Medical Genomics and Epigenomics Network

Leistungen

Report on outreach activities – semi-annual report summarizing events for public with documentation of agenda and photos from venues, published in an e-Newsletter on semi-annual basis

1st on-line book of abstracts WP2

On-line book of abstracts from each workshop published on MEDGENET website on annual basis

Report on outreach activities VI.

Report on outreach activities – semi-annual report summarizing events for public with documentation of agenda and photos from venues, published in an e-Newsletter on semi-annual basis

Report on WP2 coordination, networking and educational events III.

Report on WP2 coordination, networking and educational events will be published on-line in e-newsletter on semi-annual basis presenting details of future and past workshops, lectures, summer schools and lectures of invited speaker organized by MEDGENET. It will include the program and registration link of each event and reminder of newsletter updates will be distributed via email to all members of Steering Committee and Management Board and further circulated between groupleaders and their teams involved in the project

Report on WP1 coordination, networking and educational events I.

Report on WP1 coordination, networking and educational events will be published on-line in e-newsletter on semi-annual basis presenting details of future and past workshops, lectures, summer schools and lectures of invited speaker organized by MEDGENET. It will include the program and registration link of each event and reminder of newsletter updates will be distributed via email to all members of the Steering Committee and Management Board and further circulated between groupleaders and their teams involved in the project

Report on outreach activities III.

Report on outreach activities – semi-annual report summarizing events for public with documentation of agenda and photos from venues, published in an e-Newsletter on semi-annual basis

2nd on-line book of abstracts WP2

On-line book of abstracts from each workshop published on MEDGENET website on annual basis

1st on-line book of abstracts WP1

On-line book of abstracts from each workshop published on MEDGENET website

Report on WP1 coordination, networking and educational events IV.

E-Newsletter II.

E-Newsletter – for online communication and distribution of reports, news and updates on the projects, will be available on the MEDGENET website and will be sent by email to all members of Steering Committee and Management Board and further circulated between groupleaders and their teams involved in the project

Report on CEITEC scientific excellence and MEDGENET impact assessment

Report on CEITEC scientific excellence and MEDGENET impact assessment – assessment on the number of high quality publications produced in CEITEC Molecular Medicine Program, impact of these publications, h-index of involved CEITEC researchers , number of outputs with high potential for clinical application, number of submitted collaborative international projects, income from successful projects with academia and industry. The report will be part of the Final project report and will also be available online on the project website

3rd on-line bok of abstracts WP1

On-line book of abstracts from each workshop published on MEDGENET website

Report after introducing the a tool for monitoring evolution of publishing activity
Report on WP1 coordination, networking and educational events VI.

Report on WP1 coordination, networking and educational events II.

Report on outreach activities IV.

Report on outreach activities – semi-annual report summarizing events for public with documentation of agenda and photos from venues, published in an e-Newsletter on semi-annual basis

Report on WP2 coordination, networking and educational events I.

E-Newsletter VI.

E-Newsletter I.

E-Newsletter III.

Network’s public engagement and outreach plan

Network’s public engagement and outreach plan – with the proposal and description of activities and events

Report on WP1 coordination, networking and educational events V.

Report on WP2 coordination, networking and educational events II.

2nd on-line book of abstracts WP1

On-line book of abstracts from each workshop published on MEDGENET website

Database of funding opportunities

Database of funding opportunities available in all 4 countries of MEDGENET partners. The database will provide information about the most suitable funding for each individual scientists and research group and will be accessible on the MEDGENET website

Report on outreach activities V.

Report on outreach activities – semi-annual report summarizing events for public with documentation of agenda and photos from venues, published in an e-Newsletter on semi-annual basis

E-Newsletter V.

Report on WP1 coordination, networking and educational events III.

Report on WP1 coordination, networking and educational events – published on-line in e-newsletter on semi-annual basis presenting details of future and past workshops, lectures, summer schools and lectures of invited speaker organized by MEDGENET. It will include the program and registration link of each event and reminder of newsletter updates will be distributed via email to all members of the Steering Committee and Management Board and further circulated between groupleaders and their teams involved in the project

E-Newsletter IV.

Report on outreach activities I.

Report on outreach activities – semi-annual report summarizing events for public with documentation of agenda and photos from venues, published in an e-Newsletter on semi-annual basis

Report on WP2 coordination, networking and educational events IV.

MEDGENET web page

MEDGENET web page - will give information about project itself, its goals and activities with regular updates

Veröffentlichungen

ToTem: a tool for variant calling pipeline optimization

Autoren: Nikola Tom, Ondrej Tom, Jitka Malcikova, Sarka Pavlova, Blanka Kubesova, Tobias Rausch, Miroslav Kolarik, Vladimir Benes, Vojtech Bystry, Sarka Pospisilova
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 19/1, 2018, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-018-2227-x

Restrictions in the T-cell repertoire of chronic lymphocytic leukemia: high-throughput immunoprofiling supports selection by shared antigenic elements

Autoren: A Vardi, E Vlachonikola, M Karypidou, E Stalika, V Bikos, K Gemenetzi, C Maramis, A Siorenta, A Anagnostopoulos, S Pospisilova, N Maglaveras, I Chouvarda, K Stamatopoulos, A Hadzidimitriou
Veröffentlicht in: Leukemia, Ausgabe 31/7, 2016, Seite(n) 1555-1561, ISSN 0887-6924
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/leu.2016.362

A novel ex vivo high-throughput assay reveals antiproliferative effects of idelalisib and ibrutinib in chronic lymphocytic leukemia

Autoren: Daniel Primo, Lydia Scarfò, Aliki Xochelli, Mattias Mattsson, Pamela Ranghetti, Ana Belén Espinosa, Alicia Robles, Julian Gorrochategui, Joaquín Martínez-López, Javier de la Serna, Marcos González, Alberto Chaparro Gil, Eduardo Anguita, Sandra Iraheta, Veerendra Munugalavadla, Christophe Quéva, Stacey Tannheimer, Richard Rosenquist, Kostas Stamatopoulos, Joan Ballesteros, Paolo Ghia
Veröffentlicht in: Oncotarget, Ausgabe 9/40, 2018, ISSN 1949-2553
Herausgeber: Impact Journals
DOI: 10.18632/oncotarget.25419

GLASS: assisted and standardized assessment of gene variations from Sanger sequence trace data

Autoren: Karol Pal, Vojtech Bystry, Tomas Reigl, Martin Demko, Adam Krejci, Tasoula Touloumenidou, Evangelia Stalika, Boris Tichy, Paolo Ghia, Kostas Stamatopoulos, Sarka Pospisilova, Jitka Malcikova, Nikos Darzentas
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 33/23, 2017, Seite(n) 3802-3804, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btx423

Chronic Lymphocytic Leukemia with Mutated IGHV4-34 Receptors: Shared and Distinct Immunogenetic Features and Clinical Outcomes

Autoren: Aliki Xochelli, Panagiotis Baliakas, Ioannis Kavakiotis, Andreas Agathangelidis, Lesley-Ann Sutton, Eva Minga, Stavroula Ntoufa, Eugen Tausch, Xiao-Jie Yan, Tait Shanafelt, Karla Plevova, Myriam Boudjogra, Davide Rossi, Zadie Davis, Alba Navarro, Yorick Sandberg, Fie Juhl Vojdeman, Lydia Scarfo, Niki Stavroyianni, Andrey Sudarikov, Silvio Veronese, Tatiana Tzenou, Teodora Karan-Djurasevic, Mark Ca
Veröffentlicht in: Clinical Cancer Research, Ausgabe 23/17, 2017, Seite(n) 5292-5301, ISSN 1078-0432
Herausgeber: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/1078-0432.ccr-16-3100

Tailored approaches grounded on immunogenetic features for refined prognostication in chronic lymphocytic leukemia

Autoren: Panagiotis Baliakas, Theodoros Moysiadis, Anastasia Hadzidimitriou, Aliki Xochelli, Sabine Jeromin, Andreas Agathangelidis, Mattias Mattsson, Lesley-Ann Sutton, Eva Minga, Lydia Scarfò, Davide Rossi, Zadie Davis, Neus Villamor, Helen Parker, Jana Kotaskova, Evangelia Stalika, Karla Plevova, Larry Mansouri, Diego Cortese, Alba Navarro, Julio Delgado, Marta Larrayoz, Emma Young, Achilles Anagnostop
Veröffentlicht in: Haematologica, Ausgabe 104/2, 2019, Seite(n) 360-369, ISSN 0390-6078
Herausgeber: Ferrata Storti Foundation
DOI: 10.3324/haematol.2018.195032

