Establishment of a Center of Plant Systems Biology and Biotechnology for the translation of fundamental research into sustainable bio-based technologies in Bulgaria

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Veröffentlichungen

Reactive Oxygen Species and Abiotic Stress in Plants

Autoren: Tsanko Gechev, Veselin Petrov
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 21/20, 2020, Seite(n) 7433, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms21207433

Adenine Nucleotide and Nicotinamide Adenine Dinucleotide Measurements in Plants

Autoren: Youjun Zhang, Ina Krahnert, Antje Bolze, Yves Gibon, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Current Protocols in Plant Biology, Ausgabe 5/3, 2020, ISSN 2379-8068
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/cppb.20115

Bringing more players into play: Leveraging stress in genome wide association studies

Autoren: Zhu F., Ahchige M.W., Brotman Y., Alseekh S., Zsogon A., Fernie A.R.
Veröffentlicht in: Journal of Plant Physiology, 2022, ISSN 0176-1617
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jplph.2022.153657

Multi-omics approaches explain the growth-promoting effect of the apocarotenoid growth regulator zaxinone in rice

Autoren: Wang, J.Y., Alseekh, S., Xiao, T. et al.
Veröffentlicht in: Communications Biology, 2021, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Communications Biology
DOI: 10.1038/s42003-021-02740-8

The phosphorylated pathway of serine biosynthesis links plant growth with nitrogen metabolism

Autoren: Sandra E Zimmermann, Ruben M Benstein, María Flores-Tornero, Samira Blau, Armand D Anoman, Sara Rosa-Téllez, Silke C Gerlich, Mohamed A Salem, Saleh Alseekh, Stanislav Kopriva
Veröffentlicht in: Plant Physiology, 2021, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plphys/kiab167

Green Biologics: Harnessing the Power of Plants to Produce Pharmaceuticals

Autoren: Gergana Zahmanova, Alaa A. A. Aljabali, Katerina Takova, George Minkov, Murtaza M. Tambuwala, Ivan Minkov, George P. Lomonossoff
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 24, 2025, Seite(n) 17575, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms242417575

Metabolons, enzyme–enzyme assemblies that mediate substrate channeling, and their roles in plant metabolism

Autoren: Youjun Zhang, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Plant Communications, Ausgabe 2/1, 2021, Seite(n) 100081, ISSN 2590-3462
Herausgeber: Elsevier B.V.
DOI: 10.1016/j.xplc.2020.100081

Ancestral sequence reconstruction - An underused approach to understand the evolution of gene function in plants?

Autoren: Federico Scossa, Alisdair R.Fernie
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, 2021, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2021.03.008

Anthocyanins, multi-functional natural products of industrial relevance: Recent biotechnological advances

Autoren: Tarun Belwal, Gopal Singh, Philippe Jeandet, Aseesh Pandey, Lalit Giri, Sudipta Ramola, Indra D. Bhatt, Petras Rimantas Venskutonis, Milen I. Georgiev, Christophe Clément, Zisheng Luo
Veröffentlicht in: Biotechnology Advances, Ausgabe 43, 2020, Seite(n) 107600, ISSN 0734-9750
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.biotechadv.2020.107600

Synthetic biology identifies the minimal gene set required for paclitaxel biosynthesis in a plant chassis

Autoren: Youjun Zhang, Lorenz Wiese, Hao Fang, Saleh Alseekh, Leonardo Perez de Souza, Federico Scossa, John J. Molloy, Mathias Christmann, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Molecular Plant, Ausgabe 16, 2023, Seite(n) 1951-1961, ISSN 1674-2052
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2023.10.016

Simultaneous adjustments of major mitochondrial pathways through redox regulation of dihydrolipoamide dehydrogenase (mtLPD1)

Autoren: Timm, S., Klaas, N., Niemann, J., Jahnke, K., Alseekh, S., Zhang, Y., Souza, P. V., Hou, L.-Y., Geigenberger, P., Daloso, D. M
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2022, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2022.04.02.486831

Antiobesity molecules of natural origin: Call for lead finding acceleration

Autoren: Georgiev M.I., Vasileva L.V., Savova M.S.
Veröffentlicht in: Food Frontiers, 2021, ISSN 2643-8429
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/fft2.59

Screening of pepper (Capsicum spp.) accessions for infestation by pests in open field conditions.

Autoren: 47. Yankova V., Todorova V., Markova D.
Veröffentlicht in: Bulgarian Journal of Agricultural Science. 26 (4), 2020, Seite(n) 841-846, ISSN 1310-0351
Herausgeber: Agricultural Academy
DOI: 10.5281/zenodo.4706815

Azacytidine arrests ripening in cultivated strawberry (Fragaria × ananassa) by repressing key genes and altering hormone contents

Autoren: Félix Juan Martínez-Rivas, Rosario Blanco-Portales, Francisco Javier Molina-Hidalgo, José Luis Caballero, Leonardo Perez de Souza, Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie, Juan Muñoz-Blanco, Antonio Rodríguez-Franco
Veröffentlicht in: BMC Plant Biology, Ausgabe 22, 2023, ISSN 1471-2229
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12870-022-03670-1

An Abundance and Interaction Encyclopedia of Plant Protein Function

Autoren: Youjun Zhang, Aleksandra Skirycz, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Trends in Plant Science, Ausgabe 25/7, 2020, Seite(n) 627-630, ISSN 1360-1385
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tplants.2020.04.006

Genome-wide association studies of Arabidopsis dark-induced senescence reveals signatures of autophagy in metabolic reprogramming

Autoren: Zhu F., Alseekh S., Wen W., Cheng Y., Fernie A.R.
Veröffentlicht in: Autophagy, 2022, ISSN 1554-8627
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15548627.2021.2003041

NAC transcription factors ATAF1 and ANAC055 affect the heat stress response in Arabidopsis

Autoren: Nouf Owdah Alshareef, Sophie L. Otterbach, Annapurna Devi Allu, Yong H. Woo, Tobias de Werk, Iman Kamranfar, Bernd Mueller-Roeber, Mark Tester, Salma Balazadeh, Sandra M. Schmöckel
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 12, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-14429-x

Priming with a Seaweed Extract Strongly Improves Drought Tolerance in Arabidopsis

Autoren: Fiaz Rasul, Saurabh Gupta, Justyna Jadwiga Olas, Tsanko Gechev, Neerakkal Sujeeth and Bernd Mueller-Roeber
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2021, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms22031469

A deep learning-based model for plant lesion segmentation, subtype identification, and survival probability estimation

Autoren: Muhammad Shoaib, Babar Shah, Tariq Hussain, Akhtar Ali, Asad Ullah, Fayadh Alenezi, Tsanko Gechev, Farman Ali, Ikram Syed
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, Ausgabe 13, 2022, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2022.1095547

A comparative transcriptomics and eQTL approach identifies SlWD40 as a tomato fruit ripening regulator

Autoren: Zhu F., Jadhav S.S., Tohge T., Salem M.A., Li J.M., Giovannoni J.J., Cheng Y., Alseekh S., Fernie A.R.
Veröffentlicht in: Plant Physiology, 2022, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plphys/kiac200

On the Detection and Functional Significance of the Protein–Protein Interactions of Mitochondrial Transport Proteins

Autoren: Youjun Zhang, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Biomolecules, Ausgabe 10/8, 2020, Seite(n) 1107, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom10081107

Natural products in drug discovery: advances and opportunities

Autoren: Atanasov A.G., Zotchev S.B., Dirsch V.M., Orhan I.E., Banach M., Rollinger J.M., Barreca D., Weckwerth W., Bauer R., Bayer E.A., Majeed M., Bishayee A., Bochkov V., Bonn G.K., Braidy N., Bucar F., Cifuentes A., D’Onofrio G., Bodkin M., Diederich M., Dinkova-Kostova A.T., Efferth T., El Bairi K., Arkells N., Fan T-P., Fiebich B.L., Freissmuth M., Georgiev M.I. et al.
Veröffentlicht in: Nature Reviews in Drug Discovery, 2021, ISSN 1474-1776
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41573-020-00114-z

The Transcriptional Corepressor HOS15 Mediates Dark-Induced Leaf Senescence in Arabidopsis

Autoren: Zareen S., Ali A., Lim C.J., Khan H.A., Park J., Xu Z.Y., Yun D.J.
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, 2022, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2022.828264

Analysis of the complete mitochondrial genome sequence of the resurrection plant Haberlea rhodopensis

Autoren: Baev V., Ivanova Z., Yahubyan G., Toneva V., Apostolova E., Minkov G., Minkov I.
Veröffentlicht in: Acta Biochimica Polonica, 2021, ISSN 0001-527X
Herausgeber: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
DOI: 10.18388/abp.2020_5555

Rapid Identification of Protein‐Protein Interactions in Plants

Autoren: Youjun Zhang, Roberto Natale, Adilson Pereira Domingues, Mitchell Rey Toleco, Beata Siemiatkowska, Norma Fàbregas, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Current Protocols in Plant Biology, Ausgabe 4/4, 2019, ISSN 2379-8068
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/cppb.20099

Plasticity in metabolism underpins local responses to nitrogen in Arabidopsis thaliana populations

Autoren: Prashant K. Pandey, Jing Yu, Nooshin Omranian, Saleh Alseekh, Neha Vaid, Alisdair R. Fernie, Zoran Nikoloski, Roosa A. E. Laitinen
Veröffentlicht in: Plant Direct, Ausgabe 3/11, 2019, ISSN 2475-4455
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/pld3.186

Obesity and NRF2-mediated cytoprotection: Where is the missing link?

Autoren: Liliya V. Vasileva, Martina S. Savova, Kristiana M. Amirova, Albena T. Dinkova-Kostova, Milen I. Georgiev
Veröffentlicht in: Pharmacological Research, Ausgabe 156, 2020, Seite(n) 104760, ISSN 1043-6618
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.phrs.2020.104760

Current Insights into the Molecular Mode of Action of Seaweed-Based Biostimulants and the Sustainability of Seaweeds as Raw Material Resources

Autoren: Neerakkal Sujeeth, Veselin Petrov, Kieran J. Guinan, Fiaz Rasul, John T. O’Sullivan, Tsanko S. Gechev
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 23, 2025, Seite(n) 7654, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23147654

Jasmonic acid-responsive RRTF1 transcription factor controls DTX18 gene expression in hydroxycinnamic acid amide secretion

Autoren: Jinbo Li, Yu Meng, Kaixuan Zhang, Qiong Li, Shijuan Li, Bingliang Xu, Milen I Georgiev, Meiliang Zhou
Veröffentlicht in: Plant Physiology, Ausgabe 185/2, 2020, Seite(n) 369-384, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plphys/kiaa043

Heat shock factor HSFA2 fine-tunes resetting of thermomemory via plastidic metalloprotease FtsH6

Autoren: Mastoureh Sedaghatmehr, Benno Stüwe, Bernd Mueller-Roeber, Salma Balazadeh
Veröffentlicht in: Journal of Experimental Botany, Ausgabe 73, 2022, Seite(n) 6394-6404, ISSN 0022-0957
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/erac257

Network-based strategies in metabolomics data analysis and interpretation: from molecular networking to biological interpretation

Autoren: Leonardo Perez De Souza, Saleh Alseekh, Yariv Brotman, Alisdair R Fernie
Veröffentlicht in: Expert Review of Proteomics, Ausgabe 17/4, 2020, Seite(n) 243-255, ISSN 1478-9450
Herausgeber: Future Drugs Ltd.
DOI: 10.1080/14789450.2020.1766975

The Re-Emergence of Hepatitis E Virus in Europe and Vaccine Development

Autoren: Gergana Zahmanova, Katerina Takova, Valeria Tonova, Tsvetoslav Koynarski, Laura L. Lukov, Ivan Minkov, Maria Pishmisheva, Stanislav Kotsev, Ilia Tsachev, Magdalena Baymakova, Anton P. Andonov
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 15, 2025, Seite(n) 1558, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v15071558

Genome-wide association studies: assessing trait characteristics in model and crop plants.

Autoren: Alseekh S., Kostova D., Mustafa B., Fernie A.R.
Veröffentlicht in: Cellular and Molecular Life Sciences, Ausgabe 1420682X, 2021, ISSN 1420-682X
Herausgeber: Birkhauser Verlag
DOI: 10.1007/s00018-021-03868-w

Autophagy modulates the metabolism and growth of tomato fruit during development

Autoren: Saleh Alseekh, Feng Zhu, José G Vallarino, Ewelina M Sokolowska, Takuya Yoshida, Susan Bergmann, Regina Wendenburg, Antje Bolze, Aleksandra Skirycz, Tamar Avin-Wittenberg, Alisdair R Fernie
Veröffentlicht in: Horticulture Research, Ausgabe 9, 2022, ISSN 2052-7276
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/hr/uhac129

The AtMYB60 transcription factor regulates stomatal opening by modulating oxylipin synthesis in guard cells.

