Adaptive Optical Microscopy Systems: Unifying theory, practice and applications

Informacje na temat projektu

AdOMiS

Identyfikator umowy o grant: 695140

DOI

10.3030/695140

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 8 Czerwca 2016

Data rozpoczęcia 1 Września 2016

Data zakończenia 31 Sierpnia 2022

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 3 234 789,00

Wkład UE

€ 3 234 789,00

Koordynowany przez

THE CHANCELLOR, MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF OXFORD
United Kingdom

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Other (11)

Alignment of an SLM-based STED depletion beam

Autorzy: Barbotin, A.
Opublikowane w: Numer 3, 2020
Wydawca: -
DOI: 10.5281/zenodo.3567748

Microscope Resolution Estimation and Normalised Coordinates

Autorzy: Booth, M. J.
Opublikowane w: Numer 1, 2020
Wydawca: -
DOI: 10.5281/zenodo.4302488

A basic introduction to adaptive optics for microscopy

Autorzy: Booth, M. J.
Opublikowane w: Numer 1, 2019
Wydawca: -
DOI: 10.5281/zenodo.3471042

Practical Implementation of Adaptive Optical Microscopes

Autorzy: Hampson, Karen Mary; Žurauskas, Mantas; Barbotin, Aurélien; Booth, Martin J.
Opublikowane w: Numer 3, 2020
Wydawca: -
DOI: 10.5281/zenodo.4080674

Shack-Hartmann sensing with arbitrarily shaped pupil

Autorzy: Cui, J.; Dong, B.; Booth, M. J.
Opublikowane w: Numer 3, 2020
Wydawca: -
DOI: 10.5281/zenodo.3885507

Protocol for imaging through a multimode optical fibre

Autorzy: Turcotte, Raphaël; Emptage, Nigel J.; Booth, Martin J.
Opublikowane w: Numer 1, 2020
Wydawca: -
DOI: 10.5281/zenodo.3839326

Interferometric calibration of a deformable mirror

Autorzy: Antonello, Jacopo; Wang, Jingyu; He, Chao; Phillips, Mick; Booth, Martin
Opublikowane w: Numer 1, 2020
Wydawca: https://aomicroscopy.org/
DOI: 10.5281/zenodo.3714950

svmPSF quickstart manual

Autorzy: Turcotte, Raphaël; Schmidt, Carla C.; Emptage, Nigel J.; Booth, Martin J.
Opublikowane w: Numer 1, 2020
Wydawca: -
DOI: 10.5281/zenodo.3901391

Sensorless Adaptive Optics

Autorzy: Hampson, Karen Mary; Antonello, Jacopo; Lane, Richard; Booth, Martin
Opublikowane w: Numer 3, 2020
Wydawca: -
DOI: 10.5281/zenodo.4065553

Designing and aligning optical systems incorporating Liquid crystal spatial light modulators (SLMs)

Autorzy: Salter, P. S.; Booth, M. J.
Opublikowane w: Numer 3, 2020
Wydawca: -
DOI: 10.5281/zenodo.4518992

Pinhole alignment in a confocal microscope

Autorzy: Rahman, S. A.; Cui, J.; Booth, M. J.
Opublikowane w: Numer 1, 2020
Wydawca: -
DOI: 10.5281/zenodo.3894896

Peer reviewed articles (36)

Asymptotic behaviour of the Strehl ratio in the presence of Zernike polynomial aberrations

Autorzy: M Booth, Q Hu
Opublikowane w: Asian Journal of Physics, Numer 30, 2022, Strona(/y) 1377, ISSN 0971-3093
Wydawca: AJP

Extended range and aberration-free autofocusing via remote focusing and sequence-dependent learning.