ERIC recommendations for TP53 mutation analysis in chronic lymphocytic leukemia—update on methodological approaches and results interpretation

Autoren: J. Malcikova, E. Tausch, D. Rossi, L. A. Sutton, T. Soussi, T. Zenz, A. P. Kater, C. U. Niemann, D. Gonzalez, F. Davi, M. Gonzalez Diaz, C. Moreno, G. Gaidano, K. Stamatopoulos, R. Rosenquist, S. Stilgenbauer, P. Ghia, S. Pospisilova
Veröffentlicht in: Leukemia, Ausgabe 32/5, 2018, Seite(n) 1070-1080, ISSN 0887-6924
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41375-017-0007-7

Disease-biased and shared characteristics of the immunoglobulin gene repertoires in marginal zone B cell lymphoproliferations

Autoren: Aliki Xochelli, Vasilis Bikos, Eleftheria Polychronidou, Chrysi Galigalidou, Andreas Agathangelidis, Frédéric Charlotte, Panagiotis Moschonas, Zadie Davis, Monica Colombo, Maria Roumelioti, Lesley-Ann Sutton, Patricia Groenen, Michiel van den Brand, Myriam Boudjoghra, Patricia Algara, Alexandra Traverse-Glehen, Ana Ferrer, Evangelia Stalika, Maria Karypidou, George Kanellis, Christina Kalpadakis
Veröffentlicht in: The Journal of Pathology, 2018, ISSN 0022-3417
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/path.5209

Integrated epigenomic and transcriptomic analysis reveals TP63 as a novel player in clinically aggressive chronic lymphocytic leukemia

Autoren: Nikos Papakonstantinou, Stavroula Ntoufa, Maria Tsagiopoulou, Theodoros Moysiadis, Sujata Bhoi, Andigoni Malousi, Fotis Psomopoulos, Larry Mansouri, Stamatia Laidou, Despoina Papazoglou, Maria Gounari, Konstantinos Pasentsis, Karla Plevova, Venera Kuci-Emruli, Marti Duran-Ferrer, Zadie Davis, Sara Ek, Davide Rossi, Gianluca Gaidano, Matthias Ritgen, David Oscier, Niki Stavroyianni, Sarka Pospisilo
Veröffentlicht in: International Journal of Cancer, 2018, ISSN 0020-7136
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/ijc.31999

Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations

Autoren: R Rosenquist, P Ghia, A Hadzidimitriou, L-A Sutton, A Agathangelidis, P Baliakas, N Darzentas, V Giudicelli, M-P Lefranc, A W Langerak, C Belessi, F Davi, K Stamatopoulos
Veröffentlicht in: Leukemia, Ausgabe 31/7, 2017, Seite(n) 1477-1481, ISSN 0887-6924
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/leu.2017.125

Basic domain of telomere guardian TRF2 reduces D-loop unwinding whereas Rap1 restores it

Autoren: Ivona Nečasová, Eliška Janoušková, Tomáš Klumpler, Ctirad Hofr
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 45/21, 2017, Seite(n) 12170-12180, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkx812

Multiple productive IGH rearrangements denote oligoclonality even in immunophenotypically monoclonal CLL

Autoren: K Brazdilova, K Plevova, H Skuhrova Francova, H Kockova, M Borsky, V Bikos, J Malcikova, A Oltova, J Kotaskova, B Tichy, Y Brychtova, J Mayer, M Doubek, S Pospisilova
Veröffentlicht in: Leukemia, Ausgabe 32/1, 2017, Seite(n) 234-236, ISSN 0887-6924
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/leu.2017.274

"ATM mutations in major stereotyped subsets of chronic lymphocytic leukemia: enrichment in subset #2 is associated with markedly short telomeres"

Autoren: V. Navrkalova, E. Young, P. Baliakas, L. Radova, L.-A. Sutton, K. Plevova, L. Mansouri, V. Ljungstrom, S. Ntoufa, Z. Davis, G. Juliusson, K. E. Smedby, C. Belessi, P. Panagiotidis, T. Touloumenidou, F. Davi, A. W. Langerak, P. Ghia, J. C. Strefford, D. Oscier, J. Mayer, K. Stamatopoulos, S. Pospisilova, R. Rosenquist, M. Trbusek
Veröffentlicht in: Haematologica, Ausgabe 101/9, 2016, Seite(n) e369-e373, ISSN 0390-6078
Herausgeber: Ferrata Storti Foundation
DOI: 10.3324/haematol.2016.142968

Additional trisomies amongst patients with chronic lymphocytic leukemia carrying trisomy 12: the accompanying chromosome makes a difference

Autoren: P. Baliakas, A. Puiggros, A. Xochelli, L.-A. Sutton, F. Nguyen-Khac, A. Gardiner, K. Plevova, E. Minga, A. Hadzidimitriou, R. Walewska, H. McCarthy, M. Ortega, R. Collado, T. Gonzalez, I. Granada, E. Luno, J. Kota kova, T. Moysiadis, Z. Davis, N. Stavroyianni, A. Anagnostopoulos, J. C. Strefford, S. Pospisilova, F. Davi, A. Athanasiadou, R. Rosenquist, D. Oscier, B. Espinet, K. Stamatopoulos
Veröffentlicht in: Haematologica, Ausgabe 101/7, 2016, Seite(n) e299-e302, ISSN 0390-6078
Herausgeber: Ferrata Storti Foundation
DOI: 10.3324/haematol.2015.140202

Clinical impact of recurrently mutated genes on lymphoma diagnostics: state-of-the-art and beyond

Autoren: R. Rosenquist, A. Rosenwald, M.-Q. Du, G. Gaidano, P. Groenen, A. Wotherspoon, P. Ghia, P. Gaulard, E. Campo, K. Stamatopoulos
Veröffentlicht in: Haematologica, Ausgabe 101/9, 2016, Seite(n) 1002-1009, ISSN 0390-6078
Herausgeber: Ferrata Storti Foundation
DOI: 10.3324/haematol.2015.134510

The histone methyltransferase EZH2 as a novel prosurvival factor in clinically aggressive chronic lymphocytic leukemia

Autoren: Nikos Papakonstantinou, Stavroula Ntoufa, Elisavet Chartomatsidou, Konstantia Kotta, Andreas Agathangelidis, Lefki Giassafaki, Tzeni Karamanli, Panagiota Bele, Theodoros Moysiadis, Panagiotis Baliakas, Lesley Ann Sutton, Niki Stavroyianni, Achilles Anagnostopoulos, Antonios M. Makris, Paolo Ghia, Richard Rosenquist, Kostas Stamatopoulos
Veröffentlicht in: Oncotarget, 2016, ISSN 1949-2553
Herausgeber: Impact Journals
DOI: 10.18632/oncotarget.9371

Different spectra of recurrent gene mutations in subsets of chronic lymphocytic leukemia harboring stereotyped B-cell receptors

Autoren: L.-A. Sutton, E. Young, P. Baliakas, A. Hadzidimitriou, T. Moysiadis, K. Plevova, D. Rossi, J. Kminkova, E. Stalika, L. B. Pedersen, J. Malcikova, A. Agathangelidis, Z. Davis, L. Mansouri, L. Scarfo, M. Boudjoghra, A. Navarro, A. F. Muggen, X.-J. Yan, F. Nguyen-Khac, M. Larrayoz, P. Panagiotidis, N. Chiorazzi, C. U. Niemann, C. Belessi, E. Campo, J. C. Strefford, A. W. Langerak, D. Oscier, G. Gaid
Veröffentlicht in: Haematologica, Ausgabe 101/8, 2016, Seite(n) 959-967, ISSN 0390-6078
Herausgeber: Ferrata Storti Foundation
DOI: 10.3324/haematol.2016.141812

Not all IGHV3-21 chronic lymphocytic leukemias are equal: prognostic considerations