Autoren: Simeoni F., Skirycz A., Simoni L., Castorina G., De Souza L.P., Fernie A.R., Alseekh S., Giavalisco P., Conti L., Tonelli C., Galbiati M.
Veröffentlicht in: Scientific Report, 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-04433-y

Multi‐year field trials provide a massive repository of trait data on a highly diverse population of tomato and uncover novel determinants of tomato productivity

Autoren: Itay Zemach, Saleh Alseekh, Roni Tadmor‐Levi, Josef Fisher, Shai Torgeman, Shay Trigerman, Julia Nauen, Shdema Filler Hayut, Varda Mann, Edan Rochsar, Richard Finkers, Regina Wendenburg, Sonia Osorio, Susan Bergmann, John E. Lunn, Yaniv Semel, Joseph Hirschberg, Alisdair R. Fernie, Dani Zamir
Veröffentlicht in: The Plant Journal, Ausgabe 116, 2023, Seite(n) 1136-1151, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.16268

Stable and Temporary Enzyme Complexes and Metabolons Involved in Energy and Redox Metabolism

Autoren: Youjun Zhang, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Antioxidants & Redox Signaling, 2020, ISSN 1523-0864
Herausgeber: Mary Ann Liebert Inc.
DOI: 10.1089/ars.2019.7981

Will Casuarina glauca Stress Resilience Be Maintained in the Face of Climate Change?

Autoren: Jorge T. F., Ramalho J. C., Alseekh S., Pais I. P., Leitão A. E., Rodrigues A. P., Scotti-Campos P., Ribeiro-Barros A. I., Fernie A. R., António C.
Veröffentlicht in: Metabolites, 2021, ISSN 2218-1989
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/metabo11090593

A Solanum lycopersicoides reference genome facilitates insights into tomato specialized metabolism and immunity

Autoren: Powell AF, Feder A, Li J, Schmidt MH, Courtney L, Alseekh S, Jobson EM, Vogel A, Xu Y, Lyon D, Dumschott K, McHale M, Sulpice R, Bao K, Lal R, Duhan A, Hallab A, Denton AK, Bolger ME, Fernie AR, Hind SR, Mueller LA, Martin GB, Fei Z, Martin C, Giovannoni JJ, Strickler SR, Usadel B
Veröffentlicht in: The Plant Journal, 2022, ISSN 1365-313X
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/tpj.15770

A. thaliana Hybrids Develop Growth Abnormalities through Integration of Stress, Hormone and Growth Signaling

Autoren: Sageman-Furnas K., Nurmi M., Contag M., Plötner B., Alseekh S., Wiszniewski A., Fernie A.R, Smith L.M., Laitinen RAE.
Veröffentlicht in: Plant Cell Physiology, 2022, ISSN 1471-9053
Herausgeber: Japanese Society of Plant Physiologists
DOI: 10.1093/pcp/pcac056

Systems biology of resurrection plants

Autoren: Gechev T., Lyall R., Petrov V., Bartels D.
Veröffentlicht in: Cellular and Molecular Life Sciences, 2021, ISSN 1420-9071
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/s00018-021-03913-8

Rice metabolic regulatory network spanning the entire life cycle

Autoren: Chenkun Yang, Shuangqian Shen, Alisdair R.Fernie, JieLuo
Veröffentlicht in: Molecular Plant, 2021, ISSN 1674-2052
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2021.10.005

An improved extraction method enables the comprehensive analysis of lipids, proteins, metabolites and phytohormones from a single sample of leaf tissue under water‐deficit stress

Autoren: Mohamed A. Salem, Takuya Yoshida, Leonardo Perez de Souza, Saleh Alseekh, Krzysztof Bajdzienko, Alisdair R. Fernie, Patrick Giavalisco
Veröffentlicht in: The Plant Journal, Ausgabe 103/4, 2020, Seite(n) 1614-1632, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.14800

Tyr-Asp inhibition of glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase affects plant redox metabolism

Autoren: Moreno JC, Rojas BE, Vicente R, Gorka M, Matz T, Chodasiewicz M, Peralta-Ariza JS, Zhang Y, Alseekh S, Childs D, Luzarowski M, Nikoloski Z, Zarivach R, Walther D, Hartman MD, Figueroa CM, Iglesias AA, Fernie AR, Skirycz A.
Veröffentlicht in: The EMBO Jurnal, 2021, ISSN 1460-2075
Herausgeber: EMBO Press
DOI: 10.15252/embj.2020106800

Metabolomics: towards acceleration of antibacterial plant-based leads discovery

Autoren: Sieniawska, E., Georgiev, M.I.
Veröffentlicht in: Phytochemistry Reviews, 2021, ISSN 1568-7767
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11101-021-09762-4

Comparison of buckwheat genomes reveals the genetic basis of metabolomic divergence and ecotype differentiation

Autoren: He M., He Y., Zhang K., Lu X., Zhang X., Gao B., Fan Y., Zhao H., Jha R., Huda M.N., Tang Y., Wang J., Yang W., Yan M., Cheng J., Ruan J., Dulloo E., Zhang Z., Georgiev M.I., Chapman M., Zhou M.
Veröffentlicht in: New Phytologist, 2022, ISSN 1469-8137
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/nph.18306

Integrating molecular markers into metabolic models improves genomic selection for Arabidopsis growth

Autoren: Hao Tong, Anika Küken, Zoran Nikoloski
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-16279-5

Network Analysis Provides Insight into Tomato Lipid Metabolism

Autoren: Anastasiya Kuhalskaya, Micha Wijesingha Ahchige, Leonardo Perez de Souza, José Vallarino, Yariv Brotman, Saleh Alseekh
Veröffentlicht in: Metabolites, Ausgabe 10/4, 2020, Seite(n) 152, ISSN 2218-1989
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/metabo10040152

Strawberry fruit FanCXE1 carboxylesterase is involved in the catabolism of volatile esters during the ripening process

Autoren: Martínez-Rivas FJ, Blanco-Portales R, Moyano E, Alseekh S, Caballero JL, Schwab W, Fernie AR, Muñoz-Blanco J, Molina-Hidalgo FJ
Veröffentlicht in: Horticulture Research, 2022, ISSN 2052-7276
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/hr/uhac095

Potential Valorization of Edible Nuts By-Products: Exploring the Immune-Modulatory and Antioxidants Effects of Selected Nut Shells Extracts in Relation to Their Metabolic Profiles

Autoren: Salem M.A., Aborehab N.M., Al-Karmalawy A.A., Fernie A.R., Alseekh S., Ezzat S.M.
Veröffentlicht in: Antioxidants, 2022, ISSN 2076-3921
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/antiox11030462

Plant cell cultures as heterologous bio-factories for secondary metabolite production

Autoren: Tong Wu, Sandra M.Kerbler, Alisdair R.Fernie, YoujunZhang
Veröffentlicht in: Plant Communications, 2021, ISSN 2590-3462
Herausgeber: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.xplc.2021.100235

Metabolomic selection–based machine learning improves fruit taste prediction

Autoren: Fernie A.R., Alseekh S.
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, ISSN 1091-6490
Herausgeber: National Academy of Science
DOI: 10.1073/pnas.2201078119

Development and Optimization of an Enzyme Immunoassay to Detect Serum Antibodies against the Hepatitis E Virus in Pigs, Using Plant-Derived ORF2 Recombinant Protein

Autoren: Katerina Takova, Tsvetoslav Koynarski, George Minkov, Valentina Toneva, Eugenia Mardanova, Nikolai Ravin, Georgi L. Lukov and Gergana Zahmanova
Veröffentlicht in: Plant Based Vaccines—A Powerhouse for Global Health 2.0, 2021, ISSN 2076-393X
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/vaccines9090991

Genotyping by Sequencing Reveals Genetic Relatedness of Southwestern U.S. Blue Maize Landraces

Autoren: Nankar A.N., Pratt R.C.
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2021, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms22073436

Creation of pepper doubled haploids and morphological characterization of androgenic plants

Autoren: Grozeva S., Todorova V., Nankar A.N.
Veröffentlicht in: Euphytica, 2021, ISSN 0014-2336
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10681-021-02840-w

A plant-based transient expression system for the rapid production of highly immunogenic Hepatitis E virus-like particles

Autoren: Eugenia S. Mardanova, Katerina H. Takova, Valentina T. Toneva, Gergana G. Zahmanova, Liudmila M. Tsybalova, Nikolai V. Ravin
Veröffentlicht in: Biotechnology Letters, Ausgabe 42/11, 2020, Seite(n) 2441-2446, ISSN 0141-5492
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10529-020-02995-x

Biotechnologically Produced Lavandula angustifolia Mill. Extract Rich in Rosmarinic Acid Resolves Psoriasis-Related Inflammation Through Janus Kinase/Signal Transducer and Activator of Transcription Signaling

Autoren: Koycheva I.K., Vasileva L.V., Amirova K.M., Marchev A.S., Balcheva-Sivenova Z.P., Georgiev M.I.
Veröffentlicht in: Frontiers in Pharmacology, 2021, ISSN 1663-9812
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2021.680168

The genomes of Taxus species unveil novel candidates in the biosynthesis of taxoids

Autoren: Youjun Zhang, Federico Scossa, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Molecular Plant, 2021, ISSN 1674-2052
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2021.08.017

Integrating multi-omics data for crop improvement

Autoren: Federico Scossa, Saleh Alseekha, Alisdair R.Fernie
Veröffentlicht in: Journal of Plant Physiology, 2021, ISSN 0176-1617
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jplph.2020.153352

Unravelling the molecular networks that regulate kiwifruit flavor

Autoren: Fernie A.R., Alseekh S.
Veröffentlicht in: New Phytologist, 2021, ISSN 1469-8137
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/nph.17740

Acceleration of the genetic gain for nutraceutical improvement of adlay (Coix L.) through genomic approaches: current status and future prospects

Autoren: Huda, M. N., Li, X., Jahan, T., He, Y., Guan, C., Zhang K., Gao A., Georgiev M.I., Zhou M.
Veröffentlicht in: Food Reviews International, 2022, ISSN 8755-9129
Herausgeber: Marcel Dekker Inc.
DOI: 10.1080/87559129.2022.2067175

Comparative Analysis of ROS Network Genes in Extremophile Eukaryotes

Autoren: Rafe Lyall, Zoran Nikoloski, Tsanko Gechev
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 21/23, 2020, Seite(n) 9131, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms21239131

Pod indehiscence in common bean is associated with the fine regulation of PvMYB26

Autoren: Di Vittori V., Bitocchi E., Rodriguez M., Alseekh S., Bellucci E., Nanni L., Gioia T., Marzario S., Logozzo G., Rossato M., De Quattro C., Murgia M.L., Ferreira J.J., Campa A., Xu C., Fiorani F., Sampathkumar A., Fröhlich A., Attene G., Delledonne M., Usadel B., Fernie A.R., Rau D., Papa R.
Veröffentlicht in: Journal of Experimental Botany, 2021, ISSN 0022-0957
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/eraa553

Regulation of alternative splicing in response to temperature variation in plants

Autoren: Sheeba John, Justyna Jadwiga Olas, Bernd Mueller Roeber
Veröffentlicht in: Journal of Experimental Botany, Ausgabe 72(18), 2021, Seite(n) 6150-6163, ISSN 1460-2431
Herausgeber: Society for Experimental Biology
DOI: 10.1093/jxb/erab232

A Comparative Study of the Antihypertensive and Cardioprotective Potentials of Hot and Cold Aqueous Extracts of Hibiscus sabdariffa L. in Relation to Their Metabolic Profiles

Autoren: Salem M.A, Ezzat S.M, Ahmed K.A, Alseekh S., Fernie A.R, Essam R.M.
Veröffentlicht in: Frontiers in Pharmacology, 2022, ISSN 1663-9812
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2022.840478

The integration of MS-based metabolomics and multivariate data analysis allows for improved quality assessment of Zingiber officinale Roscoe

Autoren: Mohamed A.Salem, Ahmed Zayed, Saleh Alseekh, Alisdair R.Fernie, Patrick Giavalisco
Veröffentlicht in: Phytochemistry, 2021, ISSN 0031-9422
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.phytochem.2021.112843

A Highly Efficient Agrobacterium-Mediated Method for Transient Gene Expression and Functional Studies in Multiple Plant Species

Autoren: Youjun Zhang, Moxian Chen, Beata Siemiatkowska, Mitchell Rey Toleco, Yue Jing, Vivien Strotmann, Jianghua Zhang, Yvonne Stahl, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Plant Communications, Ausgabe 1/5, 2020, Seite(n) 100028, ISSN 2590-3462
Herausgeber: Elsevier B.V.
DOI: 10.1016/j.xplc.2020.100028

Correction to: Evolution of cytosolic and organellar invertases empowered the colonization and thriving of land plants

Autoren: Hongjian Wan , Youjun Zhang , Limin Wu , Guozhi Zhou , Luzhao Pan , Alisdair R Fernie , Yong-Ling Ruan Author Notes
Veröffentlicht in: Plant Physiology, Ausgabe 195, 2024, Seite(n) 900-900, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plphys/kiae043