Autorzy: Jiahe Cui; Raphaël Turcotte; Nigel J. Emptage; Martin J. Booth
Opublikowane w: Optics Express, Numer 2, 2021, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.442025

Full Poincaré polarimetry enabled through physical inference

Autorzy: Jianyu Lin; Jintao Chang; Jacopo Antonello; Ben Dai; Jingyu Wang; Jiahe Cui; Ji Qi; Min Wu; Daniel S. Elson; Peng Xi; Andrew Forbes; Martin J. Booth
Opublikowane w: Optica, Numer 1, 2022, ISSN 2334-2536
Wydawca: Optica
DOI: 10.1364/optica.452646

Adaptive optics for high-resolution imaging

Autorzy: Karen M. Hampson, Raphaël Turcotte, Donald T. Miller, Kazuhiro Kurokawa, Jared R. Males, Na Ji & Martin J. Booth
Opublikowane w: Nature Reviews Methods Primers, Numer 1, 2021, ISSN 2662-8449
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s43586-021-00066-7

Multi-scale sensorless adaptive optics: application to stimulated emission depletion microscopy

Autorzy: Jacopo Antonello, Aurélien Barbotin, Ee Zhuan Chong, Jens Rittscher, Martin J. Booth
Opublikowane w: Optics Express, Numer 28/11, 2020, Strona(/y) 16749, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.393363

Compressed imaging with focused light

Autorzy: Biswajit Pathak; Martin J Booth; Raphaël Turcotte
Opublikowane w: Journal of Optics, Numer 1, 2022, ISSN 2040-8978
Wydawca: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/2040-8986/ac6880

Three-dimensional adaptive optical nanoscopy for thick specimen imaging at sub-50-nm resolution

Autorzy: Xiang Hao, Edward S. Allgeyer, Dong-Ryoung Lee, Jacopo Antonello, Katherine Watters, Julianne A. Gerdes, Lena K. Schroeder, Francesca Bottanelli, Jiaxi Zhao, Phylicia Kidd, Mark D. Lessard, James E. Rothman, Lynn Cooley, Thomas Biederer, Martin J. Booth & Joerg Bewersdorf
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 18, 2021, Strona(/y) 688, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01149-9

Volumetric two-photon fluorescence imaging of live neurons using a multimode optical fiber

Autorzy: Raphaël Turcotte, Carla C. Schmidt, Martin J. Booth, Nigel J. Emptage
Opublikowane w: Optics Letters, Numer 45/24, 2020, Strona(/y) 6599, ISSN 0146-9592
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/ol.409464

Practical sensorless aberration estimation for 3D microscopy with deep learning

Autorzy: Debayan Saha, Uwe Schmidt, Qinrong Zhang, Aurelien Barbotin, Qi Hu, Na Ji, Martin J. Booth, Martin Weigert, Eugene W. Myers
Opublikowane w: Optics Express, Numer 28/20, 2020, Strona(/y) 29044, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.401933

The Lattice Geometry of Walsh-Function-Based Adaptive Optics

Autorzy: Hu, Q; Xiao, Y; Cui, J; Turcotte, R; Booth, MJ
Opublikowane w: Photonics; Volume 9; Numer 8; Pages: 547, Numer 2, 2022, ISSN 2304-6732
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/photonics9080547

3D super-resolution deep-tissue imaging in living mice

Autorzy: Martin J. Booth; Peng Yuan; Jaime Grutzendler; Mary Grace M. Velasco; Edward S. Allgeyer; Ons M’Saad; Valentina Greco; Dennis May; Joerg Bewersdorf; Phylicia Kidd; Andrew E.S. Barentine; Jacopo Antonello; Mengyang Zhang
Opublikowane w: Optica, Numer 14, 2021, ISSN 2334-2536
Wydawca: OSA
DOI: 10.1101/790212

On-chip beam rotators, adiabatic mode converters, and waveplates through low-loss waveguides with variable cross-sections

Autorzy: Bangshan Sun, Fyodor Morozko, Patrick S. Salter, Simon Moser, Zhikai Pong, Raj B. Patel, Ian A. Walmsley, Mohan Wang, Adir Hazan, Nicolas Barré, Alexander Jesacher, Julian Fells, Chao He, Aviad Katiyi, Zhen-Nan Tian, Alina Karabchevsky & Martin J. Booth
Opublikowane w: Light:Science and Applications, Numer 11, 2022, Strona(/y) 214, ISSN 2095-5545
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41377-022-00907-4

Anisoplanatic adaptive optics in parallelized laser scanning microscopy

Autorzy: Paolo Pozzi, Carlas Smith, Elizabeth Carroll, Dean Wilding, Oleg Soloviev, Martin Booth, Gleb Vdovin, Michel Verhaegen
Opublikowane w: Optics Express, Numer 28/10, 2020, Strona(/y) 14222, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.389974