Autoren: P. Baliakas, A. Agathangelidis, A. Hadzidimitriou, L.-A. Sutton, E. Minga, A. Tsanousa, L. Scarfo, Z. Davis, X.-J. Yan, T. Shanafelt, K. Plevova, Y. Sandberg, F. J. Vojdeman, M. Boudjogra, T. Tzenou, M. Chatzouli, C. C. Chu, S. Veronese, A. Gardiner, L. Mansouri, K. E. Smedby, L. B. Pedersen, D. Moreno, K. Van Lom, V. Giudicelli, H. S. Francova, F. Nguyen-Khac, P. Panagiotidis, G. Juliusson, L. Angelis, A. Anagnostopoulos, M.-P. Lefranc, M. Facco, L. Trentin, M. Catherwood, M. Montillo, C. H. Geisler, A. W. Langerak, S. Pospisilova, N. Chiorazzi, D. Oscier, D. F. Jelinek, N. Darzentas, C. Belessi, F. Davi, P. Ghia, R. Rosenquist, K. Stamatopoulos
Veröffentlicht in: Blood, Ausgabe 00064971, 2015, Seite(n) 856-859, ISSN 0006-4971
Herausgeber: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood-2014-09-600874

Recurrent mutations refine prognosis in chronic lymphocytic leukemia

Autoren: P Baliakas, A Hadzidimitriou, L-A Sutton, D Rossi, E Minga, N Villamor, M Larrayoz, J Kminkova, A Agathangelidis, Z Davis, E Tausch, E Stalika, B Kantorova, L Mansouri, L Scarfò, D Cortese, V Navrkalova, M J J Rose-Zerilli, K E Smedby, G Juliusson, A Anagnostopoulos, A M Makris, A Navarro, J Delgado, D Oscier, C Belessi, S Stilgenbauer, P Ghia, S Pospisilova, G Gaidano, E Campo, J C Strefford, K Stamatopoulos, R Rosenquist
Veröffentlicht in: Leukemia, Ausgabe 08876924, 2014, Seite(n) 329-336, ISSN 0887-6924
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/leu.2014.196

Prognostic relevance of MYD88 mutations in CLL: the jury is still out

Autoren: P. Baliakas, A. Hadzidimitriou, A. Agathangelidis, D. Rossi, L.-A. Sutton, J. Kminkova, L. Scarfo, S. Pospisilova, G. Gaidano, K. Stamatopoulos, P. Ghia, R. Rosenquist
Veröffentlicht in: Blood, Ausgabe 00064971, 2015, Seite(n) 1043-1044, ISSN 0006-4971
Herausgeber: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood-2015-05-648634

Chromosomal translocations and karyotype complexity in chronic lymphocytic leukemia: A systematic reappraisal of classic cytogenetic data

Autoren: Panagiotis Baliakas, Michalis Iskas, Anne Gardiner, Zadie Davis, Karla Plevova, Florence Nguyen-Khac, Jitka Malcikova, Achilles Anagnostopoulos, Sharron Glide, Sarah Mould, Kristina Stepanovska, Martin Brejcha, Chrysoula Belessi, Frederic Davi, Sarka Pospisilova, Anastasia Athanasiadou, Kostas Stamatopoulos, David Oscier
Veröffentlicht in: American Journal of Hematology, Ausgabe 03618609, 2014, Seite(n) 249-255, ISSN 0361-8609
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/ajh.23618

Human Rap1 modulates TRF2 attraction to telomeric DNA

Autoren: E. Janou kova, I. Ne asova, J. Pavlou kova, M. Zimmermann, M. Hluchy, V. Marini, M. Novakova, C. Hofr
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 03051048, 2015, Seite(n) 2691-2700, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkv097

Treatment of chronic lymphocytic leukemia with monoclonal antibodies, where are we heading?

Autoren: Michael Doubek, Michal Šmída
Veröffentlicht in: Expert Review of Hematology, Ausgabe 17474086, 2015, Seite(n) 743-764, ISSN 1747-4086
Herausgeber: Expert Reviews
DOI: 10.1586/17474086.2015.1079123

Molecular systematics of Barbatosphaeria (Sordariomycetes): multigene phylogeny and secondary ITS structure

Autoren: M. Réblová, K. Réblová, V. Štěpánek
Veröffentlicht in: Persoonia - Molecular Phylogeny and Evolution of Fungi, Ausgabe 00315850, 2015, Seite(n) 21-38, ISSN 0031-5850
Herausgeber: National Herbarium Nederland/Leiden Branch
DOI: 10.3767/003158515X687434

MicroRNAs in B-cell lymphomas: how a complex biology gets more complex

Autoren: K Musilova, M Mraz
Veröffentlicht in: Leukemia, Ausgabe 08876924, 2014, Seite(n) 1004-1017, ISSN 0887-6924
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/leu.2014.351

Clonal evolution in chronic lymphocytic leukemia detected by fluorescence in situ hybridization and conventional cytogenetics after stimulation with CpG oligonucleotides and interleukin-2: A prospective analysis

Autoren: Martin Brejcha, Martina Stoklasová, Yvona Brychtová, Anna Panovská, Kristina Štěpanovská, Gabriela Vaňková, Karla Plevová, Alexandra Oltová, Kateřina Horká, Šárka Pospíšilová, Jiří Mayer, Michael Doubek
Veröffentlicht in: Leukemia Research, Ausgabe 01452126, 2014, Seite(n) 170-175, ISSN 0145-2126
Herausgeber: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.leukres.2013.10.019

Forced aggregation and defined factors allow highly uniform-sized embryoid bodies and functional cardiomyocytes from human embryonic and induced pluripotent stem cells

Autoren: Martin Pesl, Ivana Acimovic, Jan Pribyl, Renata Hezova, Aleksandra Vilotic, Jeremy Fauconnier, Jan Vrbsky, Peter Kruzliak, Petr Skladal, Tomas Kara, Vladimir Rotrekl, Alain Lacampagne, Petr Dvorak, Albano C. Meli
Veröffentlicht in: Heart and Vessels, Ausgabe 09108327, 2014, Seite(n) 834-846, ISSN 0910-8327
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00380-013-0436-9

MicroRNAs and B cell receptor signaling in chronic lymphocytic leukemia

Autoren: Marek Mraz, Thomas J. Kipps
Veröffentlicht in: Leukemia & Lymphoma, Ausgabe 10428194, 2013, Seite(n) 1836-1839, ISSN 1042-8194
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.3109/10428194.2013.796055

Mesalamine modulates intercellular adhesion through inhibition of p-21 activated kinase-1

Autoren: Vineeta Khare, Alex Lyakhovich, Kyle Dammann, Michaela Lang, Melanie Borgmann, Boris Tichy, Sarka Pospisilova, Gloria Luciani, Christoph Campregher, Rayko Evstatiev, Maren Pflueger, Harald Hundsberger, Christoph Gasche
Veröffentlicht in: Biochemical Pharmacology, Ausgabe 00062952, 2013, Seite(n) 234-244, ISSN 0006-2952
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bcp.2012.10.026

The role of microRNAs in mitochondria in cancer

Autoren: Julie Bienertova-Vasku, Jiri Sana, Ondrej Slaby
Veröffentlicht in: Cancer Letters, Ausgabe 03043835, 2013, Seite(n) 1-7, ISSN 0304-3835
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.canlet.2013.05.001

TP53 Mutation Analysis in Clinical Practice: Lessons From Chronic Lymphocytic Leukemia

Autoren: Jitka Malcikova, Sarka Pavlova, Katerina Stano Kozubik, Sarka Pospisilova
Veröffentlicht in: Human Mutation, Ausgabe 10597794, 2014, Seite(n) 663-671, ISSN 1059-7794
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/humu.22508

The frequency of TP53 gene defects differs between chronic lymphocytic leukaemia subgroups harbouring distinct antigen receptors

Autoren: Jitka Malcikova, Evangelia Stalika, Zadie Davis, Karla Plevova, Martin Trbusek, Larry Mansouri, Lydia Scarfò, Panagiotis Baliakas, Anne Gardiner, Lesley-Ann Sutton, Hana Skuhrova Francova, Andreas Agathangelidis, Achilles Anagnostopoulos, Ian Tracy, Antonis Makris, Jana Smardova, Paolo Ghia, Chrysoula Belessi, David Gonzalez, Richard Rosenquist, David Oscier, Sarka Pospisilova, Kostas Stamatopoulos
Veröffentlicht in: British Journal of Haematology, Ausgabe 00071048, 2014, Seite(n) 621-625, ISSN 0007-1048
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/bjh.12893