Ultra-high-performance liquid chromatography high-resolution mass spectrometry variants for metabolomics research

Autoren: Perez de Souza L., Alseekh S., Scossa F., Fernie A.R.
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2021, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01116-4

Tree architecture: A strigolactone-deficient mutant reveals a connection between branching order and auxin gradient along the tree stem

Autoren: Chang Su, Andrzej Kokosza, Xiaonan Xie, Aleš Pěnčík, Youjun Zhang, Pasi Raumonen, Xueping Shi, Sampo Muranen, Melis Kucukoglu Topcu, Juha Immanen, Risto Hagqvist, Omid Safronov, Juan Alonso-Serra, Gugan Eswaran, Mirko Pavicic Venegas, Karin Ljung, Sally Ward, Ari Pekka Mähönen, Kristiina Himanen, Jarkko Salojärvi, Alisdair R. Fernie, Ondřej Novák, Ottoline Leyser, Wojtek Pałubicki, Ykä
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 120, 2023, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2308587120

Metabolomics and health: from nutritional crops and plant-based pharmaceuticals to profiling of human biofluids

Autoren: Marchev A.S., Vasileva L.V., Amirova K.M., Savova M.S., Balcheva-Sivenova Z.P., Georgiev M.I.
Veröffentlicht in: Cellular and Molecular Life Sciences, 2021, ISSN 1420-682X
Herausgeber: Birkhauser Verlag
DOI: 10.1007/s00018-021-03918-3

An Ascophyllum nodosum-Derived Biostimulant Protects Model and Crop Plants from Oxidative Stress

Autoren: Nikola S. Staykov, Mihail Angelov, Veselin Petrov, Pavel Minkov, Aakansha Kanojia, Kieran J. Guinan, Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie, Neerakkal Sujeeth and Tsanko S. Gechev
Veröffentlicht in: Metabolomics in Agriculture Volume 2, 2021, ISSN 2218-1989
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/metabo11010024

Evolutionary gain of oligosaccharide hydrolysis and sugar transport enhanced carbohydrate partitioning in sweet watermelon fruits

Autoren: Yi Ren, Maoying Li, Shaogui Guo, Honghe Sun, Jianyu Zhao, Jie Zhang, Guangmin Liu, Hongju He, Shouwei Tian, Yongtao Yu, Guoyi Gong, Haiying Zhang, Xiaolan Zhang, Saleh Alseekh, Alisdair R Fernie, Henrik V Scheller, Yong Xu
Veröffentlicht in: The Plant Cell, 2021, ISSN 1040-4651
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koab055

The Arabidopsis thaliana onset of leaf death 12 mutation in the lectin receptor kinase P2K2 results in an autoimmune phenotype

Autoren: Liming Zhao, Hao-Jie Wang, Patricia Dalcin Martins, Joost T. van Dongen, Anthony M. Bolger, Romy R. Schmidt, Hai-Chun Jing, Bernd Mueller-Roeber, Jos H. M. Schippers
Veröffentlicht in: BMC Plant Biology, Ausgabe 23, 2023, ISSN 1471-2229
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12870-023-04300-0

Biotechnological Exploration of Transformed Root Culture for Value-Added Products

Autoren: Min Shi, Pan Liao, Shivraj Hariram Nile, Milen I. Georgiev, Guoyin Kai
Veröffentlicht in: Trends in Biotechnology, Ausgabe 39/2, 2021, Seite(n) 137-149, ISSN 0167-7799
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibtech.2020.06.012

Multiomics analyses reveal the roles of the ASR1 transcription factor in tomato fruits

Autoren: Dominguez P.G., Conti G., Duffy T., Insani M., Alseekh S., Asurmendi S., Fernie A.R., Carrari F.
Veröffentlicht in: Journal of Experimental Botany, 2021, ISSN 0022-0957
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/erab269

FtBPM3 modulates the orchestration of FtMYB11-mediated flavonoids biosynthesis in Tartary buckwheat

Autoren: Ding M., Zhang K., He Y., Zuo Q., Zhao H., He M., Georgiev M.I., Park S.U., Zhou M.
Veröffentlicht in: Plant Biotechnology Journal, 2021, ISSN 1467-7652
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/pbi.13587

Metabolomics-based profiling for quality assessment and revealing the impact of drying of Turmeric (Curcuma longa L.)

Autoren: Mohamed A. Salem, Riham A. El-Shiekh, Alisdair R. Fernie, Saleh Alseekh, Ahmed Zayed
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 12, 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-13882-y

Tanshinones from Salvia miltiorrhiza inhibit Mycobacterium tuberculosis via disruption of the cell envelope surface and oxidative stress

Autoren: Elwira Sieniawska, Rafal Sawicki, Andrey S.Marchev, Wieslaw Truszkiewicz, Milen I.Georgiev
Veröffentlicht in: Food and Chemical Toxicology, 2021, ISSN 0278-6915
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.fct.2021.112405

Plant Mitochondrial Carriers: Molecular Gatekeepers That Help to Regulate Plant Central Carbon Metabolism

Autoren: M. Toleco, Thomas Naake, Youjun Zhang, Joshua Heazlewood, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Plants, Ausgabe 9/1, 2020, Seite(n) 117, ISSN 2223-7747
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/plants9010117

Using Metabolomics to Assist Plant Breeding.

Autoren: Alseekh S., Fernie A.R.
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, 2021, ISSN 1064-3745
Herausgeber: Humana Press, Inc.
DOI: 10.1007/978-1-0716-1201-9_3

Large-scale multi-omics genome-wide association studies (Mo-GWAS): guidelines for sample preparation and normalization

Autoren: Bulut M., Fernie A.R., Alseekh S.
Veröffentlicht in: Jove-Journal of Visualized Experiments, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62732

Biotechnologically-Produced Myconoside and Calceolarioside E Induce Nrf2 Expression in Neutrophils

Autoren: Amirova K.M., Dimitrova P.A., Marchev A.S., Krustanova S., Simova S., Alipieva K., Georgiev M.I.
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2021, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms22041759

Leucosceptoside A from Devil’s Claw Modulates Psoriasis-like Inflammation via Suppression of the PI3K/AKT Signaling Pathway in Keratinocytes

Autoren: Koycheva I.K., Mihaylova L.V., Todorova M.N., Balcheva-Sivenova Z.P., Alipieva K., Ferrante C., Orlando G., Georgiev M.I.
Veröffentlicht in: Molecules, 2021, ISSN 1420-3049
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules26227014

Plant-Derived Recombinant Vaccines against Zoonotic Viruses

Autoren: Zahmanova G., Takova K., Valkova R., Toneva V., Minkov I., Andonov A., Lukov G.L.
Veröffentlicht in: Life, 2022, ISSN 2075-1729
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/life12020156

Using precision phenotyping to inform de novo domestication

Autoren: Fernie A.R., Alseekh S., Liu J., Yan J.
Veröffentlicht in: Plant Phisiology, 2021, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plphys/kiab160

MicroRNA-Mediated Metabolic Reprograming in Renal Cancer

Autoren: Bogusławska, Popławski, Alseekh, Koblowska, Iwanicka-Nowicka, Rybicka, Kędzierska, Głuchowska, Hanusek, Tański, Fernie, Piekiełko-Witkowska
Veröffentlicht in: Cancers, Ausgabe 11/12, 2019, Seite(n) 1825, ISSN 2072-6694
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers11121825

First report of tomato spotted wilt virus on lisianthus (Eustoma grandiflorum) in Bulgaria

Autoren: Gancho Pasev, Vesela Radeva-Ivanova, Rafe Lyall, Amol Nankar, Dimitrina Kostova, Massimo Turina, Marta Vallino
Veröffentlicht in: Journal of Plant Pathology, Ausgabe 103/1, 2021, Seite(n) 375-375, ISSN 1125-4653
Herausgeber: Societa Italiana di Patologia Vegetale
DOI: 10.1007/s42161-020-00702-3

A moonlighting role for enzymes of glycolysis in the co-localization of mitochondria and chloroplasts

Autoren: Youjun Zhang, Arun Sampathkumar, Sandra Mae-Lin Kerber, Corné Swart, Carsten Hille, Kumar Seerangan, Alexander Graf, Lee Sweetlove, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-18234-w

Exploiting Natural Variation in Tomato to Define Pathway Structure and Metabolic Regulation of Fruit Polyphenolics in the Lycopersicum Complex

Autoren: 39. Tohge T., Scossa F., Wendenburg R., Frasse P., Balbo I., Watanabe M., Alseekh S., Jadhav S., Delfin J., Lohse M., Giavalisco P., Usadel B., Zhang Y., Luo J., Bouzayen M., Fernie A.R.
Veröffentlicht in: Molecular Plant Volume 13, Ausgabe 7, 2020, Seite(n) 1027-1046, ISSN 1674-2052
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2020.04.004

Towards the Development, Maintenance and Standardized Phenotypic Characterization of Single-Seed-Descent Genetic Resources for Chickpea

Autoren: Rocchetti. L., Gioia. T., Logozzo. G., Brezeanu. C., Pereira L.G., la Rosa L., Marzario S., Pieri A., Fernie A.R., Alseekh S., Susek K., Cook D.R., Varshney R.K., Agrawal S.K., Hamwieh A., Bitocchi, E., Papa R.
Veröffentlicht in: Current protocols, 2022, ISSN 2691-1299
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/cpz1.371

Resequencing of global Tartary buckwheat accessions reveals multiple domestication events and key loci associated with agronomic traits

Autoren: Kaixuan Zhang, Milen I. Georgiev and Meiliang Zhou1
Veröffentlicht in: Genom Biology, 2021, ISSN 1674-2052
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1186/s13059-020-02217-7

Treasure from garden: Bioactive compounds of buckwheat

Autoren: Md. Nurul Huda, Shuai Lu, Tanzim Jahan, Mengqi Ding, Rintu Jha, Kaixuan Zhang, Wei Zhang, Milen I. Georgiev, Sang Un Park, Meiliang Zhou
Veröffentlicht in: Food Chemistry, Ausgabe 335, 2021, Seite(n) 127653, ISSN 0308-8146
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.foodchem.2020.127653

Multi-omics approach reveals the contribution of KLU to leaf longevity and drought tolerance

Autoren: Jiang L., Yoshida T., Stiegert S., Jing, Y., Alseekh S., Lenhard M., Pérez-Alfocea F., Fernie A.R.
Veröffentlicht in: Plant Phisiology, 2021, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plphys/kiaa034

Developmentally controlled changes during Arabidopsis leaf development indicate causes for loss of stress tolerance with age

Autoren: Aakansha Kanojia, Saurabh Gupta, Maria Benina, Alisdair R Fernie, Bernd Mueller-Roeber, Tsanko Gechev, Paul P Dijkwel
Veröffentlicht in: Journal of Experimental Botany, Ausgabe 71/20, 2020, Seite(n) 6340-6354, ISSN 0022-0957
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/eraa347

Therapeutic potential of phenylethanoid glycosides: A systematic review

Autoren: Lipeng Wu, Milen I. Georgiev, Hui Cao, Lutfun Nahar, Hesham R. El‐Seedi, Satyajit D. Sarker, Jianbo Xiao, Baiyi Lu
Veröffentlicht in: Medicinal Research Reviews, Ausgabe 40/6, 2020, Seite(n) 2605-2649, ISSN 0198-6325
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/med.21717

Metabolomics in the Context of Plant Natural Products Research: From Sample Preparation to Metabolite Analysis

Autoren: Mohamed A. Salem, Leonardo Perez de Souza, Ahmed Serag, Alisdair R. Fernie, Mohamed A. Farag, Shahira M. Ezzat, Saleh Alseekh
Veröffentlicht in: Metabolites, Ausgabe 10/1, 2020, Seite(n) 37, ISSN 2218-1989
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/metabo10010037

Dissection of the domestication‐shaped genetic architecture of lettuce primary metabolism

Autoren: Weiyi Zhang, Saleh Alseekh, Xiang Zhu, Qinghua Zhang, Alisdair R. Fernie, Hanhui Kuang, Weiwei Wen
Veröffentlicht in: The Plant Journal, Ausgabe 104/3, 2020, Seite(n) 613-630, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.14950

The Alteration of Tomato Chloroplast Vesiculation Positively Affects Whole-Plant Source–Sink Relations and Fruit Metabolism under Stress Conditions

Autoren: Yoav Ahouvi, Zechariah Haber, Yair Yehoshua Zach, Leah Rosental, David Toubiana, Davinder Sharma, Saleh Alseekh, Hiromi Tajima, Alisdair R Fernie, Yariv Brotman, Eduardo Blumwald, Nir Sade
Veröffentlicht in: Plant and Cell Physiology, Ausgabe 63, 2023, Seite(n) 2008-2026, ISSN 0032-0781
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/pcp/pcac133