Aberrations in 4Pi Microscopy

Autorzy: Xiang Hao, Jacopo Antonello, Edward S. Allgeyer, Joerg Bewersdorf, Martin J. Booth
Opublikowane w: Optics Express, Numer 25/13, 2017, Strona(/y) 14049, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.25.014049

z-STED imaging and spectroscopy to investigate nanoscale membrane structure and dynamics

Autorzy: Silvia Galiani; Martin J. Booth; Iztok Urbančič; Aurélien Barbotin; Christian Eggeling; Erdinc Sezgin
Opublikowane w: Biophysical Journal, Numer 15, 2020, ISSN 0006-3495
Wydawca: Biophysical Society
DOI: 10.1101/2019.12.28.889923

Adaptive optics allows STED-FCS measurements in the cytoplasm of living cells

Autorzy: Aurélien Barbotin, Silvia Galiani, Iztok Urbančič, Christian Eggeling, Martin J. Booth
Opublikowane w: Optics Express, Numer 27/16, 2019, Strona(/y) 23378, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.27.023378

Arbitrary complex retarders using a sequence of spatial light modulators as the basis for adaptive polarisation compensation

Autorzy: Qi Hu; Chao He; Martin J. Booth
Opublikowane w: 1, Numer 1, 2021, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1088/2040-8986/abed33

Background Reduction in STED-FCS Using a Bivortex Phase Mask

Autorzy: Aurélien Barbotin, Iztok Urbančič, Silvia Galiani, Christian Eggeling, Martin Booth
Opublikowane w: ACS Photonics, Numer 7/7, 2020, Strona(/y) 1742-1753, ISSN 2330-4022
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsphotonics.0c00388

Wavefront control in adaptive microscopy using Shack-Hartmann sensors with arbitrarily shaped pupils

Autorzy: Bing Dong, Martin J. Booth
Opublikowane w: Optics Express, Numer 26/2, 2018, Strona(/y) 1655, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.26.001655

Polarisation optics for biomedical and clinical applications: a review.

Autorzy: Chao He; Honghui He; Jintao Chang; Binguo Chen; Hui Ma; Martin J. Booth
Opublikowane w: Light: Science & Applications, Vol 10, Iss 1, Pp 1-20 (2021), Numer 1, 2021, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1038/s41377-021-00639-x

Four-dimensional light shaping: manipulating ultrafast spatiotemporal foci in space and time

Autorzy: Bangshan Sun, Patrick S Salter, Clemens Roider, Alexander Jesacher, Johannes Strauss, Johannes Heberle, Michael Schmidt, Martin J Booth
Opublikowane w: Light: Science & Applications, Numer 7/1, 2017, Strona(/y) 17117, ISSN 2047-7538
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/lsa.2017.117

Rapid adaptive remote focusing microscope for sensing of volumetric neural activity

Autorzy: Mantas Žurauskas, Oliver Barnstedt, Maria Frade-Rodriguez, Scott Waddell, Martin J. Booth
Opublikowane w: Biomedical Optics Express, Numer 8/10, 2017, Strona(/y) 4369, ISSN 2156-7085
Wydawca: The Optical Society
DOI: 10.1364/BOE.8.004369

Calibration of a phase-only spatial light modulator for both phase and retardance modulation

Autorzy: Yuanyuan Dai, Jacopo Antonello, Martin J. Booth
Opublikowane w: Optics Express, Numer 27/13, 2019, Strona(/y) 17912, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.27.017912

IsoSense: frequency enhanced sensorless adaptive optics through structured illumination

Autorzy: Mantas Žurauskas, Ian M. Dobbie, Richard M. Parton, Mick A. Phillips, Antonia Göhler, Ilan Davis, Martin J. Booth
Opublikowane w: Optica, Numer 6/3, 2019, Strona(/y) 370, ISSN 2334-2536
Wydawca: OSA
DOI: 10.1364/optica.6.000370

Focusing light in biological tissue through a multimode optical fiber: refractive index matching

Autorzy: Raphaël Turcotte, Carla C. Schmidt, Nigel J. Emptage, Martin J. Booth
Opublikowane w: Optics Letters, Numer 44/10, 2019, Strona(/y) 2386, ISSN 0146-9592
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/ol.44.002386