MiR-21, miR-34a, miR-198 and miR-217 as diagnostic and prognostic biomarkers for chronic pancreatitis and pancreatic ductal adenocarcinoma

Autoren: Petra Vychytilova-Faltejskova, Igor Kiss, Sona Klusova, Jan Hlavsa, Vladimir Prochazka, Zdenek Kala, Jan Mazanec, Jitka Hausnerova, Leos Kren, Marketa Hermanova, Jiri Lenz, Petr Karasek, Rostislav Vyzula, Ondrej Slaby
Veröffentlicht in: Diagnostic Pathology, Ausgabe 17461596, 2015, ISSN 1746-1596
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13000-015-0272-6

Identification of novel sequence variations in microRNAs in chronic lymphocytic leukemia

Autoren: J. Kminkova, M. Mraz, K. Zaprazna, V. Navrkalova, B. Tichy, K. Plevova, J. Malcikova, K. Cerna, T. Rausch, V. Benes, Y. Brychtova, M. Doubek, J. Mayer, S. Pospisilova
Veröffentlicht in: Carcinogenesis, Ausgabe 01433334, 2014, Seite(n) 992-1002, ISSN 0143-3334
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/carcin/bgt396

Risk Score based on microRNA expression signature is independent prognostic classifier of glioblastoma patients

Autoren: J. Sana, L. Radova, R. Lakomy, L. Kren, P. Fadrus, M. Smrcka, A. Besse, J. Nekvindova, M. Hermanova, R. Jancalek, M. Svoboda, M. Hajduch, P. Slampa, R. Vyzula, O. Slaby
Veröffentlicht in: Carcinogenesis, Ausgabe 01433334, 2014, Seite(n) 2756-2762, ISSN 0143-3334
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/carcin/bgu212

The BCR–ABL1 T315I mutation and additional genomic aberrations are dominant genetic lesions associated with disease progression in patients with chronic myelogenous leukemia resistant to tyrosine kinase inhibitor therapy

Autoren: Jitka Malcikova, Filip Razga, Tomas Jurcek, Dana Dvorakova, Daniela Zackova, Martina Toskova, Ludmila Sebejova, Jana Smardova, Alexandra Oltova, Gabriela Vankova, Lenka Jurackova, Martin Trbusek, Sarka Pospisilova, Jiri Mayer, Zdenek Racil
Veröffentlicht in: Leukemia & Lymphoma, Ausgabe 10428194, 2013, Seite(n) 2083-2087, ISSN 1042-8194
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.3109/10428194.2012.762649

MicroRNA-206: a Promising Theranostic Marker

Autoren: Jan Novák, Peter Kružliak, Julie Bienertová-Vašků, Ondřej Slabý, Miroslav Novák
Veröffentlicht in: Theranostics, Ausgabe 18387640, 2014, Seite(n) 119-133, ISSN 1838-7640
Herausgeber: Ivyspring International Publisher
DOI: 10.7150/thno.7552

miR-155 and miR-484 Are Associated with Time to Progression in Metastatic Renal Cell Carcinoma Treated with Sunitinib

Autoren: Jana Merhautova, Renata Hezova, Alexandr Poprach, Alena Kovarikova, Lenka Radova, Marek Svoboda, Rostislav Vyzula, Regina Demlova, Ondrej Slaby
Veröffentlicht in: BioMed Research International, Ausgabe 23146133, 2015, Seite(n) 1-5, ISSN 2314-6133
Herausgeber: Hindawi Publishing Corporation
DOI: 10.1155/2015/941980

Targeted next-generation sequencing in chronic lymphocytic leukemia: a high-throughput yet tailored approach will facilitate implementation in a clinical setting

Autoren: L.-A. Sutton, V. Ljungstrom, L. Mansouri, E. Young, D. Cortese, V. Navrkalova, J. Malcikova, A. F. Muggen, M. Trbusek, P. Panagiotidis, F. Davi, C. Belessi, A. W. Langerak, P. Ghia, S. Pospisilova, K. Stamatopoulos, R. Rosenquist
Veröffentlicht in: Haematologica, Ausgabe 03906078, 2015, Seite(n) 370-376, ISSN 0390-6078
Herausgeber: Ferrata Storti Foundation
DOI: 10.3324/haematol.2014.109777

Detailed analysis of therapy-driven clonal evolution of TP53 mutations in chronic lymphocytic leukemia

Autoren: J Malcikova, K Stano-Kozubik, B Tichy, B Kantorova, S Pavlova, N Tom, L Radova, J Smardova, F Pardy, M Doubek, Y Brychtova, M Mraz, K Plevova, E Diviskova, A Oltova, J Mayer, S Pospisilova, M Trbusek
Veröffentlicht in: Leukemia, Ausgabe 08876924, 2014, Seite(n) 877-885, ISSN 0887-6924
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/leu.2014.297

MicroRNA-155 influences B-cell receptor signaling and associates with aggressive disease in chronic lymphocytic leukemia

Autoren: B. Cui, L. Chen, S. Zhang, M. Mraz, J.-F. Fecteau, J. Yu, E. M. Ghia, L. Zhang, L. Bao, L. Z. Rassenti, K. Messer, G. A. Calin, C. M. Croce, T. J. Kipps
Veröffentlicht in: Blood, Ausgabe 00064971, 2014, Seite(n) 546-554, ISSN 0006-4971
Herausgeber: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood-2014-03-559690

The outcome of chronic lymphocytic leukemia patients who relapsed after fludarabine, cyclophosphamide, and rituximab

Autoren: Anna Panovská, Lukáš Smolej, Daniel Lysák, Yvona Brychtová, Martin Šimkovič, Monika Motyčková, Pavel Vodárek, Michaela Lindtnerová, Martin Trbušek, Jitka Malčíková, Šárka Pospíšilová, Jiří Mayer, Michael Doubek
Veröffentlicht in: European Journal of Haematology, Ausgabe 09024441, 2013, Seite(n) 479-485, ISSN 0902-4441
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ejh.12106

TP53 mutation analysis in chronic lymphocytic leukemia: comparison of different detection methods

Autoren: Barbara Kantorova, Jitka Malcikova, Jana Smardova, Sarka Pavlova, Martin Trbusek, Nikola Tom, Karla Plevova, Boris Tichy, Sim Truong, Eva Diviskova, Jana Kotaskova, Alexandra Oltova, Nancy Patten, Yvona Brychtova, Michael Doubek, Jiri Mayer, Sarka Pospisilova
Veröffentlicht in: Tumor Biology, Ausgabe 10104283, 2015, Seite(n) 3371-3380, ISSN 1010-4283
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s13277-014-2971-0

Identification of MicroRNAs Regulated by Isothiocyanates and Association of Polymorphisms Inside Their Target Sites with Risk of Sporadic Colorectal Cancer

Autoren: Ondrej Slaby, Milana Sachlova, Veronika Brezkova, Renata Hezova, Alena Kovarikova, Svatava Bischofová, Sabina Sevcikova, Julie Bienertova-Vasku, Anna Vasku, Marek Svoboda, Rostislav Vyzula
Veröffentlicht in: Nutrition and Cancer, Ausgabe 01635581, 2013, Seite(n) 247-254, ISSN 0163-5581
Herausgeber: Lawrence Erlbaum Associates Inc.
DOI: 10.1080/01635581.2013.756530

MicroRNA Profiling of Activated and Tolerogenic Human Dendritic Cells

Autoren: Zuzana Stumpfova, Renata Hezova, Albano Carlo Meli, Ondrej Slaby, Jaroslav Michalek
Veröffentlicht in: Mediators of Inflammation, Ausgabe 09629351, 2014, Seite(n) 1-10, ISSN 0962-9351
Herausgeber: Hindawi Publishing Corporation
DOI: 10.1155/2014/259689