Two mitochondrial phosphatases, PP2c63 and Sal2, are required for posttranslational regulation of the TCA cycle in Arabidopsis

Autoren: YoujunZhang,Jonas Giese,Sandra M.Kerbler,Beata Siemiatkowska, Leonardo Perez de Souza, Jessica Alper, David Barbosa Medeiro, Dirk K.Hinch, Danilo M.Daloso, Mark Stitt, Iris Finkemeier, Alisdair R.Fernie
Veröffentlicht in: Molecular Plant, 2021, ISSN 1674-2052
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2021.03.023

Green (cell) factories for advanced production of plant secondary metabolites

Autoren: Andrey S. Marchev, Zhenya P. Yordanova, Milen I. Georgiev
Veröffentlicht in: Critical Reviews in Biotechnology, Ausgabe 40/4, 2020, Seite(n) 443-458, ISSN 0738-8551
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/07388551.2020.1731414

MicroTom Metabolic Network: Rewiring Tomato Metabolic Regulatory Network throughout the Growth Cycle

Autoren: Yan Li, Yang Chen, Lu Zhou, Shengjie You, Heng Deng, Ya Chen, Saleh Alseekh, Yong Yuan, Rao Fu, Zixin Zhang, Dan Su, Alisdair R. Fernie, Mondher Bouzayen, Tao Ma, Mingchun Liu, Yang Zhang
Veröffentlicht in: Molecular Plant, Ausgabe 13/8, 2020, Seite(n) 1203-1218, ISSN 1674-2052
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2020.06.005

First report of Cucurbit aphid-borne yellows virus causing yellowing disease on pumpkin (Cucurbita pepo) and cucumber (Cucumis sativus) in Bulgaria

Autoren: Radeva-Ivanova V., Pasev G., Lyall R., Angelov M., Nankar A.N., Kostova D.
Veröffentlicht in: APS Journal, 2022, ISSN 0191-2917
Herausgeber: American Phytopathological Society
DOI: 10.1094/pdis-09-21-2030-pdn

Characterization of effects of genetic variants via genome-scale metabolic modelling.

Autoren: Tong, H., Küken, A., Razaghi-Moghadam, Z. Nikoloski
Veröffentlicht in: Cellular and Molecular Life Sciences, 2021, ISSN 0278-6915
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1007/s00018-021-03844-4

The Assembly of Super-Complexes in the Plant Chloroplast

Autoren: Qin K., Fernie A.R., Zhang Y.
Veröffentlicht in: Biomolecules, 2021, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom11121839

Primary metabolic processes as drivers of leaf ageing.

Autoren: Kanojia A., Shrestha K.D., Dijkwel P.
Veröffentlicht in: Cellular and Molecular Life Sciences, 2021, ISSN 1420-682X
Herausgeber: Birkhauser Verlag
DOI: 10.1007/s00018-021-03896-6

Evaluation of pepper (Capsicum annuum L.) varieties to several methods of inoculation with Verticillium dahliae Kleb. in different conditions

Autoren: Vasileva K., Todorova V.
Veröffentlicht in: Bulgarian Journal of Agricultural Sciences 26 (2), 2020, Seite(n) 423–430, ISSN 1310-0351
Herausgeber: Agricultural Academy
DOI: 10.5281/zenodo.4707211

Integration of rhythmic metabolome and transcriptome provides insights into the transmission of rhythmic fluctuations and temporal diversity of metabolism in rice.

Autoren: Zhou J., Liu C., Chen Q., Liu L., Niu S., Chen R., Li K., Sun Y., Shi Y., Yang C., Shen S., Li Y., Xing J,. Yuan H., Liu X., Fang C., Fernie A.R., Luo J.
Veröffentlicht in: Science China Life Sciences, 2022, ISSN 1674-7305
Herausgeber: Zhongguo Kexue Zazhishe/Science in China Press
DOI: 10.1007/s11427-021-2064-7

MeJA-responsive bHLH transcription factor LjbHLH7 regulates cyanogenic glucoside biosynthesis in Lotus japonicus

Autoren: Chen C., Liu F., Zhang K., Niu X., Zhao H., Liu Q., Georgiev M.I., Xu X., Zhang X., Zhou M.
Veröffentlicht in: Journal of Experimental Botany, 2022, ISSN 0022-0957
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/erac026

L2,1-norm regularized multivariate regression model with applications to genomic prediction

Autoren: Mbebi AJ, Tong H, Nikoloski Z
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2021, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab212

Anti-Adipogenic Effect of Alchemilla monticola is Mediated Via PI3K/AKT Signaling Inhibition in Human Adipocytes

Autoren: Mladenova S.G., Vasileva L.V., Savova M.S., Marchev A.S., Tews D., Wabitsch M., Ferrante C., Orlando G., Georgiev M.I.
Veröffentlicht in: Frontiers in Pharmacology, 2021, ISSN 1663-9812
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2021.707507

PlantaSyst: Teaming up for Systems Biology and Biotechnology

Autoren: Tsanko Gechev, Milen I. Georgiev, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Trends in Plant Science, Ausgabe 25/7, 2020, Seite(n) 621-624, ISSN 1360-1385
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tplants.2020.04.010

Phytochromes control metabolic flux, and their action at the seedling stage determines adult plant biomass

Autoren: Krahmer J., Abbas A., Mengin V., Ishihara H., Romanowski A., Furniss J.J., Moraes T.A., Krohn N., Annunziata M.G., Feil R., Alseekh S., Obata T., Fernie A.R., Stitt M. and Halliday, K.J.
Veröffentlicht in: Journal of Experimental Botany, 2021, ISSN 0022-0957
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/erab038

Multi-omics analysis of early leaf development in Arabidopsis thaliana

Autoren: Omidbakhshfard M. A., Sokolowska E. M., Di Vittori V., Perez de Souza L., Kuhalskaya A., Brotman Y., Alseekh S., Fernie A.R., Skirycz, A.
Veröffentlicht in: Patterns, 2021, ISSN 2666-3899
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.patter.2021.100235

Usnic Acid Treatment Changes the Composition of Mycobacterium tuberculosis Cell Envelope and Alters Bacterial Redox Status

Autoren: Elwira Sieniawska, Rafal Sawicki, Wieslaw Truszkiewicz, Andrey S. Marchev, Milen I. Georgiev
Veröffentlicht in: ASM Journals mSystems Vol. 6, No. 3, 2021, ISSN 0021-9193
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msystems.00097-21

Circadian Control of Metabolism by the Clock Component TOC1

Autoren: Cervela-Cardona L., Yoshida T., Zhang Y., Okada M., Fernie A.R., Mas P.,
Veröffentlicht in: Frotiers in Plant Sciennce, 2021, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2021.683516

Metabolomics driven analysis of Nigella sativa seeds identifies the impact of roasting on the chemical composition and immunomodulatory activity

Autoren: Mohamed A. Salem, Riham A. El-Shiekh, Nora M. Aborehab, Ahmed A. Al‐Karmalawy, Shahira M. Ezzat, Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Food Chemistry, Ausgabe 398, 2024, Seite(n) 133906, ISSN 0308-8146
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.foodchem.2022.133906

Cucumber malate decarboxylase, CsNADP-ME2, functions in the balance of carbon and amino acid metabolism in fruit

Autoren: Nan Shan, Youjun Zhang, Yicong Guo, Wenna Zhang, Jing Nie, Alisdair R Fernie, Xiaolei Sui
Veröffentlicht in: Horticulture Research, Ausgabe 10, 2023, ISSN 2052-7276
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/hr/uhad216

Assessment of Fruit Quality and Fruit Morphology in Androgenic Pepper Lines (Capsicum annuum L.)

Autoren: Grozeva S., Tringovska I., Nankar AN., Todorova V., Kostova D.
Veröffentlicht in: Crop Breeding, Genetics and Genomics, Ausgabe Crop Breed Genet Genom. 2020;2(1):e200005., 2020, ISSN 2632-7309
Herausgeber: Hapres
DOI: 10.20900/cbgg20200005

Effect of incubation period and culture medium on pepper anther culture.

Autoren: Grozeva S., Nankar AN.
Veröffentlicht in: Effect of incubation period and culture medium on pepper anther culture. Indian Journal of Biotechnology. 19 (1), 2020, Seite(n) 53-59, ISSN 0975-0967
Herausgeber: Indian Journal of Biotechnology
DOI: 10.5281/zenodo.4711172

Beyond photorespiration: the significance of glycine and serine in leaf metabolism

Autoren: João Antonio Siqueira, Youjun Zhang, Adriano Nunes-Nesi, Alisdair R. Fernie, Wagner L. Araújo
Veröffentlicht in: Trends in Plant Science, Ausgabe 28, 2023, Seite(n) 1092-1094, ISSN 1360-1385
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tplants.2023.06.012

The genetics underlying metabolic signatures in a brown rice diversity panel and their vital role in human nutrition

Autoren: Brotman Y., Llorente-Wiegand C., Oyong G., Badoni S., Misra G., Anacleto R., Parween S., Pasion E., Jr. Tiozon R.N., Anonuevo J.J., deGuzman M.K., Alseekh S., Mbanjo E.G.N., Boyd L.A., Fernie A.R., Sreenivasulu N.
Veröffentlicht in: The Plant Journal, 2021, ISSN 1365-313X
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/tpj.15182

Isolation, Structural Properties, and Bioactivities of Polysaccharides from Mushrooms Termitomyces: A Review

Autoren: Liu J., Wang Y., Wu J., Georgiev M.I., Xu B., Wong K.H., Bai W., Tian L.
Veröffentlicht in: Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2022, ISSN 0021-8561
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jafc.1c06443

Towards Development, Maintenance, and Standardized Phenotypic Characterization of Single-Seed-Descent Genetic Resources for Lupins

Autoren: Kroc M., Tomaszewska M., Czepiel K., Bitocchi E., Oppermann M., Neumann K., Guasch L., Bellucci E., Alseekh S., Graner A., Fernie A.R., Papa R., Susek K.
Veröffentlicht in: Current Protocols, 2021, ISSN 2691-1299
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/cpz1.191

Marker–Trait Association for Protein Content among Maize Wild Accessions and Coix Using SSR Markers

Autoren: Shankarappa Varalakshmi, Smrutishree Sahoo, Narendra Kumar Singh, Navneet Pareek, Priya Garkoti, Velmurugan Senthilkumar, Shruti Kashyap, Jai Prakash Jaiswal, Sherry Rachel Jacob, Amol N. Nankar
Veröffentlicht in: Agronomy, Ausgabe 13, 2023, Seite(n) 2138, ISSN 2073-4395
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/agronomy13082138

Predicting plasticity of rosette growth and metabolic fluxes in <i>Arabidopsis thaliana</i>

Autoren: Hao Tong, Roosa A. E. Laitinen, Zoran Nikoloski
Veröffentlicht in: New Phytologist, Ausgabe 240, 2023, Seite(n) 426-438, ISSN 0028-646X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.19154

Corrigendum to: Posttranslational Modification of the NADP-Malic Enzyme Involved in C4 Photosynthesis Modulates the Enzymatic Activity during the Day

Autoren: Bovdilova. A., Alexandre B.M., Höppner. A., Luís I.M., AlvarezC.E., Bickel D., Gohlke H., Decker C., Nagel-Steger L., Alseekh S., Fernie A.R., DrincovichM.F., Abreu I.A., Maurino V.G.
Veröffentlicht in: The Plant cell, 2022, ISSN 1040-4651
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koab262

SWATH-MS-Based Proteomics: Strategies and Applications in Plants

Autoren: Mo-Xian Chen, Youjun Zhang, Alisdair R. Fernie, Ying-Gao Liu, Fu-Yuan Zhu
Veröffentlicht in: Trends in Biotechnology, Ausgabe 39/5, 2021, Seite(n) 433-437, ISSN 0167-7799
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibtech.2020.09.002

Domestication of Crop Metabolomes: Desired and Unintended Consequences

Autoren: Alseekh S., Scossa F., Wen W., Luo J., Yan J., Beleggia R., Klee H.J., Huang S., Papa R., Fernie A.R.
Veröffentlicht in: Trends in Plant Science, 2021, ISSN 1360-1385
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tplants.2021.02.005

Rosmarinic acid attenuates obesity and obesity-related inflammation in human adipocytes

Autoren: Liliya V.Vasileva, Martina S.Savova, Daniel Tews, Martin Wabitsch, Milen I.Georgiev
Veröffentlicht in: Food and Chemical Toxicology, 2021, ISSN 0278-6915
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.fct.2021.112002

Genomic prediction of morphometric and colorimetric traits in Solanaceous fruits

Autoren: Tong H., Nankar A.N., Liu J., Todorova V., Ganeva D., Grozeva S., Tringovska I., Pasev G., Radeva-Ivanova V., Gechev T., Kostova D., Nikoloski Z. (
Veröffentlicht in: Horticulture Research, 2022, ISSN 2052-7276
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/hr/uhac072

