Decoding and controlling cell-state switching: A bottom-up approach based on enhancer logic

Informacje na temat projektu

cis-CONTROL

Identyfikator umowy o grant: 724226

DOI

10.3030/724226

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 19 Maja 2017

Data rozpoczęcia 1 Czerwca 2017

Data zakończenia 31 Maja 2023

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 999 660,00

Wkład UE

€ 1 999 660,00

Koordynowany przez

VIB VZW
Belgium

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (13)

SCENIC+: single-cell multiomic inference of enhancers and gene regulatory networks

Autorzy: Carmen Bravo González-Blas, Seppe De Winter, Gert Hulselmans, Nikolai Hecker, Irina Matetovici, Valerie Christiaens, Suresh Poovathingal, Jasper Wouters, Sara Aibar, Stein Aerts
Opublikowane w: Nature Methods, 2023, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01938-4

Hydrop enables droplet-based single-cell ATAC-seq and single-cell RNA-seq using dissolvable hydrogel beads

Autorzy: Florian V De Rop; Joy N Ismail; Carmen Bravo González-Blas; Gert J Hulselmans; Christopher Campbell Flerin; Jasper Janssens; Koen Theunis; Valerie M Christiaens; Jasper Wouters; Gabriele Marcassa; Joris de Wit; Suresh Poovathingal; Stein Aerts
Opublikowane w: eLife, Numer 10, 2022, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.73971

Interpretation of allele-specific chromatin accessibility using cell state–aware deep learning

Autorzy: Zeynep Kalender Atak, Ibrahim Ihsan Taskiran, Jonas Demeulemeester, Christopher Flerin, David Mauduit, Liesbeth Minnoye, Gert Hulselmans, Valerie Christiaens, Ghanem-Elias Ghanem, Jasper Wouters, Stein Aerts
Opublikowane w: Genome Research, 2021, ISSN 1088-9051
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.260851.120

Shared enhancer gene regulatory networks between wound and oncogenic programs

Autorzy: Swann Floc'hlay, Ramya Balaji, Dimitrije Stanković, Valerie M Christiaens, Carmen Bravo González-Blas, Seppe De Winter, Gert J Hulselmans, Maxime De Waegeneer, Xiaojiang Quan, Duygu Koldere, Mardelle Atkins, Georg Halder, Mirka Uhlirova, Anne-Kathrin Classen, Stein Aerts
Opublikowane w: eLife, 2023, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.81173

Robust gene expression programs underlie recurrent cell states and phenotype switching in melanoma

Autorzy: Jasper Wouters, Zeynep Kalender-Atak, Liesbeth Minnoye, Katina I. Spanier, Maxime De Waegeneer, Carmen Bravo González-Blas, David Mauduit, Kristofer Davie, Gert Hulselmans, Ahmad Najem, Michael Dewaele, Dennis Pedri, Florian Rambow, Samira Makhzami, Valerie Christiaens, Frederik Ceyssens, Ghanem Ghanem, Jean-Christophe Marine, Suresh Poovathingal, Stein Aerts
Opublikowane w: Nature Cell Biology, 2020, ISSN 1465-7392
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-020-0547-3

The transcription factor Grainy head primes epithelial enhancers for spatiotemporal activation by displacing nucleosomes

Autorzy: Jelle Jacobs, Mardelle Atkins, Kristofer Davie, Hana Imrichova, Lucia Romanelli, Valerie Christiaens, Gert Hulselmans, Delphine Potier, Jasper Wouters, Ibrahim I. Taskiran, Giulia Paciello, Carmen B. González-Blas, Duygu Koldere, Sara Aibar, Georg Halder, Stein Aerts
Opublikowane w: Nature Genetics, Numer 50/7, 2018, Strona(/y) 1011-1020, ISSN 1061-4036
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0140-x