Extension of microRNA expression pattern associated with high-risk neuroblastoma

Autoren: Julie Bienertova-Vasku, Pavel Mazanek, Renata Hezova, Anna Curdova, Jana Nekvindova, Leos Kren, Jaroslav Sterba, Ondrej Slaby
Veröffentlicht in: Tumor Biology, Ausgabe 10104283, 2013, Seite(n) 2315-2319, ISSN 1010-4283
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s13277-013-0777-0

B-cell receptor signalling and its crosstalk with other pathways in normal and malignant cells

Autoren: Vaclav Seda, Marek Mraz
Veröffentlicht in: European Journal of Haematology, Ausgabe 09024441, 2015, Seite(n) 193-205, ISSN 0902-4441
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ejh.12427

Functional loss of IκBε leads to NF-κB deregulation in aggressive chronic lymphocytic leukemia

Autoren: Larry Mansouri, Lesley-Ann Sutton, Viktor Ljungström, Sina Bondza, Linda Arngården, Sujata Bhoi, Jimmy Larsson, Diego Cortese, Antonia Kalushkova, Karla Plevova, Emma Young, Rebeqa Gunnarsson, Elin Falk-Sörqvist, Peter Lönn, Alice F. Muggen, Xiao-Jie Yan, Birgitta Sander, Gunilla Enblad, Karin E. Smedby, Gunnar Juliusson, Chrysoula Belessi, Johan Rung, Nicholas Chiorazzi, Jonathan C. Strefford, Anton W. Langerak, Sarka Pospisilova, Frederic Davi, Mats Hellström, Helena Jernberg-Wiklund, Paolo Ghia, Ola Söderberg, Kostas Stamatopoulos, Mats Nilsson, Richard Rosenquist
Veröffentlicht in: The Journal of Experimental Medicine, Ausgabe 00221007, 2015, Seite(n) 833-843, ISSN 0022-1007
Herausgeber: Rockefeller University Press
DOI: 10.1084/jem.20142009

The Planar Cell Polarity Pathway Drives Pathogenesis of Chronic Lymphocytic Leukemia by the Regulation of B-Lymphocyte Migration

Autoren: M. Kaucka, K. Plevova, S. Pavlova, P. Janovska, A. Mishra, J. Verner, J. Prochazkova, P. Krejci, J. Kotaskova, P. Ovesna, B. Tichy, Y. Brychtova, M. Doubek, A. Kozubik, J. Mayer, S. Pospisilova, V. Bryja
Veröffentlicht in: Cancer Research, Ausgabe 00085472, 2013, Seite(n) 1491-1501, ISSN 0008-5472
Herausgeber: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-12-1752

miR-150 influences B-cell receptor signaling in chronic lymphocytic leukemia by regulating expression of GAB1 and FOXP1

Autoren: M. Mraz, L. Chen, L. Z. Rassenti, E. M. Ghia, H. Li, K. Jepsen, E. N. Smith, K. Messer, K. A. Frazer, T. J. Kipps
Veröffentlicht in: Blood, Ausgabe 00064971, 2014, Seite(n) 84-95, ISSN 0006-4971
Herausgeber: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood-2013-09-527234

Multiple productive immunoglobulin heavy chain gene rearrangements in chronic lymphocytic leukemia are mostly derived from independent clones

Autoren: K. Plevova, H. S. Francova, K. Burckova, Y. Brychtova, M. Doubek, S. Pavlova, J. Malcikova, J. Mayer, B. Tichy, S. Pospisilova
Veröffentlicht in: Haematologica, Ausgabe 03906078, 2014, Seite(n) 329-338, ISSN 0390-6078
Herausgeber: Ferrata Storti Foundation
DOI: 10.3324/haematol.2013.087593

RNA secondary structure, an important bioinformatics tool to enhance multiple sequence alignment: a case study (Sordariomycetes, Fungi)

Autoren: Martina Réblová, Kamila Réblová
Veröffentlicht in: Mycological Progress, Ausgabe 1617416X, 2013, Seite(n) 305-319, ISSN 1617-416X
Herausgeber: IHW-Verl
DOI: 10.1007/s11557-012-0836-8

The origin of deletion 22q11 in chronic lymphocytic leukemia is related to the rearrangement of immunoglobulin lambda light chain locus

Autoren: Marek Mraz, Katerina Stano Kozubik, Karla Plevova, Katerina Musilova, Boris Tichy, Marek Borsky, Petr Kuglik, Michael Doubek, Yvona Brychtova, Jiri Mayer, Sarka Pospisilova
Veröffentlicht in: Leukemia Research, Ausgabe 01452126, 2013, Seite(n) 802-808, ISSN 0145-2126
Herausgeber: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.leukres.2013.03.018

Combination of serum microRNA-320a and microRNA-320b as a marker for Waldenström macroglobulinemia

Autoren: Lenka Kubiczkova Besse, Lenka Sedlarikova, Fedor Kryukov, Jana Nekvindova, Lenka Radova, Martina Almasi, Jana Pelcova, Jiri Minarik, Tomas Pika, Zuzana Pikalova, Vlastimil Scudla, Marta Krejci, Zdenek Adam, Ludek Pour, Roman Hajek, Sabina Sevcikova
Veröffentlicht in: American Journal of Hematology, Ausgabe 03618609, 2015, Seite(n) E51-E52, ISSN 0361-8609
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/ajh.23910

Histone H1 Differentially Inhibits DNA Bending by Reduced and Oxidized HMGB1 Protein

Autoren: Michal Štros, Eva Polanská, Martin Kučírek, Šárka Pospíšilová
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 19326203, 2015, Seite(n) e0138774, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0138774

Circulating Serum MicroRNA-130a as a Novel Putative Marker of Extramedullary Myeloma

Autoren: Lenka Besse, Lenka Sedlarikova, Fedor Kryukov, Jana Nekvindova, Lenka Radova, Ondrej Slaby, Petr Kuglik, Martina Almasi, Miroslav Penka, Marta Krejci, Zdenek Adam, Ludek Pour, Sabina Sevcikova, Roman Hajek
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 19326203, 2015, Seite(n) e0137294, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0137294

ARResT/AssignSubsets: a novel application for robust subclassification of chronic lymphocytic leukemia based on B cell receptor IG stereotypy

Autoren: Vojtech Bystry, Andreas Agathangelidis, Vasilis Bikos, Lesley Ann Sutton, Panagiotis Baliakas, Anastasia Hadzidimitriou, Kostas Stamatopoulos, Nikos Darzentas
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 13674803, 2015, Seite(n) btv456, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btv456

The impact of SF3B1 mutations in CLL on the DNA-damage response

Autoren: G D te Raa, I A M Derks, V Navrkalova, A Skowronska, P D Moerland, J van Laar, C Oldreive, H Monsuur, M Trbusek, J Malcikova, M Lodén, C H Geisler, J Hüllein, A Jethwa, T Zenz, S Pospisilova, T Stankovic, M H J van Oers, A P Kater, E Eldering
Veröffentlicht in: Leukemia, Ausgabe 08876924, 2014, Seite(n) 1133-1142, ISSN 0887-6924
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/leu.2014.318

"Distinct patterns of novel gene mutations in poor-prognostic stereotyped subsets of chronic lymphocytic leukemia: the case of SF3B1 and subset #2"

Autoren: J C Strefford, L-A Sutton, P Baliakas, A Agathangelidis, J Malčíková, K Plevova, L Scarfó, Z Davis, E Stalika, D Cortese, N Cahill, L B Pedersen, P F di Celle, T Tzenou, C Geisler, P Panagiotidis, A W Langerak, N Chiorazzi, S Pospisilova, D Oscier, F Davi, C Belessi, L Mansouri, P Ghia, K Stamatopoulos, R Rosenquist
Veröffentlicht in: Leukemia, Ausgabe 08876924, 2013, Seite(n) 2196-2199, ISSN 0887-6924
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/leu.2013.98

CLCN1 Mutations in Czech Patients with Myotonia Congenita, In Silico Analysis of Novel and Known Mutations in the Human Dimeric Skeletal Muscle Chloride Channel

Autoren: Daniela Skálová, Jana Zídková, Stanislav Voháňka, Radim Mazanec, Zuzana Mušová, Petr Vondráček, Lenka Mrázová, Josef Kraus, Kamila Réblová, Lenka Fajkusová
Veröffentlicht in: PLoS ONE, Ausgabe 19326203, 2013, Seite(n) e82549, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0082549