Active compensation of extrinsic polarization errors using adaptive optics

Autorzy: Yuanyuan Dai, Chao He, Jingyu Wang, Raphaël Turcotte, Lewis Fish, Matthew Wincott, Qi Hu, Martin J. Booth
Opublikowane w: Optics Express, Numer 27/24, 2019, Strona(/y) 35797, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.27.035797

Implementation of a 4Pi-SMS super-resolution microscope

Autorzy: Jingyu Wang, Edward S. Allgeyer, George Sirinakis, Yongdeng Zhang, Kevin Hu, Mark D. Lessard, Yiming Li, Robin Diekmann, Michael A. Phillips, Ian M. Dobbie, Jonas Ries, Martin J. Booth, Joerg Bewersdorf
Opublikowane w: Nature Protocols, Numer 16/2, 2021, Strona(/y) 677-727, ISSN 1754-2189
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-020-00428-7

Microscope-AOtools: a generalised adaptive optics implementation

Autorzy: Nicholas Hall, Josh Titlow, Martin J. Booth, Ian M. Dobbie
Opublikowane w: Optics Express, Numer 28/20, 2020, Strona(/y) 28987, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.401117

Wavefront‐sensorless adaptive optics with a laser‐free spinning disk confocal microscope

Autorzy: Syed Asad Hussain, Toshiki Kubo, Nicholas Hall, Dalia Gala, Karen Hampson, Richard Parton, Mick A. Phillips, Matthew Wincott, Katsumasa Fujita, Ilan Davis, Ian Dobbie, Martin J. Booth
Opublikowane w: Journal of Microscopy, 2020, ISSN 0022-2720
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jmi.12976

A universal framework for microscope sensorless adaptive optics: Generalized aberration representations

Autorzy: Q. Hu, J. Wang, J. Antonello, M. Hailstone, M. Wincott, R. Turcotte, D. Gala, M. J. Booth
Opublikowane w: APL Photonics, Numer 5/10, 2020, Strona(/y) 100801, ISSN 2378-0967
Wydawca: SCI
DOI: 10.1063/5.0022523

Compact and contactless reflectance confocal microscope for neurosurgery

Autorzy: Karen M. Hampson; Nigel J. Emptage; Matthew Wincott; Jiahe Cui; Patra Charalampaki; Raphaël Turcotte; Carla Schmidt; Martin J. Booth
Opublikowane w: Biomed Opt Express, Numer 16, 2020, ISSN 2156-7085
Wydawca: The Optical Society
DOI: 10.1101/2020.05.13.093435

Generalised adaptive optics method for high-NA aberration-free refocusing in refractive-index-mismatched media

Autorzy: Jiahe Cui; Jacopo Antonello; Andrew R. Kirkpatrick; Patrick S. Salter; Martin J. Booth
Opublikowane w: Optics Express, Numer 2, 2022, ISSN 1094-4087
Wydawca: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.454912

Deconvolution for multimode fiber imaging: modeling of spatially variant PSF

Autorzy: Raphaël Turcotte, Eusebiu Sutu, Carla C. Schmidt, Nigel J. Emptage, Martin J. Booth
Opublikowane w: Biomedical Optics Express, Numer 11/8, 2020, Strona(/y) 4759, ISSN 2156-7085
Wydawca: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.399983

Complex vectorial optics through gradient index lens cascades

Autorzy: Chao He, Jintao Chang, Qi Hu, Jingyu Wang, Jacopo Antonello, Honghui He, Shaoxiong Liu, Jianyu Lin, Ben Dai, Daniel S. Elson, Peng Xi, Hui Ma, Martin J. Booth
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-12286-3

Repeated imaging through a multimode optical fiber using adaptive optics

Autorzy: Carla C. Schmidt; Raphaël Turcotte; Martin J. Booth; Nigel J. Emptage
Opublikowane w: Biomedical optics express, Numer 1, 2021, ISSN 2156-7085
Wydawca: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.448277

Arbitrary vectorial state conversion using liquid crystal spatial light modulators

Autorzy: Qi Hu, Yuanyuan Dai, Chao He, Martin J. Booth
Opublikowane w: Optics Communications, Numer 459, 2020, Strona(/y) 125028, ISSN 0030-4018
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.optcom.2019.125028