circular RNA Biology Training Network: from biogenesis to biomarkers

Projektinformationen

circRTrain

ID Finanzhilfevereinbarung: 721890

DOI 10.3030/721890

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 31 August 2016

Startdatum 1 Januar 2017

Enddatum 30 September 2021

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten € 3 865 078,52

EU-Beitrag € 3 865 078,52

Koordiniert durch

MAX DELBRUECK CENTRUM FUER MOLEKULARE MEDIZIN IN DER HELMHOLTZ-GEMEINSCHAFT (MDC)
Germany

Leistungen

Other (3)

Organization, execution and evaluation of training events completed

Organization execution and evaluation of training events completed

ESR'S thesis submitted

ESRS thesis submitted

Recruitment of 15 ESRs

Documents, reports (2)

Full set of event reports and publication list
Dissemination Toolkit

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Project Website

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (19)

Widespread occurrence of circular RNA in eukaryotes

Autoren: Irene Bozzoni
Veröffentlicht in: Nature Reviews Genetics, Ausgabe 22/9, 2021, Seite(n) 550-551, ISSN 1471-0056
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-021-00375-3

The RNA-binding protein SFPQ preserves long-intron splicing and regulates circRNA biogenesis in mammals

Autoren: Lotte Victoria Winther Stagsted, Eoghan Thomas O'Leary, Karoline Kragh Ebbesen, Thomas Birkballe Hansen
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 10, 2021, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.63088

Linking the association between circRNAs and Alzheimer’s disease progression by multi-tissue circular RNA characterization

Autoren: IJu Lo, Jamie Hill, Bjarni J. Vilhjálmsson, Jørgen Kjems
Veröffentlicht in: RNA Biology, Ausgabe 17/12, 2020, Seite(n) 1789-1797, ISSN 1547-6286
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15476286.2020.1783487

High-throughput RNA sequencing from paired lesional- and non-lesional skin reveals major alterations in the psoriasis circRNAome

Autoren: Liviu-Ionut Moldovan, Thomas Birkballe Hansen, Morten Trillingsgaard Venø, Trine Line Hauge Okholm, Thomas Levin Andersen, Henrik Hager, Lars Iversen, Jørgen Kjems, Claus Johansen, Lasse Sommer Kristensen
Veröffentlicht in: BMC Medical Genomics, Ausgabe 12/1, 2019, Seite(n) 1-17, ISSN 1755-8794
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12920-019-0616-2

Past, present, and future of circ RNA s

Autoren: Ines Lucia Patop, Stas Wüst, Sebastian Kadener
Veröffentlicht in: The EMBO Journal, Ausgabe 38/16, 2019, Seite(n) 1-13, ISSN 0261-4189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2018100836

Long non‐coding RNAs in motor neuron development and disease

Autoren: Vamshidhar R. Vangoor, Andreia Gomes‐Duarte, R. Jeroen Pasterkamp
Veröffentlicht in: Journal of Neurochemistry, Ausgabe 156/6, 2021, Seite(n) 777-801, ISSN 0022-3042
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jnc.15198

Circular RNAs in cell differentiation and development

Autoren: Gaia Di Timoteo, Francesca Rossi, Irene Bozzoni
Veröffentlicht in: Development, Ausgabe 147/16, 2020, ISSN 0950-1991
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.182725

An in vivo strategy for knockdown of circular RNAs

Autoren: Nagarjuna Reddy Pamudurti, Ines Lucia Patop, Aishwarya Krishnamoorthy, Reut Ashwal-Fluss, Osnat Bartok, Sebastian Kadener
Veröffentlicht in: Cell Discovery, Ausgabe 6/1, 2020, Seite(n) 11;6:52, ISSN 2056-5968
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41421-020-0182-y

A comprehensive analysis of coding and non-coding transcriptomic changes in cutaneous squamous cell carcinoma

Autoren: Kunal Das Mahapatra, Lorenzo Pasquali, Jonas Nørskov Søndergaard, Jan Lapins, István Balazs Nemeth, Eszter Baltás, Lajos Kemény, Bernhard Homey, Liviu-Ionut Moldovan, Jørgen Kjems, Claudia Kutter, Enikö Sonkoly, Lasse Sommer Kristensen, Andor Pivarcsi
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 10/1, 2020, Seite(n) 1-12, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-59660-6