The Significance of Stereotyped B-Cell Receptors in Chronic Lymphocytic Leukemia

Autoren: Nikos Darzentas, Kostas Stamatopoulos
Veröffentlicht in: Hematology/Oncology Clinics of North America, Ausgabe 08898588, 2013, Seite(n) 237-250, ISSN 0889-8588
Herausgeber: W. B. Saunders Co., Ltd.
DOI: 10.1016/j.hoc.2012.12.001

Hepcidin levels in Diamond-Blackfan anemia reflect erythropoietic activity and transfusion dependency

Autoren: D. Pospisilova, D. Holub, Z. Zidova, L. Sulovska, J. Houda, V. Mihal, I. Hadacova, L. Radova, P. Dzubak, M. Hajduch, V. Divoky, M. Horvathova
Veröffentlicht in: Haematologica, Ausgabe 03906078, 2014, Seite(n) e118-e121, ISSN 0390-6078
Herausgeber: Ferrata Storti Foundation
DOI: 10.3324/haematol.2014.104034

The structure and substrate specificity of human Cdk12/Cyclin K

Autoren: Christian A. Bösken, Lucas Farnung, Corinna Hintermair, Miriam Merzel Schachter, Karin Vogel-Bachmayr, Dalibor Blazek, Kanchan Anand, Robert P. Fisher, Dirk Eick, Matthias Geyer
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 20411723, 2014, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms4505

Phylogenetic Reconstruction of the Calosphaeriales and Togniniales Using Five Genes and Predicted RNA Secondary Structures of ITS, and Flabellascus tenuirostris gen. et sp. nov.

Autoren: Martina Réblová, Walter M. Jaklitsch, Kamila Réblová, Václav Štěpánek
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 19326203, 2015, Seite(n) e0144616, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0144616

Diagnostic and prognostic potential of miR-21, miR-29c, miR-148 and miR-203 in adenocarcinoma and squamous cell carcinoma of esophagus

Autoren: Renata Hezova, Alena Kovarikova, Josef Srovnal, Milada Zemanova, Tomas Harustiak, Jiri Ehrmann, Marian Hajduch, Marek Svoboda, Milana Sachlova, Ondrej Slaby
Veröffentlicht in: Diagnostic Pathology, Ausgabe 17461596, 2015, ISSN 1746-1596
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13000-015-0280-6

Ovarian carcinoma CDK12 mutations misregulate expression of DNA repair genes via deficient formation and function of the Cdk12/CycK complex

Autoren: K. M. Ekumi, H. Paculova, T. Lenasi, V. Pospichalova, C. A. Bosken, J. Rybarikova, V. Bryja, M. Geyer, D. Blazek, M. Barboric
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 03051048, 2015, Seite(n) 2575-2589, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkv101

MicroRNAs targeting EGFR signalling pathway in colorectal cancer

Autoren: Jitka Mlcochova, Petra Faltejskova, Radim Nemecek, Marek Svoboda, Ondrej Slaby
Veröffentlicht in: Journal of Cancer Research and Clinical Oncology, Ausgabe 01715216, 2013, Seite(n) 1615-1624, ISSN 0171-5216
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00432-013-1470-9

Combination of fludarabine, amsacrine, and cytarabine followed by reduced-intensity conditioning and allogeneic hematopoietic stem cell transplantation in patients with high-risk acute myeloid leukemia

Autoren: Marta Krejci, Michael Doubek, Jaroslav Dusek, Yvona Brychtova, Zdenek Racil, Milan Navratil, Miroslav Tomiska, Ondrej Horky, Sarka Pospisilova, Jiri Mayer
Veröffentlicht in: Annals of Hematology, Ausgabe 09395555, 2013, Seite(n) 1397-1403, ISSN 0939-5555
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00277-013-1790-5

Immunogenomic analysis of insect bite hypersensitivity in a model horse population

Autoren: Leona Vychodilova, Jan Matiasovic, Olga Bobrova, Jan Futas, Marie Klumplerova, Karla Stejskalova, Michaela Cvanova, Eva Janova, Jarmila Osickova, Mirko Vyskocil, Marketa Sedlinska, Ladislav Dusek, Eliane Marti, Petr Horin
Veröffentlicht in: Veterinary Immunology and Immunopathology, Ausgabe 01652427, 2013, Seite(n) 260-268, ISSN 0165-2427
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.vetimm.2012.12.013

Detecting minimal residual disease in patients with chronic lymphocytic leukemia using 8-color flow cytometry protocol in routine hematological practice

Autoren: O. Stehlíková, J. Chovancová, B. Tichý, M. Krejčí, Y. Brychtová, A. Panovská, H. Francová Skuhrová, K. Burčková, M. Borský, T. Loja, J. Mayer, Š. Pospíšilová, M. Doubek
Veröffentlicht in: International Journal of Laboratory Hematology, Ausgabe 17515521, 2014, Seite(n) 165-171, ISSN 1751-5521
Herausgeber: Blackwell Science
DOI: 10.1111/ijlh.12149

Ofatumumab added to dexamethasone in patients with relapsed or refractory chronic lymphocytic leukemia: Results from a phase II study

Autoren: Michael Doubek, Yvona Brychtova, Anna Panovska, Ludmila Sebejova, Olga Stehlikova, Jana Chovancova, Jitka Malcikova, Jana Smardova, Karla Plevova, Pavlina Volfova, Martin Trbusek, Marek Mraz, Denisa Bakesova, Jakub Trizuljak, Marketa Hadrabova, Petra Obrtlikova, Josef Karban, Lukas Smolej, Alexandra Oltova, Eva Jelinkova, Sarka Pospisilova, Jiri Mayer
Veröffentlicht in: American Journal of Hematology, Ausgabe 03618609, 2015, Seite(n) 417-421, ISSN 0361-8609
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/ajh.23964

Contributions of the TEL-patch Amino Acid Cluster on TPP1 to Telomeric DNA Synthesis by Human Telomerase

Autoren: Andrew B. Dalby, Ctirad Hofr, Thomas R. Cech
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 00222836, 2015, Seite(n) 1291-1303, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2015.01.008

NOD/SCID IL2Rγ-null mouse xenograft model of human p53-mutated chronic lymphocytic leukemia and ATM-mutated mantle cell lymphoma using permanent cell lines

Autoren: Jan Verner, Martin Trbusek, Jana Chovancova, Zuzana Jaskova, Mojmir Moulis, Frantisek Folber, Roman Halouzka, Jiri Mayer, Sarka Pospisilova, Michael Doubek
Veröffentlicht in: Leukemia & Lymphoma, Ausgabe 10428194, 2015, Seite(n) 3198-3206, ISSN 1042-8194
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.3109/10428194.2015.1034701

Fludarabine with cytarabine followed by reduced-intensity conditioning and allogeneic hematopoietic stem cell transplantation in patients with poor-risk chronic lymphocytic leukemia

Autoren: Marta Krejci, Michael Doubek, Yvona Brychtova, Olga Stehlikova, Jana Chovancova, Boris Tichy, Hana Skuhrova Francova, Milan Navratil, Miroslav Tomiska, Ondrej Horky, Sarka Pospisilova, Jiri Mayer
Veröffentlicht in: Annals of Hematology, Ausgabe 09395555, 2013, Seite(n) 249-254, ISSN 0939-5555
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00277-012-1579-y

Combination of MiR-378 and MiR-210 Serum Levels Enables Sensitive Detection of Renal Cell Carcinoma

Autoren: Michal Fedorko, Michal Stanik, Robert Iliev, Martina Redova-Lojova, Tana Machackova, Marek Svoboda, Dalibor Pacik, Jan Dolezel, Ondrej Slaby
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 14220067, 2015, Seite(n) 23382-23389, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms161023382

Binding of Histone H1 to DNA Is Differentially Modulated by Redox State of HMGB1

Autoren: Eva Polanská, Šárka Pospíšilová, Michal Štros
Veröffentlicht in: PLoS ONE, Ausgabe 19326203, 2014, Seite(n) e89070, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0089070

Novel Evolutionary Lineages Revealed in the Chaetothyriales (Fungi) Based on Multigene Phylogenetic Analyses and Comparison of ITS Secondary Structure

