipoproteins for drug delivery

Autoren: Dunja Sobot, Simona Mura, Semen O. Yesylevskyy, Laura Dalbin, Fanny Cayre, Guillaume Bort, Julie Mougin, Didier Desmaële, Sinda Lepetre-Mouelhi, Grégory Pieters, Bohdan Andreiuk, Andrey S. Klymchenko, Jean-Louis Paul, Christophe Ramseyer, Patrick Couvreur
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 8, 2017, Seite(n) 15678, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms15678

Spectral and kinetic effects accompanying the assembly of core complexes of Rhodobacter sphaeroides

Autoren: Arvi Freiberg, Manoop Chenchiliyan, Margus Rätsep, Kõu Timpmann
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics, Ausgabe 1857/11, 2016, Seite(n) 1727-1733, ISSN 0005-2728
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbabio.2016.08.001

Hydrogen bonds in the vicinity of the special pair of the bacterial reaction center probed by hydrostatic high-pressure absorption spectroscopy

Autoren: Liina Kangur, Michael R. Jones, Arvi Freiberg
Veröffentlicht in: Biophysical Chemistry, 2017, ISSN 0301-4622
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bpc.2017.04.003

High-pressure modulation of the structure of the bacterial photochemical reaction center at physiological and cryogenic temperatures

Autoren: Kõu Timpmann, Liina Kangur, Ants Lõhmus, Arvi Freiberg
Veröffentlicht in: Journal of Physics B: Atomic, Molecular and Optical Physics, Ausgabe 50/14, 2017, Seite(n) 144006, ISSN 0953-4075
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6455/aa77e4

Dimerization of core complexes as an efficient strategy for energy trapping in Rhodobacter sphaeroides

Autoren: Manoop Chenchiliyan, Kõu Timpmann, Erko Jalviste, Peter G. Adams, C. Neil Hunter, Arvi Freiberg
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics, Ausgabe 1857/6, 2016, Seite(n) 634-642, ISSN 0005-2728
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbabio.2016.03.020