Design and application of circular RNAs with protein-sponge function

Autoren: Silke Schreiner, Anna Didio, Lee-Hsueh Hung, Albrecht Bindereif
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/21, 2020, Seite(n) 12326-12335, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa1085

Characterization of circular RNA transcriptomes in psoriasis and atopic dermatitis reveals disease‐specific expression profiles

Autoren: Liviu I. Moldovan, Lam C. Tsoi, Uppala Ranjitha, Henrik Hager, Stephen Weidinger, Johann E. Gudjonsson, Jørgen Kjems, Lasse S. Kristensen
Veröffentlicht in: Experimental Dermatology, Ausgabe 30/8, 2021, Seite(n) 1187-1196, ISSN 0906-6705
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/exd.14227

Methods to study circRNA-protein interactions

Autoren: Corinna J. Ulshöfer, Christina Pfafenrot, Albrecht Bindereif, Tim Schneider
Veröffentlicht in: Methods, Ausgabe Volume 195, 2021, ISSN 1046-2023
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymeth.2021.04.014

Remotely Produced and Axon-Derived Netrin-1 Instructs GABAergic Neuron Migration and Dopaminergic Substantia Nigra Development

Autoren: Sara Brignani, Divya D.A. Raj, Ewoud R.E. Schmidt, Özge Düdükcü, Youri Adolfs, Anna A. De Ruiter, Mateja Rybiczka-Tesulov, Marieke G. Verhagen, Christiaan van der Meer, Mark H. Broekhoven, Juan A. Moreno-Bravo, Laurens M. Grossouw, Emilie Dumontier, Jean-François Cloutier, Alain Chédotal, R. Jeroen Pasterkamp
Veröffentlicht in: Neuron, Ausgabe 107/4, 2020, Seite(n) 684-702.e9, ISSN 0896-6273
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.05.037

circRNAs in Cancer

Autoren: Ines Lucia Patop, Sebastian Kadener
Veröffentlicht in: Current Opinion in Genetics & Development, Ausgabe 48, 2018, Seite(n) 121-127, ISSN 0959-437X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2017.11.007

Single-Cell Transcriptomics Characterizes Cell Types in the Subventricular Zone and Uncovers Molecular Defects Impairing Adult Neurogenesis

Autoren: Vera Zywitza, Aristotelis Misios, Lena Bunatyan, Thomas E. Willnow, Nikolaus Rajewsky
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 25/9, 2018, Seite(n) 2457-2469.e8, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.11.003

CircVAMP3: A circRNA with a Role in Alveolar Rhabdomyosarcoma Cell Cycle Progression

Autoren: Francesca Rossi, Alvaro Centrón-Broco, Dario Dattilo, Gaia Di Timoteo, Marco Guarnacci, Alessio Colantoni, Manuel Beltran Nebot, Irene Bozzoni
Veröffentlicht in: Genes, Ausgabe 12/7, 2021, Seite(n) 985, ISSN 2073-4425
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes12070985

Modulation of circRNA Metabolism by m6A Modification

Autoren: Gaia Di Timoteo, Dario Dattilo, Alvaro Centrón-Broco, Alessio Colantoni, Marco Guarnacci, Francesca Rossi, Danny Incarnato, Salvatore Oliviero, Alessandro Fatica, Mariangela Morlando, Irene Bozzoni
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 31/6, 2020, Seite(n) 107641, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.107641

Circ-Hdgfrp3 shuttles along neurites and is trapped in aggregates formed by ALS-associated mutant FUS

Autoren: Eleonora D’Ambra, Tiziana Santini, Erika Vitiello, Sara D’Uva, Valentina Silenzi, Mariangela Morlando, Irene Bozzoni
Veröffentlicht in: iScience, 2021, Seite(n) 103504, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2021.103504

Enrichment of Circular RNA Expression Deregulation at the Transition to Recurrent Spontaneous Seizures in Experimental Temporal Lobe Epilepsy

Autoren: Andreia Gomes-Duarte, Sebastian Bauer, Morten T. Venø, Braxton A. Norwood, David C. Henshall, Jørgen Kjems, Felix Rosenow, Vamshidhar R. Vangoor, R. Jeroen Pasterkamp
Veröffentlicht in: Frontiers in Genetics, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 1-20, ISSN 1664-8021
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2021.627907