Autoren: Martina Réblová, Wendy A. Untereiner, Kamila Réblová
Veröffentlicht in: PLoS ONE, Ausgabe 19326203, 2013, Seite(n) e63547, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0063547

Distinct in vitro sensitivity of p53-mutated and ATM-mutated chronic lymphocytic leukemia cells to ofatumumab and rituximab

Autoren: Ludmila Sebejova, Marek Borsky, Zuzana Jaskova, David Potesil, Veronika Navrkalova, Jitka Malcikova, Martin Sramek, Michael Doubek, Tomas Loja, Sarka Pospisilova, Jiri Mayer, Martin Trbusek
Veröffentlicht in: Experimental Hematology, Ausgabe 0301472X, 2014, Seite(n) 867-874.e1, ISSN 0301-472X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.exphem.2014.06.003

ATM mutations uniformly lead to ATM dysfunction in chronic lymphocytic leukemia: application of functional test using doxorubicin

Autoren: V. Navrkalova, L. Sebejova, J. Zemanova, J. Kminkova, B. Kubesova, J. Malcikova, M. Mraz, J. Smardova, S. Pavlova, M. Doubek, Y. Brychtova, D. Potesil, V. Nemethova, J. Mayer, S. Pospisilova, M. Trbusek
Veröffentlicht in: Haematologica, Ausgabe 03906078, 2013, Seite(n) 1124-1131, ISSN 0390-6078
Herausgeber: Ferrata Storti Foundation
DOI: 10.3324/haematol.2012.081620

Towards error-free profiling of immune repertoires

Autoren: Mikhail Shugay, Olga V Britanova, Ekaterina M Merzlyak, Maria A Turchaninova, Ilgar Z Mamedov, Timur R Tuganbaev, Dmitriy A Bolotin, Dmitry B Staroverov, Ekaterina V Putintseva, Karla Plevova, Carsten Linnemann, Dmitriy Shagin, Sarka Pospisilova, Sergey Lukyanov, Ton N Schumacher, Dmitriy M Chudakov
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 15487091, 2014, Seite(n) 653-655, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/NMETH.2960

Immunoglobulin heavy variable (IGHV) genes and alleles: new entities, new names and implications for research and prognostication in chronic lymphocytic leukaemia

Autoren: Aliki Xochelli, Andreas Agathangelidis, Ioannis Kavakiotis, Evangelia Minga, Lesley Ann Sutton, Panagiotis Baliakas, Ioanna Chouvarda, Véronique Giudicelli, Ioannis Vlahavas, Nikos Maglaveras, Lisa Bonello, Livio Trentin, Alessandra Tedeschi, Panagiotis Panagiotidis, Christian Geisler, Anton W. Langerak, Sarka Pospisilova, Diane F. Jelinek, David Oscier, Nicholas Chiorazzi, Nikos Darzentas, Fred Davi, Paolo Ghia, Richard Rosenquist, Anastasia Hadzidimitriou, Chrysoula Belessi, Marie-Paule Lefranc, Kostas Stamatopoulos
Veröffentlicht in: Immunogenetics, Ausgabe 00937711, 2015, Seite(n) 61-66, ISSN 0093-7711
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00251-014-0812-3

Urine microRNAs as potential noninvasive biomarkers in urologic cancers

Autoren: Hana Mlcochova, Renata Hezova, Michal Stanik, Ondrej Slaby
Veröffentlicht in: Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, Ausgabe 10781439, 2014, Seite(n) 41.e1-41.e9, ISSN 1078-1439
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.urolonc.2013.04.011

MiR-210 expression in tumor tissue and in vitro effects of its silencing in renal cell carcinoma

Autoren: Martina Redova, Alexandr Poprach, Andrej Besse, Robert Iliev, Jana Nekvindova, Radek Lakomy, Lenka Radova, Marek Svoboda, Jan Dolezel, Rostislav Vyzula, Ondrej Slaby
Veröffentlicht in: Tumor Biology, Ausgabe 10104283, 2013, Seite(n) 481-491, ISSN 1010-4283
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s13277-012-0573-2

Temporal Dynamics of Clonal Evolution in Chronic Lymphocytic Leukemia with Stereotyped IGHV4-34/IGKV2-30 Antigen Receptors: Longitudinal Immunogenetic Evidence

Autoren: Lesley Sutton, Efterpi Kostareli
Veröffentlicht in: Molecular Medicine, Ausgabe 10761551, 2013, Seite(n) 1, ISSN 1076-1551
Herausgeber: North Shore - Long Jewish Research Institute
DOI: 10.2119/molmed.2013.00042

New Insights into the Biological Role of Mammalian ADARs; the RNA Editing Proteins

Autoren: Niamh Mannion, Fabiana Arieti, Angela Gallo, Liam Keegan, Mary O'Connell
Veröffentlicht in: Biomolecules, Ausgabe 2218273X, 2015, Seite(n) 2338-2362, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/biom5042338

IgG-Switched CLL Has a Distinct Immunogenetic Signature from the Common MD Variant: Ontogenetic Implications

Autoren: A. Vardi, A. Agathangelidis, L.-A. Sutton, M. Chatzouli, L. Scarfo, L. Mansouri, V. Douka, A. Anagnostopoulos, N. Darzentas, R. Rosenquist, P. Ghia, C. Belessi, K. Stamatopoulos
Veröffentlicht in: Clinical Cancer Research, Ausgabe 10780432, 2014, Seite(n) 323-330, ISSN 1078-0432
Herausgeber: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-13-1993

Polymorphism in miR-31 and miR-584 binding site in the angiotensinogen gene differentially influences body fat distribution in both sexes

Autoren: Jan Machal, Jan Novak, Renata Hezova, Filip Zlamal, Anna Vasku, Ondrej Slaby, Julie Bienertova-Vasku
Veröffentlicht in: Genes & Nutrition, Ausgabe 15558932, 2015, ISSN 1555-8932
Herausgeber: New Century Health Publishers
DOI: 10.1007/s12263-015-0488-9

Hypergravity effects on glide arc plasma

Autoren: Jiří Šperka, Pavel Souček, Jack J. W. A. Van Loon, Alan Dowson, Christian Schwarz, Jutta Krause, Gerrit Kroesen, Vít Kudrle
Veröffentlicht in: The European Physical Journal D, Ausgabe 14346060, 2013, ISSN 1434-6060
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1140/epjd/e2013-40408-7

Splenic marginal-zone lymphoma: ontogeny and genetics

Autoren: Panagiotis Baliakas, Jonathan C. Strefford, Vasilis Bikos, Marina Parry, Kostas Stamatopoulos, David Oscier
Veröffentlicht in: Leukemia & Lymphoma, Ausgabe 10428194, 2014, Seite(n) 301-310, ISSN 1042-8194
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.3109/10428194.2014.919636

Isosteric and Nonisosteric Base Pairs in RNA Motifs: Molecular Dynamics and Bioinformatics Study of the Sarcin–Ricin Internal Loop

Autoren: Marek Havrila, Kamila Réblová, Craig L. Zirbel, Neocles B. Leontis, Jiří Šponer
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry B, Ausgabe 15206106, 2013, Seite(n) 14302-14319, ISSN 1520-6106
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jp408530w

Assessment of TP53 functionality in chronic lymphocytic leukaemia by different assays; an ERIC-wide approach

Autoren: G. Doreen te Raa, Jitka Malčiková, Marek Mraz, Martin Trbusek, Magali Le Garff-Tavernier, Hélène Merle-Béral, Rudolf Greil, Olaf Merkel, Sarka Pospíšilová, Ke Lin, Andrew R. Pettitt, Tatjana Stankovic, Marinus H. van Oers, Eric Eldering, Stephan Stilgenbauer, Thorsten Zenz, Arnon P. Kater
Veröffentlicht in: British Journal of Haematology, Ausgabe 00071048, 2014, Seite(n) 565-569, ISSN 0007-1048
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/bjh.13006

Molecular Evidence for Antigen Drive in the Natural History of Mantle Cell Lymphoma