A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Aging Drosophila Brain

Autorzy: Kristofer Davie, Jasper Janssens, Duygu Koldere, Maxime De Waegeneer, Uli Pech, Łukasz Kreft, Sara Aibar, Samira Makhzami, Valerie Christiaens, Carmen Bravo González-Blas, Suresh Poovathingal, Gert Hulselmans, Katina I. Spanier, Thomas Moerman, Bram Vanspauwen, Sarah Geurs, Thierry Voet, Jeroen Lammertyn, Bernard Thienpont, Sha Liu, Nikos Konstantinides, Mark Fiers, Patrik Verstreken, Stein Aert
Opublikowane w: Cell, Numer 174/4, 2018, Strona(/y) 982-998.e20, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.05.057

cisTopic: cis-regulatory topic modeling on single-cell ATAC-seq data

Autorzy: Carmen Bravo González-Blas, Liesbeth Minnoye, Dafni Papasokrati, Sara Aibar, Gert Hulselmans, Valerie Christiaens, Kristofer Davie, Jasper Wouters, Stein Aerts
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 16/5, 2019, Strona(/y) 397-400, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-019-0367-1

A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regulatory network analysis

Autorzy: Bram Van de Sande, Christopher Flerin, Kristofer Davie, Maxime De Waegeneer, Gert Hulselmans, Sara Aibar, Ruth Seurinck, Wouter Saelens, Robrecht Cannoodt, Quentin Rouchon, Toni Verbeiren, Dries De Maeyer, Joke Reumers, Yvan Saeys, Stein Aerts
Opublikowane w: Nature Protocols, Numer 15/7, 2020, Strona(/y) 2247-2276, ISSN 1754-2189
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-020-0336-2

Identification of genomic enhancers through spatial integration of single‐cell transcriptomics and epigenomics

Autorzy: Carmen Bravo González‐Blas, Xiao‐Jiang Quan, Ramon Duran‐Romaña, Ibrahim Ihsan Taskiran, Duygu Koldere, Kristofer Davie, Valerie Christiaens, Samira Makhzami, Gert Hulselmans, Maxime Waegeneer, David Mauduit, Suresh Poovathingal, Sara Aibar, Stein Aerts
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 16/5, 2020, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20209438

Analysis of long and short enhancers in melanoma cell states

Autorzy: David Mauduit, Ibrahim Ihsan Taskiran, Liesbeth Minnoye, Maxime de Waegeneer, Valerie Christiaens, Gert Hulselmans, Jonas Demeulemeester, Jasper Wouters, Stein Aerts
Opublikowane w: eLife, 2021, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.71735

Cross-species analysis of enhancer logic using deep learning

Autorzy: Liesbeth Minnoye, Ibrahim Ihsan Taskiran, David Mauduit, Maurizio Fazio, Linde Van Aerschot, Gert Hulselmans, Valerie Christiaens, Samira Makhzami, Monika Seltenhammer, Panagiotis Karras, Aline Primot, Edouard Cadieu, Ellen van Rooijen, Jean-Christophe Marine, Giorgia Egidy, Ghanem Elias Ghanem, Leonard Zon, Jasper Wouters, Stein Aerts
Opublikowane w: Genome Research, 2020, ISSN 1088-9051
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.260844.120

Decoding gene regulation in the fly brain

Autorzy: Jasper Janssens, Sara Aibar, Ibrahim Ihsan Taskiran, Joy N. Ismail, Alicia Estacio Gomez, Gabriel Aughey, Katina I. Spanier, Florian V. De Rop, Carmen Bravo González-Blas, Marc Dionne, Krista Grimes, Xiao Jiang Quan, Dafni Papasokrati, Gert Hulselmans, Samira Makhzami, Maxime De Waegeneer, Valerie Christiaens, Tony Southall & Stein Aerts
Opublikowane w: Nature, 2022, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-04262-z

Other (1)

Enhancer grammar of liver cell types and hepatocyte zonation states

Autorzy: Carmen Bravo González-Blas, Irina Matetovici, Hanne Hillen, Ibrahim Ihsan Taskiran, Roel Vandepoel, Valerie Christiaens, Leticia Sansores-García, Elisabeth Verboven, Gert Hulselmans, Suresh Poovathingal, Jonas Demeulemeester, Nikoleta Psatha, David Mauduit, Georg Halder, Stein Aerts
Opublikowane w: BioRxiv, 2022, ISSN 2692-8205
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.12.08.519575