Quantitative trait loci analysis of seed‐specialized metabolites reveals seed‐specific flavonols and differential regulation of glycoalkaloid content in tomato

Autoren: Saleh Alseekh, Itai Ofner, Zhongyuan Liu, Sonia Osorio, Jose Vallarino, Robert L. Last, Dani Zamir, Takayuki Tohge, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: The Plant Journal, Ausgabe 103/6, 2020, Seite(n) 2007-2024, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.14879

MicroRNA profiling the resurrection plant Haberlea rhodopensis unveils essential regulators of survival under severe drought

Autoren: E. APOSTOLOVA, M. GOZMANOVA, L. NACHEVA, Z. IVANOVA, V. TONEVA, I. MINKOV, V. BAEV, G. YAHUBYAN
Veröffentlicht in: Biologia plantarum, Ausgabe 64, 2020, Seite(n) 541-550, ISSN 0006-3134
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.32615/bp.2020.062

Anti-adipogenic activity of maackiain and ononin is mediated via inhibition of PPARγ in human adipocytes

Autoren: Mladenova S.G., Savova M.S., Marchev A.S., Ferrante C., Orlando G., Wabitsch M., Georgiev M.I.
Veröffentlicht in: Biomedicine and Pharmacotherapy, 2022, ISSN 0753-3322
Herausgeber: Elsevier Masson
DOI: 10.1016/j.biopha.2022.112908

The INCREASE project: Intelligent Collections of food-legume genetic resources for European agrofood systems

Autoren: Bellucci E., Aguilar O.M., Alseekh S., Bett K., Brezeanu C., Cook D., De la Rosa L., Delledonne M., Dostatny D.F., Ferreira J.J., Geffroy V., Ghitarrini S., Kroc M., Kumar Agrawal S, Logozzo G., Marino M., Mary-Huard T., McClean P., Megli V., Messer T., Muel F., Nanni L., Neumann K., Servalli F., Străjeru S., Varshney R. K., Vasconcelos M. W., Zaccardelli M., Zavarzin A., Bitocchi E., Frontoni E.
Veröffentlicht in: The Plant Journal, 2021, ISSN 1365-313X
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/tpj.15472

Betulinic acid counteracts the lipid accumulation in Caenorhabditis elegans by modulation of nhr-49 expression

Autoren: Martina S. Savova, Monika N. Todorova, Apostol G. Apostolov, Galina T. Yahubyan, Milen I. Georgiev
Veröffentlicht in: Biomedicine & Pharmacotherapy, Ausgabe 156, 2023, Seite(n) 113862, ISSN 0753-3322
Herausgeber: Elsevier Masson
DOI: 10.1016/j.biopha.2022.113862

Investigating the dynamics of protein–protein interactions in plants

Autoren: Youjun Zhang, Moxian Chen, Tieyuan Liu, Kezhen Qin, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: The Plant Journal, Ausgabe 114, 2023, Seite(n) 965-983, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.16182

The diversity of quinoa morphological traits and seed metabolic composition

Autoren: Iman Tabatabaei, Saleh Alseekh, Mohammad Shahid, Ewa Leniak, Mateusz Wagner, Henda Mahmoudi, Sumitha Thushar, Alisdair R. Fernie, Kevin M. Murphy, Sandra M. Schmöckel, Mark Tester, Bernd Mueller-Roeber, Aleksandra Skirycz, Salma Balazadeh
Veröffentlicht in: Scientific Data, Ausgabe 9, 2022, ISSN 2052-4463
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41597-022-01399-y

Genome-wide association of the metabolic shifts underpinning dark-induced senescence in Arabidopsis

Autoren: Feng Zhu, Saleh Alseekh, Kaan Koper, Hao Tong, Zoran Nikoloski, Thomas Naake, Haijun Liu, Jianbing Yan, Yariv Brotman, Weiwei Wen, Hiroshi Maeda, Yunjiang Cheng, and Alisdair R Fernie
Veröffentlicht in: The Plant Cell, 2022, ISSN 3462-3442
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/plcell/koab251

Formulation and Testing of Antioxidant and Protective Effect of Hyalurosomes Loading Extract Rich in Rosmarinic Acid Biotechnologically Produced from Lavandula angustifolia Miller

Autoren: Perra M., Fancello L., Castangia I., Allaw M., Escribano-Ferrer E., Peris J.E., Usach I., Manca M.L., Koycheva I.K., Georgiev M.I., Manconi M.
Veröffentlicht in: Molecules, 2022, ISSN 1420-3049
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules27082423

The conditional mitochondrial protein complexome in the Arabidopsis thaliana root and shoot

Autoren: Youjun Zhang, Silvia Martínez Jaime, Mustafa Bulut, Alexander Graf, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Plant Communications, Ausgabe 4, 2023, Seite(n) 100635, ISSN 2590-3462
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.xplc.2023.100635

Leveraging glycoside-targeted metabolomics to gain insight into biological function

Autoren: Youjun Zhang, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Trends in Plant Science, Ausgabe 28, 2023, Seite(n) 737-739, ISSN 1360-1385
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tplants.2023.04.004

Molecular mechanisms preventing senescence in response to prolonged darkness in a desiccation-tolerant plant

Autoren: Meriem Durgud, Saurabh Gupta, Ivan Ivanov, Amin Omidbakhshfard, Maria Benina, Saleh Alseekh, Nikola Staykov, Mareike Hauenstein, Paul Dijkwel, Stefan Hörtensteiner, Valentina Toneva, Yariv Brotman, Alisdair R. Fernie, Bernd Mueller-Roeber, Tsanko Gechev
Veröffentlicht in: Plant Physiology, 2018, Seite(n) pp.00055.2018, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1104/pp.18.00055

Jasmonate-responsive MYB factors spatially repress rutin biosynthesis in Fagopyrum tataricum

Autoren: Kaixuan Zhang, Maria D Logacheva, Yu Meng, Jianping Hu, Dongpu Wan, Long Li, Dagmar Janovská, Zhiyong Wang, Milen I Georgiev, Zhuo Yu, Fuyu Yang, Mingli Yan, Meiliang Zhou
Veröffentlicht in: Journal of Experimental Botany, Ausgabe 69/8, 2018, Seite(n) 1955-1966, ISSN 0022-0957
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/ery032

Targeting ncRNAs by plant secondary metabolites: The ncRNAs game in the balance towards malignancy inhibition

Autoren: Diana Gulei, Nikolay Mehterov, Seyed Mohammad Nabavi, Atanas Georgiev Atanasov, Ioana Berindan-Neagoe
Veröffentlicht in: Biotechnology Advances, 2017, ISSN 0734-9750
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.biotechadv.2017.11.003

Metabolomics 20 years on: what have we learned and what hurdles remain?

Autoren: Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: The Plant Journal, Ausgabe 94/6, 2018, Seite(n) 933-942, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.13950

The Integration of Metabolomics and Next-Generation Sequencing Data to Elucidate the Pathways of Natural Product Metabolism in Medicinal Plants

Autoren: Federico Scossa, Maria Benina, Saleh Alseekh, Youjun Zhang, Alisdair Fernie
Veröffentlicht in: Planta Medica, 2018, ISSN 0032-0943
Herausgeber: Georg Thieme Verlag
DOI: 10.1055/a-0630-1899

Quantitative trait loci analysis identifies a prominent gene involved in the production of fatty-acid-derived flavor volatiles in tomato

Autoren: Karolina Garbowicz, Zhongyuan Liu, Saleh Alseekh, Denise Tieman, Mark Taylor, Anastasiya Kuhalskaya, Itai Ofner, Dani Zamir, Harry J. Klee, Alisdair R. Fernie, Yariv Brotman
Veröffentlicht in: Molecular Plant, 2018, ISSN 1674-2052
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2018.06.003

The NAC Transcription Factor SlNAP2 Regulates Leaf Senescence and Fruit Yield in Tomato

Autoren: Xuemin Ma, Youjun Zhang, Veronika Turečková, Gang-Ping Xue, Alisdair R. Fernie, Bernd Mueller-Roeber, Salma Balazadeh
Veröffentlicht in: Plant Physiology, Ausgabe 177/3, 2018, Seite(n) 1286-1302, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1104/pp.18.00292

Defining the convergence of ethylene and auxin signaling in tomato

Autoren: Alisdair R. Fernie, Saleh Alseekh
Veröffentlicht in: New Phytologist, Ausgabe 219/2, 2018, Seite(n) 479-481, ISSN 0028-646X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.15251

Modifications of dietary flavonoids towards improved bioactivity: An update on structure–activity relationship

Autoren: Lei Chen, Hui Teng, Zhenglu Xie, Hui Cao, Wai San Cheang, Krystyna Skalicka-Woniak, Milen I. Georgiev, Jianbo Xiao
Veröffentlicht in: Critical Reviews in Food Science and Nutrition, Ausgabe 58/4, 2017, Seite(n) 513-527, ISSN 1040-8398
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/10408398.2016.1196334

Rewiring of the Fruit Metabolome in Tomato Breeding

Autoren: Guangtao Zhu, Shouchuang Wang, Zejun Huang, Shuaibin Zhang, Qinggang Liao, Chunzhi Zhang, Tao Lin, Mao Qin, Meng Peng, Chenkun Yang, Xue Cao, Xu Han, Xiaoxuan Wang, Esther van der Knaap, Zhonghua Zhang, Xia Cui, Harry Klee, Alisdair R. Fernie, Jie Luo, Sanwen Huang
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 172/1-2, 2018, Seite(n) 249-261.e12, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.12.019

Occurrence, biochemistry and biological effects of host-selective plant mycotoxins

Autoren: Veselin Petrov, Muhammad Kamran Qureshi, Jacques Hille, Tsanko Gechev
Veröffentlicht in: Food and Chemical Toxicology, Ausgabe 112, 2018, Seite(n) 251-264, ISSN 0278-6915
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.fct.2017.12.047

Nutrigenomics in cancer: Revisiting the effects of natural compounds

Autoren: Cornelia Braicu, Nikolay Mehterov, Boyan Vladimirov, Victoria Sarafian, Seyed Mohammad Nabavi, Atanas G. Atanasov, Ioana Berindan-Neagoe
Veröffentlicht in: Seminars in Cancer Biology, Ausgabe 46, 2017, Seite(n) 84-106, ISSN 1044-579X
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcancer.2017.06.011

Stoichiometric Correlation Analysis: Principles of Metabolic Functionality from Metabolomics Data

Autoren: Kevin Schwahn, Romina Beleggia, Nooshin Omranian, Zoran Nikoloski
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, Ausgabe 8, 2017, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2017.02152

Genome-Wide Analysis of ROS Antioxidant Genes in Resurrection Species Suggest an Involvement of Distinct ROS Detoxification Systems during Desiccation

Autoren: Saurabh Gupta, Yanni Dong, Paul P. Dijkwel, Bernd Mueller-Roeber, Tsanko S. Gechev
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 20/12, 2019, Seite(n) 3101, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms20123101

On the role of the tricarboxylic acid cycle in plant productivity

Autoren: Youjun Zhang, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Journal of Integrative Plant Biology, Ausgabe 60/12, 2018, Seite(n) 1199-1216, ISSN 1672-9072
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jipb.12690

Inhibition of TOR Represses Nutrient Consumption, Which Improves Greening after Extended Periods of Etiolation

Autoren: Yi Zhang, Youjun Zhang, Heather E. McFarlane, Toshihiro Obata, Andreas S. Richter, Mark Lohse, Bernhard Grimm, Staffan Persson, Alisdair R. Fernie, Patrick Giavalisco
Veröffentlicht in: Plant Physiology, Ausgabe 178/1, 2018, Seite(n) 101-117, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1104/pp.18.00684

First report of Peanut stunt virus on beans in Bulgaria

Autoren: G. Pasev, V. Radeva-Ivanova, Y. Manoussopoulos, M. Turina, D. Kostova
Veröffentlicht in: New Disease Reports, Ausgabe 38, 2018, Seite(n) 9, ISSN 2044-0588
Herausgeber: The British Society for Plant Pathology
DOI: 10.5197/j.2044-0588.2018.038.009

Identification and characterization of metabolite quantitative trait loci in tomato leaves and comparison with those reported for fruits and seeds

Autoren: Adriano Nunes-Nesi, Saleh Alseekh, Franklin Magnum de Oliveira Silva, Nooshin Omranian, Gabriel Lichtenstein, Mohammad Mirnezhad, Roman R. Romero González, Julia Sabio y Garcia, Mariana Conte, Kirsten A. Leiss, Peter G. L. Klinkhamer, Zoran Nikoloski, Fernando Carrari, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Metabolomics, Ausgabe 15/4, 2019, ISSN 1573-3882
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s11306-019-1503-8

Antidepressant-like effect of salidroside and curcumin on the immunoreactivity of rats subjected to a chronic mild stress model