Autoren: Aliki Xochelli, Lesley-Ann Sutton, Andreas Agathangelidis, Evangelia Stalika, Maria Karypidou, Fotini Marantidou, Alba Navarro Lopez, Giorgos Papadopoulos, Jana Supikova, Patricia Groenen, Myriam Boudjogra, Christer Sundstrom, Maurilio Ponzoni, Hana Skuhrova Francova, Achilles Anagnostopoulos, Sarka Pospisilova, Theodora Papadaki, Dimitris Tzovaras, Paolo Ghia, Christiane Pott, Frederic Davi, Elias Campo, Richard Rosenquist, Anastasia Hadzidimitriou, Chrysoula Belessi, Kostas Stamatopoulos
Veröffentlicht in: The American Journal of Pathology, Ausgabe 00029440, 2015, Seite(n) 1740-1748, ISSN 0002-9440
Herausgeber: American Society for Investigative Pathology
DOI: 10.1016/j.ajpath.2015.02.006

The melanoma-associated antigen 1 (MAGEA1) protein stimulates the E3 ubiquitin-ligase activity of TRIM31 within a TRIM31-MAGEA1-NSE4 complex

Autoren: Lucie Kozakova, Lucie Vondrova, Karel Stejskal, Panagoula Charalabous, Peter Kolesar, Alan R Lehmann, Stjepan Uldrijan, Christopher M Sanderson, Zbynek Zdrahal, Jan J Palecek
Veröffentlicht in: Cell Cycle, Ausgabe 15384101, 2015, Seite(n) 920-930, ISSN 1538-4101
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15384101.2014.1000112

Role of S-turn2 in the Structure, Dynamics, and Function of Mitochondrial Ribosomal A-Site. A Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation Study

Autoren: Joanna Panecka, Marek Havrila, Kamila Réblová, Jiří Šponer, Joanna Trylska
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry B, Ausgabe 15206106, 2014, Seite(n) 6687-6701, ISSN 1520-6106
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jp5030685

Dynamic changes in microRNA expression profiles reflect progression of Barrett's esophagus to esophageal adenocarcinoma

Autoren: O. Slaby, J. Srovnal, L. Radova, J. Gregar, J. Juracek, P. Luzna, M. Svoboda, M. Hajduch, J. Ehrmann
Veröffentlicht in: Carcinogenesis, Ausgabe 01433334, 2015, Seite(n) 521-527, ISSN 0143-3334
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/carcin/bgv023

Transmission of t(11;14)-positive cells by allogeneic stem cell transplant: 10-year journey to mantle cell lymphoma

Autoren: Andrea Janikova, Andrea Mareckova, Aneta Baumeisterova, Marta Krejci, Jana Supikova, David Salek, Ondrej Horky, Boris Tichy, Ivo Hanke, Sarka Pospisilova, Mojmir Moulis, Jiri Mayer
Veröffentlicht in: Leukemia & Lymphoma, Ausgabe 10428194, 2014, Seite(n) 1935-1938, ISSN 1042-8194
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.3109/10428194.2013.858150

Small nucleolar RNAs functioning and potential roles in cancer

Autoren: Nithyananda Thorenoor, Ondrej Slaby
Veröffentlicht in: Tumor Biology, Ausgabe 10104283, 2015, Seite(n) 41-53, ISSN 1010-4283
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s13277-014-2818-8

Analysis of Prognostic Significance of Merkel Cell Polyomavirus in Chronic Lymphocytic Leukemia

Autoren: Jakub Trizuljak, Josef Srovnal, Karla Plevová, Yvona Brychtová, Lukáš Semerád, Denisa Bakešová, Eva Létalová, Andrea Benedíková, Jiří Mayer, Marián Hajdúch, Šárka Pospíšilová, Michael Doubek
Veröffentlicht in: Clinical Lymphoma Myeloma and Leukemia, Ausgabe 21522669, 2015, Seite(n) 439-442, ISSN 2152-2669
Herausgeber: Cancer Media Group
DOI: 10.1016/j.clml.2015.02.003

The Epitranscriptome and Innate Immunity

Autoren: Mary A. OâConnell, Niamh M. Mannion, Liam P. Keegan
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 15537404, 2015, Seite(n) e1005687, ISSN 1553-7404
Herausgeber: Public Library ScienceUBLIC LIBRARY SCIENCE
DOI: 10.1371/journal.pgen.1005687

MicroRNAs involved in chemo- and radioresistance of high-grade gliomas

Autoren: Andrej Besse, Jiri Sana, Pavel Fadrus, Ondrej Slaby
Veröffentlicht in: Tumor Biology, Ausgabe 10104283, 2013, Seite(n) 1969-1978, ISSN 1010-4283
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s13277-013-0772-5

MDM2 promotor polymorphism and disease characteristics in chronic lymphocytic leukemia: results of an individual patient data-based meta-analysis

Autoren: A. Benner, L. Mansouri, D. Rossi, A. Majid, K. Willander, A. Parker, G. Bond, S. Pavlova, H. Nuckel, O. Merkel, P. Ghia, E. Montserrat, M. A. Kaderi, R. Rosenquist, G. Gaidano, M. J. S. Dyer, P. Soderkvist, M. Linderholm, D. Oscier, Z. Tvaruzkova, S. Pospisilova, U. Duhrsen, R. Greil, H. Dohner, S. Stilgenbauer, T. Zenz
Veröffentlicht in: Haematologica, Ausgabe 03906078, 2014, Seite(n) 1285-1291, ISSN 0390-6078
Herausgeber: Ferrata Storti Foundation
DOI: 10.3324/haematol.2013.101170

Circulating miRNAs as new blood-based biomarkers for solid cancers

Autoren: Martina Redova, Jiri Sana, Ondrej Slaby
Veröffentlicht in: Future Oncology, Ausgabe 14796694, 2013, Seite(n) 387-402, ISSN 1479-6694
Herausgeber: Future Medicine Ltd.
DOI: 10.2217/FON.12.192

Upregulation of CYP1B1 expression by inflammatory cytokines is mediated by the p38 MAP kinase signal transduction pathway

Autoren: L. merdova, J. Svobodova, M. Kabatkova, J. Kohoutek, D. Bla ek, M. Machala, J. Vondra ek
Veröffentlicht in: Carcinogenesis, Ausgabe 01433334, 2014, Seite(n) 2534-2543, ISSN 0143-3334
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/carcin/bgu190

Hypergravity synthesis of graphitic carbon nanomaterial in glide arc plasma

Autoren: Jiří Šperka, Pavel Souček, Jack J.W.A. Van Loon, Alan Dowson, Christian Schwarz, Jutta Krause, Yuriy Butenko, Gerrit Kroesen, Vít Kudrle
Veröffentlicht in: Materials Research Bulletin, Ausgabe 00255408, 2014, Seite(n) 61-65, ISSN 0025-5408
Herausgeber: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.materresbull.2014.03.013

Computational study of missense mutations in phenylalanine hydroxylase

Autoren: Kamila Réblová, Petr Kulhánek, Lenka Fajkusová
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Modeling, Ausgabe 16102940, 2015, ISSN 1610-2940
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00894-015-2620-6

Hyperphenylalaninemia in the Czech Republic: Genotype–phenotype correlations and in silico analysis of novel missense mutations

Autoren: Kamila Réblová, Zuzana Hrubá, Dagmar Procházková, Renata Pazdírková, Slávka Pouchlá, Lenka Fajkusová
Veröffentlicht in: Clinica Chimica Acta, Ausgabe 00098981, 2013, Seite(n) 1-10, ISSN 0009-8981
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cca.2013.01.006

TaqMan based real time PCR assay targeting EML4-ALK fusion transcripts in NSCLC

Autoren: Blanka Robesova, Monika Bajerova, Kvetoslava Liskova, Jana Skrickova, Marcela Tomiskova, Sarka Pospisilova, Jiri Mayer, Dana Dvorakova
Veröffentlicht in: Lung Cancer, Ausgabe 01695002, 2014, Seite(n) 25-30, ISSN 0169-5002
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.lungcan.2014.04.002

TP53 Aberrations in Chronic Lymphocytic Leukemia

Autoren: Martin Trbusek, Jitka Malcikova
Veröffentlicht in: Advances in Chronic Lymphocytic Leukemia, 2013, Seite(n) 109-131, ISBN 978-1-4614-8051-8
Herausgeber: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4614-8051-8_5

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