Autoren: Liliya V. Vasileva, Kremena E. Saracheva, Mariya V. Ivanovska, Atanaska P. Petrova, Andrey S. Marchev, Milen I. Georgiev, Mariana A. Murdjeva, Damiyanka P. Getova
Veröffentlicht in: Food and Chemical Toxicology, Ausgabe 121, 2018, Seite(n) 604-611, ISSN 0278-6915
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.fct.2018.09.065

Causes and solutions to “globesity”: The new fa(s)t alarming global epidemic

Autoren: Liliya V. Vasileva, Andrey S. Marchev, Milen I. Georgiev
Veröffentlicht in: Food and Chemical Toxicology, Ausgabe 121, 2018, Seite(n) 173-193, ISSN 0278-6915
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.fct.2018.08.071

Data Reduction Approaches for Dissecting Transcriptional Effects on Metabolism

Autoren: Kevin Schwahn, Zoran Nikoloski
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2018.00538

Interorganelle Communication: Peroxisomal MALATE DEHYDROGENASE2 Connects Lipid Catabolism to Photosynthesis through Redox Coupling in Chlamydomonas

Autoren: Fantao Kong, Adrien Burlacot, Yuanxue Liang, Bertrand Légeret, Saleh Alseekh, Yariv Brotman, Alisdair R. Fernie, Anja Krieger-Liszkay, Fred Beisson, Gilles Peltier, Yonghua Li-Beisson
Veröffentlicht in: The Plant Cell, Ausgabe 30/8, 2018, Seite(n) 1824-1847, ISSN 1040-4651
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1105/tpc.18.00361

Passing the Baton: Substrate Channelling in Respiratory Metabolism

Autoren: Alisdair R. Fernie, Youjun Zhang, Lee J. Sweetlove
Veröffentlicht in: Research, Ausgabe 2018, 2018, Seite(n) 1-16, ISSN 2639-5274
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1155/2018/1539325

In vivo detection of protein cysteine sulfenylation in plastids

Autoren: Barbara De Smet, Patrick Willems, Alvaro D. Fernandez‐Fernandez, Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie, Joris Messens, Frank Van Breusegem
Veröffentlicht in: The Plant Journal, Ausgabe 97/4, 2019, Seite(n) 765-778, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.14146

A Solanum neorickii introgression population providing a powerful complement to the extensively characterized Solanum pennellii population

Autoren: Yaacov Micha Brog, Sonia Osorio, Yoav Yichie, Saleh Alseekh, Elad Bensal, Andriy Kochevenko, Dani Zamir, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: The Plant Journal, Ausgabe 97/2, 2019, Seite(n) 391-403, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.14095

Clinopodium vulgare L. (wild basil) extract and its active constituents modulate cyclooxygenase-2 expression in neutrophils

Autoren: Kristiana M. Amirova, Petya Dimitrova, Andrey S. Marchev, Ina Y. Aneva, Milen I. Georgiev
Veröffentlicht in: Food and Chemical Toxicology, Ausgabe 124, 2019, Seite(n) 1-9, ISSN 0278-6915
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.fct.2018.11.054

Crop metabolomics: from diagnostics to assisted breeding

Autoren: Saleh Alseekh, Luisa Bermudez, Luis Alejandro de Haro, Alisdair R. Fernie, Fernando Carrari
Veröffentlicht in: Metabolomics, Ausgabe 14/11, 2018, ISSN 1573-3882
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s11306-018-1446-5

Phytochemical composition and antioxidant activity of 63 Balkan pepper (Capsicum annuum L.) accessions

Autoren: Petko Denev, Velichka Todorova, Manol Ognyanov, Yordan Georgiev, Irina Yanakieva, Ivanka Tringovska, Stanislava Grozeva, Dimitrina Kostova
Veröffentlicht in: Journal of Food Measurement and Characterization, 2019, ISSN 2193-4126
Herausgeber: Springer Science + Business Media
DOI: 10.1007/s11694-019-00171-y

Immunoregulatory natural compounds in stress-induced depression: An alternative or an adjunct to conventional antidepressant therapy?

Autoren: Liliya V. Vasileva, Mariya V. Ivanovska, Marianna A. Murdjeva, Kremena E. Saracheva, Milen I. Georgiev
Veröffentlicht in: Food and Chemical Toxicology, Ausgabe 127, 2019, Seite(n) 81-88, ISSN 0278-6915
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.fct.2019.03.004

Arabidopsis RCD1 coordinates chloroplast and mitochondrial functions through interaction with ANAC transcription factors

Autoren: Alexey Shapiguzov, Julia P Vainonen, Kerri Hunter, Helena Tossavainen, Arjun Tiwari, Sari Järvi, Maarit Hellman, Fayezeh Aarabi, Saleh Alseekh, Brecht Wybouw, Katrien Van Der Kelen, Lauri Nikkanen, Julia Krasensky-Wrzaczek, Nina Sipari, Markku Keinänen, Esa Tyystjärvi, Eevi Rintamäki, Bert De Rybel, Jarkko Salojärvi, Frank Van Breusegem, Alisdair R Fernie, Mikael Brosché, Perttu Permi, Eva-M
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 8, 2019, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.43284

A novel seed plants gene regulates oxidative stress tolerance in Arabidopsis thaliana

Autoren: Neerakkal Sujeeth, Nikolay Mehterov, Saurabh Gupta, Muhammad K. Qureshi, Axel Fischer, Sebastian Proost, M. Amin Omidbakhshfard, Toshihiro Obata, Maria Benina, Nikola Staykov, Salma Balazadeh, Dirk Walther, Alisdair R. Fernie, Bernd Mueller-Roeber, Jacques Hille, Tsanko S. Gechev
Veröffentlicht in: Cellular and Molecular Life Sciences, 2019, ISSN 1420-682X
Herausgeber: Birkhauser Verlag
DOI: 10.1007/s00018-019-03202-5

COMPASS for rapid combinatorial optimization of biochemical pathways based on artificial transcription factors

Autoren: Gita Naseri, Jessica Behrend, Lisa Rieper, Bernd Mueller-Roeber
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-10224-x

Application of high-throughput phenotyping tool Tomato Analyzer to characterize Balkan Capsicum fruit diversity

Autoren: Amol N. Nankar, Ivanka Tringovska, Stanislava Grozeva, Velichka Todorova, Dimitrina Kostova
Veröffentlicht in: Scientia Horticulturae, Ausgabe 260, 2020, Seite(n) 108862, ISSN 0304-4238
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.scienta.2019.108862

Large‐scale metabolite quantitative trait locus analysis provides new insights for high‐quality maize improvement

Autoren: Kun Li, Weiwei Wen, Saleh Alseekh, Xiaohong Yang, Huan Guo, Wenqiang Li, Luxi Wang, Qingchun Pan, Wei Zhan, Jie Liu, Yanhua Li, Xiao Wu, Yariv Brotman, Lothar Willmitzer, Jiansheng Li, Alisdair R. Fernie, Jianbing Yan
Veröffentlicht in: The Plant Journal, 2019, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.14317

Extensive Variations in Diurnal Growth Patterns and Metabolism Among Ulva spp. Strains

Autoren: Antoine Fort, Morgane Lebrault, Margot Allaire, Alberto A. Esteves-Ferreira, Marcus McHale, Francesca Lopez, Jose M. Fariñas-Franco, Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie, Ronan Sulpice
Veröffentlicht in: Plant Physiology, Ausgabe 180/1, 2019, Seite(n) 109-123, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1104/pp.18.01513

Exploring the Diversity of Plant Metabolism

Autoren: Chuanying Fang, Alisdair R. Fernie, Jie Luo
Veröffentlicht in: Trends in Plant Science, Ausgabe 24/1, 2019, Seite(n) 83-98, ISSN 1360-1385
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tplants.2018.09.006

MYB Transcription Repressors Regulate Plant Secondary Metabolism

Autoren: Cheng Chen, Kaixuan Zhang, Muhammad Khurshid, Jinbo Li, Ming He, Milen I. Georgiev, Xinquan Zhang, Meiliang Zhou
Veröffentlicht in: Critical Reviews in Plant Sciences, Ausgabe 38/3, 2019, Seite(n) 159-170, ISSN 0735-2689
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/07352689.2019.1632542

Construction and applications of a B vitamin genetic resource for investigation of vitamin dependent metabolism in maize

Autoren: Masaharu Suzuki, Shan Wu, Manaki Mimura, Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie, Andrew D. Hanson, Donald R. McCarty
Veröffentlicht in: The Plant Journal, 2019, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.14535

The Structure and Function of Major Plant Metabolite Modifications

Autoren: Shouchuang Wang, Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie, Jie Luo
Veröffentlicht in: Molecular Plant, Ausgabe 12/7, 2019, Seite(n) 899-919, ISSN 1674-2052
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2019.06.001

Comparative metabolite profiling of two switchgrass ecotypes reveals differences in drought stress responses and rhizosheath weight

Autoren: Tie-Yuan Liu, Mo-Xian Chen, Youjun Zhang, Fu-Yuan Zhu, Ying-Gao Liu, Yuan Tian, Alisdair R. Fernie, Nenghui Ye, Jianhua Zhang
Veröffentlicht in: Planta, Ausgabe 250/4, 2019, Seite(n) 1355-1369, ISSN 0032-0935
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00425-019-03228-w

Redox-Regulation of Photorespiration through Mitochondrial Thioredoxin o1

Autoren: Ole Reinholdt, Saskia Schwab, Youjun Zhang, Jean-Philippe Reichheld, Alisdair R. Fernie, Martin Hagemann, Stefan Timm
Veröffentlicht in: Plant Physiology, Ausgabe 181/2, 2019, Seite(n) 442-457, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1104/pp.19.00559

Transposon-associated polymorphisms of stress-responsive gene promoters in natural variants of Arabidopsis thaliana

Autoren: Mladen Naydenov, Nadezhda Gospodinova, Elena Apostolova, Nikolaj Anachkov, Vesselin Baev, Mariyana Gozmanova, Ivan Minkov, Galina Yahubyan
Veröffentlicht in: Acta Biochimica Polonica, Ausgabe 65/3, 2018, ISSN 0001-527X
Herausgeber: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
DOI: 10.18388/abp.2017_1590

LoopRNA – Java Module for RNA Structure Annotation

Autoren: Georgi Minkov, Valentina Toneva, Zdravka Ivanova, Vesselin Baev
Veröffentlicht in: Comptes rendus de l’Acade'mie bulgare des Sciences, Ausgabe Vol 71, No9, 2018, Seite(n) 1215-1221, ISSN 1310-1331
Herausgeber: "BAS publishing ""Prof.Malin Darinov"""
DOI: 10.7546/crabs.2018.09.08

A new liquid chromatography-high resolution Orbitrap mass spectrometry-based strategy to characterize Glucuronide Oleanane-type Triterpenoid Carboxylic Acid 3, 28-O-Bidesmosides (GOTCAB) saponins.A case study of Gypsophila glomerata Pall ex M. B. (Caryophyllaceae)

Autoren: Reneta Gevrenova, Krum Bardarov, Sabine Bouguet-Bonnet, Yulian Voynikov, Vessela Balabanova, Dimitrina Zheleva-Dimitrova, Max Henry
Veröffentlicht in: Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, Ausgabe 159, 2018, Seite(n) 567-581, ISSN 0731-7085
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jpba.2018.07.041

Evaluation of collection of pepper (Capsicum spp.) resources for resistance to Verticillium dahliae Kleb.

Autoren: Katya Vasileva, Velichka Todorova, Stojka Masheva
Veröffentlicht in: Bulgarian Journal of Agricultural Science, Ausgabe 25 (No 5) 2019, 2019, Seite(n) 1030-1038, ISSN 2534-983X
Herausgeber: Agricultural Academy of Bulgaria

Genome draft of the Arabidopsis relative Pachycladon cheesemanii reveals novel strategies to tolerate New Zealand’s high ultraviolet B radiation environment

Autoren: Yanni Dong, Saurabh Gupta, Rixta Sievers, Jason J. Wargent, David Wheeler, Joanna Putterill, Richard Macknight, Tsanko Gechev, Bernd Mueller-Roeber, Paul P. Dijkwel
Veröffentlicht in: BMC Genomics, Ausgabe 20/1, 2019, ISSN 1471-2164
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12864-019-6084-4

Full-length transcript-based proteogenomics of rice improves its genome and proteome annotation

Autoren: Mo-Xian Chen, Fu-Yuan Zhu, Bei Gao, Kai-Long Ma, Youjun Zhang, Alisdair R. Fernie, Xi Chen, Lei Dai, Neng-Hui Ye, Xue Zhang, Yuan Tian, Di Zhang, Shi Xiao, Jianhua Zhang, Ying-Gao Liu
Veröffentlicht in: Plant Physiology, 2019, Seite(n) pp.00430.2019, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1104/pp.19.00430

Rapid High-Yield Transient Expression of Swine Hepatitis E ORF2 Capsid Proteins in Nicotiana benthamiana Plants and Production of Chimeric Hepatitis E Virus-Like Particles Bearing the M2e Influenza Epitope

Autoren: Gergana G. Zahmanova, Milena Mazalovska, Katerina H. Takova, Valentina T. Toneva, Ivan N. Minkov, Eugenia S. Mardanova, Nikolai V. Ravin, George P. Lomonossoff
Veröffentlicht in: Plants, Ausgabe 9/1, 2020, Seite(n) 29, ISSN 2223-7747
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/plants9010029

Untargetted Metabolomic Exploration of the Mycobacterium tuberculosis Stress Response to Cinnamon Essential Oil

Autoren: Elwira Sieniawska, Rafał Sawicki, Joanna Golus, Milen I. Georgiev
Veröffentlicht in: Biomolecules, Ausgabe 10/3, 2020, Seite(n) 357, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom10030357

A Biostimulant Obtained from the Seaweed Ascophyllum nodosum Protects Arabidopsis thaliana from Severe Oxidative Stress

Autoren: Mohammad Amin Omidbakhshfard, Neerakkal Sujeeth, Saurabh Gupta, Nooshin Omranian, Kieran J. Guinan, Yariv Brotman, Zoran Nikoloski, Alisdair R. Fernie, Bernd Mueller-Roeber, Tsanko S. Gechev
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 21/2, 2020, Seite(n) 474, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms21020474

Tomato Phenotypic Diversity Determined by Combined Approaches of Conventional and High-Throughput Tomato Analyzer Phenotyping

Autoren: Amol N. Nankar, Ivanka Tringovska, Stanislava Grozeva, Daniela Ganeva, Dimitrina Kostova
Veröffentlicht in: Plants, Ausgabe 9/2, 2020, Seite(n) 197, ISSN 2223-7747
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/plants9020197

Molecular priming as an approach to induce tolerance against abiotic and oxidative stresses in crop plants

Autoren: Pavel Kerchev, Tom van der Meer, Neerakkal Sujeeth, Arno Verlee, Christian V. Stevens, Frank Van Breusegem, Tsanko Gechev
Veröffentlicht in: Biotechnology Advances, 2019, Seite(n) 107503, ISSN 0734-9750
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.biotechadv.2019.107503

PC2P: parameter-free network-based prediction of protein complexes

Autoren: Sara Omranian, Angela Angeleska, Zoran Nikoloski
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2021, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa1089

Machine learning approaches for crop improvement: Leveraging phenotypic and genotypic big data

Autoren: Hao Tonga, Zoran Nikoloski
Veröffentlicht in: Journal of Plant Physiology, 2021, ISSN 0176-1617
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jplph.2020.153354

The style and substance of plant flavonoid decoration; towards defining both structure and function

Autoren: Saleh Alseekh, Leonardo Perez de Souza, Maria Benina, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Phytochemistry, Ausgabe 174, 2020, Seite(n) 112347, ISSN 0031-9422
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.phytochem.2020.112347

Resolving the metabolon: is the proof in the metabolite?

Autoren: Youjun Zhang, Alisdair R Fernie
Veröffentlicht in: EMBO reports, Ausgabe 21/8, 2020, ISSN 1469-221X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202050774

Double Haploid Development and Assessment of Androgenic Competence of Balkan Pepper Core Collection in Bulgaria

Autoren: Grozeva S., Pasev G., Radeva-Ivanova V., Todorova V., Ivanova V., Nankar A.N.
Veröffentlicht in: Plants, 2021, ISSN 2223-7747
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/plants10112414

Rosmarinic acid - From bench to valuable applications in food industry

Autoren: Marchev A.S., Vasileva L.V., Amirova K.M., Savova M.S., Koycheva I.K., Balcheva-Sivenova Z.P., Vasileva S.M., Georgiev M.I.
Veröffentlicht in: Trends in Food Science & Technology, 2021, ISSN 0924-2244
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tifs.2021.03.015

Plant Systems Biology in 2022 and Beyond

Autoren: Gechev T., Petrov V.
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2022, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23084159

Genome assembly of wild tea tree DASZ reveals pedigree and selection history of tea varieties

Autoren: Weiyi Zhang, Youjun Zhang, Haiji Qiu, Yafei Guo, Haoliang Wan, Xiaoliang Zhang, Federico Scossa, Saleh Alseekh, Qinghua Zhang, Pu Wang, Li Xu, Maximilian H-W Schmidt, Xinxin Jia, Daili Li, Anting Zhu, Fei Guo, Wei Chen, Dejiang Ni, Björn Usadel, Alisdair R. Fernie, Weiwei Wen
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17498-6

The Bacillus subtilis glutamate anti-metabolon

Autoren: Fernie A.R., Zhang Y.
Veröffentlicht in: Nature Metabolism, 2022, ISSN 2522-5812
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42255-022-00534-8

Auxin boosts energy generation pathways to fuel pollen maturation in barley

Autoren: Amanda D., Frey F.P., Neumann U., Przybyl M., Šimura ., Zhang Y., Chen Z., Gallavotti A., Fernie A.R., Ljung K., Acosta I.F.
Veröffentlicht in: Current Biology, 2022, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2022.02.073

Compositional Analyses Reveal Relationships among Components of Blue Maize Grains

Autoren: Amol N. Nankar, M Paul Scott, Richard C. Pratt
Veröffentlicht in: Plants, Ausgabe 9/12, 2020, Seite(n) 1775, ISSN 2223-7747
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/plants9121775

The Plant Viruses and Molecular Farming: How Beneficial They Might Be for Human and Animal Health?

Autoren: Gergana Zahmanova, Alaa A. Aljabali, Katerina Takova, Valentina Toneva, Murtaza M. Tambuwala, Anton P. Andonov, Georgi L. Lukov, Ivan Minkov
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 24, 2025, Seite(n) 1533, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24021533

Color recycling: metabolization of apocarotenoid degradation products suggests carbon regeneration via primary metabolic pathways.

Autoren: Koschmieder J., Alseekh S, Shabani M., Baltenweck R., Maurino V.G., Palme K., Fernie A.R., Hugueney P., Welsch R.
Veröffentlicht in: Plant Cell Reports, 2022, ISSN 0721-7714
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00299-022-02831-8

Molecular plant responses to combined abiotic stresses put a spotlight on unknown and abundant genes

Autoren: Nasser Sewelam, Dominik Brilhaus, Andrea Bräutigam, Saleh Alseekh, Alisdair R Fernie, Veronica G Maurino
Veröffentlicht in: Journal of Experimental Botany, Ausgabe 71/16, 2020, Seite(n) 5098-5112, ISSN 0022-0957
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/eraa250

Dynamically regulating metabolic fluxes with synthetic metabolons

Autoren: Youjun Zhang, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Trends in Biotechnology, Ausgabe 40, 2024, Seite(n) 1019-1020, ISSN 0167-7799
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibtech.2022.06.005

Editorial: Enhancing allele mining for crop improvement amid the emerging challenge of climate change

Autoren: Pasquale Tripodi, Narendra Kumar Singh, Michael Abberton, Amol N. Nankar
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, Ausgabe 14, 2023, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2023.1197086

The Penium margaritaceum Genome: Hallmarks of the Origins of Land Plants

Autoren: Chen Jiao, Iben Sørensen, Xuepeng Sun, Honghe Sun, Hila Behar, Saleh Alseekh, Glenn Philippe, Kattia Palacio Lopez, Li Sun, Reagan Reed, Susan Jeon, Reiko Kiyonami, Sheng Zhang, Alisdair R. Fernie, Harry Brumer, David S. Domozych, Zhangjun Fei, Jocelyn K.C. Rose
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 181/5, 2020, Seite(n) 1097-1111.e12, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.04.019

Ziziphus jujuba Mill. leaf extract restrains adipogenesis by targeting PI3K/AKT signaling pathway

Autoren: Martina S.Savova, Liliya V.Vasileva, Saveta G.Mladenova, Kristiana M.Amirova, Claudio Ferrante, Giustino Orlando, Martin Wabitsche, Milen I.Georgiev
Veröffentlicht in: Biomedicine & Pharmacotherapy, 2021, ISSN 0753-3322
Herausgeber: Elsevier Masson
DOI: 10.1016/j.biopha.2021.111934

Dual control of MAPK activities by AP2C1 and MKP1 MAPK phosphatases regulates defence responses in Arabidopsis

Autoren: Ayatollahi Z., Kazanaviciute V., Shubchynskyy V., Kvederaviciute K., Schwanninger M., Rozhon W., Stumpe M., Mauch F., Bartels S., Ulm R., Balazadeh S., Mueller-Roeber, B, Meskiene I., Schweighofer A.
Veröffentlicht in: Journal of Experimental Botany, 2022, ISSN 0022-0957
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/erac018

Methyl jasmonate elicitation effect on the metabolic profile of cambial meristematic cells culture derived from sweet basil (Ocimum basilicum L.) in relation to antioxidant activity: Untargeted metabolomics study in a time-based approach

Autoren: Ahmed Zayed, Mohamed A. Farag, Alexander Mehring, Mohamed A. Salem, Rana M. Ibrahim, Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie, Roland Ulber
Veröffentlicht in: Phytochemistry, Ausgabe 213, 2023, Seite(n) 113777, ISSN 0031-9422
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.phytochem.2023.113777

Plasticity of rosette size in response to nitrogen availability is controlled by an RCC1-family protein

Autoren: Duarte G. T., Pandey P. K., Vaid N., Alseekh S., Fernie A.R., Nikoloski Z., Laitinen. R.
Veröffentlicht in: Plant cell and environment, 2021, ISSN 1365-3040
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/pce.14146

Dissecting the interaction of photosynthetic electron transfer with mitochondrial signalling and hypoxic response in the Arabidopsis rcd1 mutant

Autoren: Alexey Shapiguzov, Lauri Nikkanen, Duncan Fitzpatrick, Julia P. Vainonen, Richard Gossens, Saleh Alseekh, Fayezeh Aarabi, Arjun Tiwari, Olga Blokhina, Klára Panzarová, Zuzana Benedikty, Esa Tyystjärvi, Alisdair R. Fernie, Martin Trtílek, Eva-Mari Aro, Eevi Rintamäki, Jaakko Kangasjärvi
Veröffentlicht in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 375/1801, 2020, Seite(n) 20190413, ISSN 0962-8436
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2019.0413

Auto-deconvolution and molecular networking of gas chromatography–mass spectrometry data

Autoren: Alexander A. Aksenov, Ivan Laponogov, Zheng Zhang, Sophie L. F. Doran, Ilaria Belluomo, Dennis Veselkov, Wout Bittremieux, Louis Felix Nothias, Mélissa Nothias-Esposito, Katherine N. Maloney, Biswapriya B. Misra, Alexey V. Melnik, Aleksandr Smirnov, Xiuxia Du, Kenneth L. Jones, Kathleen Dorrestein, Morgan Panitchpakdi, Madeleine Ernst, Justin J. J. van der Hooft, Mabel Gonzalez, Chiara Carazzone,
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 39/2, 2021, Seite(n) 169-173, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-0700-3

When a Crop Goes Back to the Wild: Feralization

Autoren: Federico Scossa, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Trends in Plant Science, 2021, ISSN 1360-1385
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tplants.2021.02.002

Efficient Production of Chimeric Hepatitis B Virus-Like Particles Bearing an Epitope of Hepatitis E Virus Capsid by Transient Expression in Nicotiana benthamiana

Autoren: Gergana Zahmanova, Milena Mazalovska, Katerina Takova, Valentina Toneva, Ivan Minkov, Hadrien Peyret and George Lomonossoff
Veröffentlicht in: Life, 2021, ISSN 2075-1729
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/life11010064

Natural Genetic Diversity in Tomato Flavor Genes

Autoren: Pereira L., Sapkota M., Alonge M., Zheng Y., Zhang Y., Razifard H., Taitano N.K., Schatz M., Lipman Z., Fernie A.R., Wang Y, Fei Z, Caicedo A.L., Tieman D.M., Knaap E.
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, 2021, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2021.642828

Evaluation a collection of pepper (Capsicum spp.) resources for resistance to Verticillium dahliae Kleb

Autoren: 77. Vasileva K, Todorova V, Masheva S.
Veröffentlicht in: Bulgarian Journal of Agricultural Science 25(3), 2019, Seite(n) 415-420, ISSN 1310-0351
Herausgeber: Agricultural Academy
DOI: 10.5281/zenodo.3692692

Long-Term Cd exposure alters the metabolite profile in stem tissue of Medicago sativa.

Autoren: Gutsch A., Hendrix S., Guerriero G., Renaut J., Lutts S., Alseekh S., Fernie A.R., Hausman J.F., Vangronsveld J., Cuypers A., Sergeant K.
Veröffentlicht in: Cells, 2021, ISSN 2073-4409
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/cells9122707

Towards the Development, Maintenance, and Standardized Phenotypic Characterization of Single-Seed-Descent Genetic Resources for Common Bean

Autoren: Cortinovis G., Oppermann M., Neumann K., Graner A., Gioia T., Marsella M., Alseekh S., Fernie A.R., Papa R., Bellucci E., Bitocchi E.
Veröffentlicht in: Current protocols., 2021, ISSN 2691-1299
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/cpz1.133

Rising rates of starch degradation during daytime and trehalose 6-phosphate optimize carbon availability

Autoren: Ishihara H., Alseekh S., Feil R., Perera P., George G.M., Niedźwiecki P., Arrivault S., Zeeman S.C., Fernie A.R., Lunn J.E., Smith A.M., Stitt M.
Veröffentlicht in: Plant Physiology, 2022, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plphys/kiac162

Metabolite profiling of Arabidopsis mutants of lower glycolysis

Autoren: Youjun Zhang, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Scientific Data, Ausgabe 9, 2022, ISSN 2052-4463
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41597-022-01673-z

Mass spectrometry-based metabolomics: a guide for annotation, quantification and best reporting practices.

Autoren: Alseekh S., Aharoni A., Brotman Y., Contrepois K., D’Auria ., Ewald C. ., Ewald ., Fraser P.D., Giavalisco P., Hall R.D., Heinemann M., Link H., Luo J., Neumann S., Nielsen J., Leonardo Souza P., Saito K., Sauer U., Schroeder C.F., Schuster S., Siuzdak, G., Skirycz A., Sumner W.L., Snyder P.M., Tang H., Tohge T., Wang Y., Wen W., Wu S., Xu G., Nicola Zamboni N., R. Fernie A.R.
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2021, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01197-1

A step towards Balkan Capsicum annuum L. core collection: Phenotypic and biochemical characterization of 180 accessions for agronomic, fruit quality, and virus resistance traits

Autoren: Amol N. Nankar, Velichka Todorova, Ivanka Tringovska, Gancho Pasev, Vesela Radeva-Ivanova, Valentina Ivanova, Dimitrina Kostova
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 15/8, 2020, Seite(n) e0237741, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0237741

Sulfur deficiency-induced genes affect seed protein accumulation and composition under sulfate deprivation

Autoren: Aarabi F., Rakpenthai A., Barahimipour R., Gorka M., Alseekh S., Zhang Y., Salem M. A., Brückner F., Omranian N., Watanabe M., Nikoloski Z., Giavalisco P., Tohge T., Graf A., Fernie A.R., Hoefgen R.
Veröffentlicht in: Plant Physiology, 2021, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plphys/kiab386

A non‐canonical function of Arabidopsis <scp>ERECTA</scp> proteins and a role of the <scp>SWI3B</scp> subunit of the <scp>SWI</scp>/<scp>SNF</scp> chromatin remodeling complex in gibberellin signaling

Autoren: Elzbieta Sarnowska, Szymon Kubala, Pawel Cwiek, Sebastian Sacharowski, Paulina Oksinska, Jaroslaw Steciuk, Magdalena Zaborowska, Jakub M. Szurmak, Roman Dubianski, Anna Maassen, Malgorzata Stachowiak, Bruno Huettel, Monika Ciesla, Klaudia Nowicka, Anna T. Rolicka, Saleh Alseekh, Ernest Bucior, Rainer Franzen, Anna Skoneczna, Malgorzata A. Domagalska, Samija Amar, Mohammad‐Reza Hajirezaei, Janusz
Veröffentlicht in: The Plant Journal, Ausgabe 115, 2023, Seite(n) 788-802, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.16261

Targeting PI3K/AKT signaling pathway in obesity

Autoren: Martina S. Savova, Liliya V. Mihaylova, Daniel Tews, Martin Wabitsch, Milen I. Georgiev
Veröffentlicht in: Biomedicine & Pharmacotherapy, Ausgabe 159, 2024, Seite(n) 114244, ISSN 0753-3322
Herausgeber: Elsevier Masson
DOI: 10.1016/j.biopha.2023.114244

Comparative and population genomics of buckwheat species reveal key determinants of flavor and fertility

Autoren: Kaixuan Zhang, Yuqi He, Xiang Lu, Yaliang Shi, Hui Zhao, Xiaobo Li, Jinlong Li, Yang Liu, Yinan Ouyang, Yu Tang, Xue Ren, Xuemei Zhang, Weifei Yang, Zhaoxia Sun, Chunhua Zhang, Muriel Quinet, Zlata Luthar, Mateja Germ, Ivan Kreft, Dagmar Janovská, Vladimir Meglič, Barbara Pipan, Milen I. Georgiev, Bruno Studer, Mark A. Chapman, Meiliang Zhou
Veröffentlicht in: Molecular Plant, Ausgabe 16, 2023, Seite(n) 1427-1444, ISSN 1674-2052
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2023.08.013

Integrating multiomics data accelerates elucidation of plant primary and secondary metabolic pathways

Autoren: Feng Zhu, Weiwei Wen, Yunjiang Cheng, Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: aBIOTECH, Ausgabe 4, 2023, Seite(n) 47-56, ISSN 2662-1738
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/s42994-022-00091-4

Cytoskeleton Architecture Regulates Glycolysis Coupling Cellular Metabolism to Mechanical Cues

Autoren: Alisdair R. Fernie, Youjun Zhang, Arun Sampathkumar
Veröffentlicht in: Trends in Biochemical Sciences, Ausgabe 45/8, 2020, Seite(n) 637-638, ISSN 0968-0004
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2020.04.003

Plant-based expression and characterization of SARS-CoV-2 virus-like particles presenting a native spike protein

Autoren: Jung J-W., Zahmanova G., Minkov I., Lomonossoff G.P.
Veröffentlicht in: Plant Biotechnolgy Journal, 2022, ISSN 1467-7644
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/pbi.13813

Comparative Molecular and Metabolic Profiling of Two Contrasting Wheat Cultivars under Drought Stress

Autoren: Fadoul H.E, Martínez Rivas F. , Neumann K., Balazadeh S., Fernie A.R., Alseekh S.
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2021, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms222413287

Ubiquitin proteins and the orchestration of transcription factors activity.

Autoren: He Y., Zhang K., Georgiev M.I.
Veröffentlicht in: Critical Reviews in Plant Sciences, 2021, ISSN 0735-2689
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/07352689.2021.1951491

A Core Metabolome Response of Maize Leaves Subjected to Long-Duration Abiotic Stresses

Autoren: Joshi J., Hasnain G., Logue T., Lynch M., Wu S., Guan J.C., Alseekh S., Fernie A.R., Hanson A.D., McCarty D.R.
Veröffentlicht in: Metabolites, 2021, ISSN 2218-1989
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/metabo11110797

Plant secondary metabolic responses to global climate change: A meta‐analysis in medicinal and aromatic plants

Autoren: Yuming Sun, Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Global Change Biology, Ausgabe 29, 2023, Seite(n) 477-504, ISSN 1354-1013
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/gcb.16484

Plant metabolism paves the way for breeding crops with high nutritional value and stable yield

Autoren: Jin C., Fang C., Zhang Y., Fernie A.R., Luo J.
Veröffentlicht in: Science China Life Sciences, 2021, ISSN 1674-7305
Herausgeber: Zhongguo Kexue Zazhishe/Science in China Press
DOI: 10.1007/s11427-021-2004-0

An advanced deep learning models-based plant disease detection: A review of recent research

Autoren: Muhammad Shoaib, Babar Shah, Shaker EI-Sappagh, Akhtar Ali, Asad Ullah, Fayadh Alenezi, Tsanko Gechev, Tariq Hussain, Farman Ali
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, Ausgabe 14, 2023, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2023.1158933

JA-induced FtBPM3 accumulation promotes FtERF-EAR3 degradation and rutin biosynthesis in Tartary buckwheat

Autoren: Ding M., He Y., Zhang K., Li J., Shi Y., Zhao M., Meng Y., Georgiev M.I., Zhou M.
Veröffentlicht in: The Plant Journal, 2022, ISSN 0960-7412
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.15800

From Affinity to Proximity Techniques to Investigate Protein Complexes in Plants

Autoren: Kerbler M. S., Natale R., Fernie A.R., Zhang Y.
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2021, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms22137101

Conservation and diversification of flavonoid metabolism in the plant kingdom

Autoren: Weiwei Wen, Saleh Alseekh, Alisdair R Fernie
Veröffentlicht in: Current Opinion in Plant Biology, Ausgabe 55, 2020, Seite(n) 100-108, ISSN 1369-5266
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.pbi.2020.04.004

Putative alternative translation start site-encoding nucleotides of CPR5 regulate growth and resistance

Autoren: Muhammad B. Faisal, Tsanko S. Gechev, Bernd Mueller-Roeber, Paul P. Dijkwel
Veröffentlicht in: BMC Plant Biology, Ausgabe 20/1, 2020, ISSN 1471-2229
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12870-020-02485-2

The Multiverse of Plant Small RNAs: How Can We Explore It?

Autoren: Ivanova Z., Minkov G., Gisel A., Yahubyan G., Minkov I., Toneva V., Baev V.
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2022, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23073979

Editorial: Discovery, biosynthesis, regulation, transport, release and engineering of plant natural products

Autoren: Wei Zhou, Milen I. Georgiev, Pan Liao
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, Ausgabe 13, 2022, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2022.1017808

Molecular insights into plant–microbe interactions for sustainable remediation of contaminated environment

Autoren: Rane R.N., Tapase S., Kanojia A., Watharkar A., Salama E., Jang M., Yadav K., Amin A.M., Pinto M.S., Cabral-Pinto, Jadhav P.J., Byong-Hun J.
Veröffentlicht in: Bioresource Technology, 2022, ISSN 0960-8524
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.biortech.2021.126246

Rewiring of the seed metabolome during Tartary buckwheat domestication

Autoren: Hui Zhao, Yuqi He, Kaixuan Zhang, Shijuan Li, Yong Chen, Ming He, Feng He, Bin Gao, Di Yang, Yu Fan, Xuemei Zhu, Mingli Yan, Nathalie Giglioli‐Guivarc'h, Christophe Hano, Alisdair R. Fernie, Milen I. Georgiev, Dagmar Janovská, Vladimir Meglič, Meiliang Zhou
Veröffentlicht in: Plant Biotechnology Journal, Ausgabe 21, 2023, Seite(n) 150-164, ISSN 1467-7644
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/pbi.13932

Strategic enhancement of genetic gain for nutraceutical development in buckwheat: A genomics-driven perspective

Autoren: Dinesh C. Joshi, Kaixuan Zhang, Chenglong Wang, Rahul Chandora, Muhammad Khurshid, Jinbo Li, Ming He, Milen I. Georgiev, Meiliang Zhou
Veröffentlicht in: Biotechnology Advances, Ausgabe 39, 2020, Seite(n) 107479, ISSN 0734-9750
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.biotechadv.2019.107479

Diverting tyrosine: Data from untargeted metabolic analysis of tomato fruit accumulating L-DOPA

Autoren: Breitel D., Brett P., Alseekh S., Fernie A.R., Butelli, E., Martin C.
Veröffentlicht in: Metabolic Engineering, 2021, ISSN 2352-3409
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dib.2020.106678

Metabolic Signatures from Genebank Collections: An Underexploited Resource for Human Health?

Autoren: Nese Sreenivasulu, Saleh Alseekh, Rhowell N. Tiozon, Andreas Graner, Cathie Martin, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Annual Review of Food Science and Technology, Ausgabe 14, 2023, Seite(n) 183-202, ISSN 1941-1413
Herausgeber: Annual Reviews Inc.
DOI: 10.1146/annurev-food-060822-113022

Annual Plant Reviews online

Autoren: 21. Lyall R., Gechev T.
Veröffentlicht in: Annual Plant Reviews online 2020 Volume 3, 2018, ISBN 9781119312994
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/9781119312994.apr0730

Rice Grain Quality Benchmarking Through Profiling of Volatiles and Metabolites in Grains Using Gas Chromatography Mass Spectrometry

Autoren: Cindy Llorente, Rosario Jimenez, Jackie, Yariv Brotman, Alisdair R. Fernie, Nese Sreenivasulu
Veröffentlicht in: Rice Grain Quality - Methods and Protocols, Ausgabe 1892, 2019, Seite(n) 187-199, ISBN 978-1-4939-8912-6
Herausgeber: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-8914-0_11

Guidelines for Sample Normalization to Minimize Batch Variation for Large-Scale Metabolic Profiling of Plant Natural Genetic Variance

Autoren: Saleh Alseekh, Si Wu, Yariv Brotman, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Plant Metabolomics, Ausgabe 1778, 2018, Seite(n) 33-46, ISBN 978-1-4939-7818-2
Herausgeber: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-7819-9_3

Metabolomic Analysis of Natural Variation in Arabidopsis

Autoren: Si Wu, Saleh Alseekh, Yariv Brotman, Alisdair R. Fernie
Veröffentlicht in: Arabidopsis Protocols, Ausgabe 2200, 2021, Seite(n) 393-411, ISBN 978-1-0716-0879-1
Herausgeber: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-0880-7_19

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Antrags-/Publikationsnummer: 5174 3980
Datum: 2020-11-19
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